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- PDB-7odu: Natural killer cell receptor NKR-P1B from Rattus norvegicus in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odu
タイトルNatural killer cell receptor NKR-P1B from Rattus norvegicus in complex with its cognate ligand Clr-11
要素
  • C-type lectin domain family 2 member D11
  • Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
キーワードIMMUNE SYSTEM / RECEPTOR / CTLD FOLD / NATURAL KILLER CELL / PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell lectin-like receptor binding / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / signaling receptor activity / carbohydrate binding / external side of plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A / C-type lectin domain family 2 member D11
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Skalova, T. / Blaha, J. / Kalouskova, B. / Skorepa, O. / Vanek, O. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Czech Science Foundation18-10687S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Natural killer cell receptor NKR-P1B from Rattus norvegicus in complex with its cognate ligand Clr-11
著者: Skalova, T. / Vanek, O. / Kalouskova, B. / Skorepa, O. / Blaha, J. / Harlos, K. / Dohnalek, J.
#1: ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2019
タイトル: Production of recombinant soluble dimeric C-type lectin-like receptors of rat natural killer cells
著者: Vanek, O. / Celadova, P. / Skorepa, O. / Blaha, J. / Kalouskova, B. / Dvorska, A. / Polachova, E. / Pucholtova, H. / Kavan, D. / Pompach, P. / Hofbauerova, K. / Kopecky Jr, V. / Mesci, A. / ...著者: Vanek, O. / Celadova, P. / Skorepa, O. / Blaha, J. / Kalouskova, B. / Dvorska, A. / Polachova, E. / Pucholtova, H. / Kavan, D. / Pompach, P. / Hofbauerova, K. / Kopecky Jr, V. / Mesci, A. / Voigt, S. / Carlyle, J.R.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 2 member D11
B: C-type lectin domain family 2 member D11
C: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8819
ポリマ－48,3033
非ポリマー1,5786
水00
1
A: C-type lectin domain family 2 member D11
C: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9317
ポリマ－32,5742
非ポリマー1,3575
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
ヘテロ分子

C: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9816
ポリマ－33,6892
非ポリマー1,2914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
3
A: C-type lectin domain family 2 member D11
B: C-type lectin domain family 2 member D11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3916
ポリマ－31,4582
非ポリマー9324
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.593, 111.593, 110.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 74 - 194 / Label seq-ID: 1 - 121

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 2 member D11 / C-type lectin-related protein B / Clr-b / Lectin-like transmembrane protein / Osteoclast inhibitory lectin


分子量: 15729.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: strain of rat: WAG / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: strain of rat: WAG / 遺伝子: Clec2d11, Clrb, Ocil / プラスミド: pTW5sec / 詳細 (発現宿主): pTW5sec_C2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY / 参照: UniProt: Q0H8B9
#2: タンパク質 Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A / CD161 antigen-like family member B / Natural killer cell surface protein NKR-P1B allele RNK/SD/BN/F344


分子量: 16844.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: NATURAL KILLER CELLS / 遺伝子: Klrb1b, Nkrp1b / プラスミド: pYD5 / 詳細 (発現宿主): pYD5_S1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY / 参照: UniProt: A4KWA1
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
14.5873merged data from two crystals from the same crystallization condition
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 200 mM NaCl, 100 mM sodium acetate, 20 mM ZnCl2, 20% PEG 6000, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.77 Å / Num. obs: 16302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3-3.188.71.6771.326030.7370.6021.783100
9-49.777.50.04834.26770.9990.0190.05299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FF8

3ff8


解像度: 3→49.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / SU B: 16.169 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.58 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY; ALL REFLECTIONS WERE USED IN THE LAST REFINEMENT CYCLE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25943 861 5.3 %random
Rwork0.2081 ---
obs0.2081 16275 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 234.05 Å2 / Biso mean: 107.312 Å2 / Biso min: 70.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.83 Å21.41 Å20 Å2
2--2.83 Å2-0 Å2
3----9.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3055 0 99 0 3154
Biso mean--150.73 --
残基数----372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0182800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7351.6814423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2351.6276463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0985369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48721.915188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.43115509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6271521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02840
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3880 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.39 1191 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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