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- PDB-7oeq: Mevalonyl-coenzyme A hydratase (Sid H) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oeq
タイトルMevalonyl-coenzyme A hydratase (Sid H)
要素Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH
キーワードLYASE / hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


N',N'',N'''-triacetylfusarinine C biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / isomerase activity / cellular response to hydrogen peroxide / peroxisome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Poonsiri, T. / Demitri, N. / Benini, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Regional Development FundIPN95 イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mevalonyl-coenzyme A hydratase (Sid H)
著者: Poonsiri, T. / Demitri, N. / Benini, S.
履歴
登録2021年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3761
ポリマ－29,3761
非ポリマー00
水3,441191
1
A: Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH

A: Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH

A: Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1273
ポリマ－88,1273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area27660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.564, 107.564, 48.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

21A-463-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mevalonyl-coenzyme A hydratase sidH / Siderophore biosynthesis protein H


分子量: 29375.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: sidH, AFUA_3G03410 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B
参照: UniProt: Q4WF54, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.22 M Sodium formate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 17 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→46.58 Å / Num. obs: 69076 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 423091 / Scaling rejects: 373
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.36-1.386.22.0732110434110.3610.92.2650.6100
7.45-46.585.80.0427424690.9930.0190.04524.298.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MrBUMP 3kqf_F1_SCLPTR

解像度: 1.36→42.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.943 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1809 3527 5.1 %RANDOM
Rwork0.1488 ---
obs0.1504 65565 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.01 Å2 / Biso mean: 22.38 Å2 / Biso min: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å2-0.64 Å2-0 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---4.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1918 0 0 191 2109
Biso mean---37.29 -
残基数----259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7881.6332811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5721.5674463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3655283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80321100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.30715321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3771517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.46733991
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 273 -
Rwork0.445 4795 -
all-5068 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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