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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oeq | ||||||
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タイトル | Mevalonyl-coenzyme A hydratase (Sid H) | ||||||
![]() | Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH | ||||||
![]() | LYASE / hydratase | ||||||
機能・相同性 | ![]() N',N'',N'''-triacetylfusarinine C biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / ergosterol biosynthetic process / isomerase activity / cellular response to hydrogen peroxide / peroxisome / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Poonsiri, T. / Demitri, N. / Benini, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mevalonyl-coenzyme A hydratase (Sid H) 著者: Poonsiri, T. / Demitri, N. / Benini, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 395.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 395.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29375.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: sidH, AFUA_3G03410 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4WF54, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.22 M Sodium formate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 17 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.36→46.58 Å / Num. obs: 69076 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 423091 / Scaling rejects: 373 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MrBUMP 3kqf_F1_SCLPTR 解像度: 1.36→42.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.943 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.01 Å2 / Biso mean: 22.38 Å2 / Biso min: 12.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.36→42.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.36→1.395 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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