PDB-7oe4: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-methyl-4-propionyl-1H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oe4

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-methyl-4-propionyl-1H-pyrrole-2-carboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Inhibitor / bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.653 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-based Scaffold Hopping: Identification of Potent, Selective, and Highly Soluble Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Second Bromodomain (BD2) Inhibitors.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Foley, J. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Kruger, R.G. / Matteo, J.J. / McCabe, M.T. / ...

履歴

登録	2021年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oe4.cif.gz	46.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oe4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oe4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oe4_validation.pdf.gz	940.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oe4_full_validation.pdf.gz	940.6 KB	表示
XML形式データ	7oe4_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	7oe4_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oe4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oe5C 7oe6C 7ogyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ig6-d 7nq7-d 5xhe-d 5mqe-2 3p1c-1 6ffe-d 6ffg-d 6ffd-d 7oes-d 4mr6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.325, 52.773, 31.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-776- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-V9B / N-methyl-4-propanoyl-1H-pyrrole-2-carboxamide / N-methyl-4-propionyl-1H-pyrrole-2-carboxamide / 1481809 分子量: 180.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→42.42 Å / Num. obs: 14271 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 1789 / CC_1/2: 0.821 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: In house

解像度: 1.653→42.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1847	699	4.918 %
R_work	0.1565	13515	-
all	0.158	-	-
obs	-	14214	94.836 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.595 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.379 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.777 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.398 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.653→42.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	931	0	53	202	1186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.15	1.656	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.221	1.607	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.884	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.518	22.037	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.293	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.244	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.077	2.691	456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.042	2.681	455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.748	6.038	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.755	6.053	571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.936	3.173	555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.934	3.174	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.215	6.815	774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.212	6.816	775
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.697	27.72	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.697	27.72	1209

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.653-1.696	0.255	41	0.243	791	0.243	1080	0.893	0.905	77.037	0.208
1.696-1.742	0.258	44	0.193	901	0.196	1047	0.923	0.939	90.2579	0.168
1.742-1.792	0.21	55	0.187	922	0.188	1020	0.94	0.948	95.7843	0.163
1.792-1.847	0.212	39	0.182	957	0.184	1024	0.946	0.947	97.2656	0.157
1.847-1.908	0.253	48	0.185	878	0.188	953	0.931	0.949	97.1668	0.159
1.908-1.975	0.162	39	0.163	876	0.163	950	0.969	0.966	96.3158	0.145
1.975-2.049	0.196	48	0.152	830	0.154	908	0.963	0.969	96.696	0.137
2.049-2.133	0.168	39	0.153	812	0.153	879	0.965	0.971	96.8146	0.14
2.133-2.227	0.159	42	0.135	787	0.136	853	0.964	0.975	97.1864	0.12
2.227-2.336	0.188	37	0.138	742	0.14	797	0.961	0.973	97.7415	0.122
2.336-2.461	0.165	45	0.138	717	0.14	785	0.966	0.97	97.0701	0.121
2.461-2.61	0.183	36	0.142	685	0.144	734	0.959	0.969	98.2289	0.132
2.61-2.79	0.228	31	0.147	630	0.15	686	0.947	0.967	96.3557	0.134
2.79-3.012	0.16	30	0.14	586	0.142	639	0.967	0.969	96.4006	0.135
3.012-3.298	0.181	27	0.143	571	0.145	616	0.967	0.973	97.0779	0.14
3.298-3.684	0.169	26	0.142	497	0.144	540	0.978	0.978	96.8519	0.146
3.684-4.249	0.126	23	0.147	452	0.145	494	0.981	0.979	96.1538	0.159
4.249-5.191	0.214	18	0.149	405	0.152	434	0.961	0.972	97.4654	0.167
5.191-7.287	0.229	23	0.223	297	0.224	333	0.946	0.946	96.0961	0.243
7.287-42.423	0.134	8	0.197	179	0.194	216	0.979	0.961	86.5741	0.231

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