PDB-7od9: Crystal structure of activated CheY fused to the C-terminal domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7od9

タイトル

Crystal structure of activated CheY fused to the C-terminal domain of CheF

要素

C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis
Response regulator receiver protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

archaellum /

chemotaxis (走化性) /

phosphorylation (リン酸化) /

motility (運動性)

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis X1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Weiland, P. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the mechanism of archaellar rotational switching.
著者: Altegoer, F. / Quax, T.E.F. / Weiland, P. / Nussbaum, P. / Giammarinaro, P.I. / Patro, M. / Li, Z. / Oesterhelt, D. / Grininger, M. / Albers, S.V. / Bange, G.

履歴

登録	2021年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7od9.cif.gz	220.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7od9.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7od9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7od9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7od9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ovpC 6ekhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Response regulator receiver protein

A: Response regulator receiver protein

C: C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis

F: C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis

ヘテロ分子

56.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.290, 70.870, 59.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.603, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Response regulator receiver protein / CheY from Methanococcus maripaludis 分子量: 15673.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis X1 (古細菌) 遺伝子: GYY_05385 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0H061
#2: タンパク質	C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis 分子量: 12632.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis X1 (古細菌) 遺伝子: GYY_05390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0H062
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→44.07 Å / Num. obs: 20987 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 48.86 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.66
反射シェル	解像度: 2.3→2.383 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 2097 / CC_1/2: 0.577

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EKH

6ekh

解像度: 2.3→44.07 Å / SU ML: 0.3379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.0381
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3066	1043	4.98 %
R_work	0.2495	19888	-
obs	0.2524	20931	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3281	0	10	83	3374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	3325
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8641	4482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0476	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9538	434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.42	0.4706	147	0.4788	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.42-2.57	0.4476	149	0.4085	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.57-2.77	0.389	147	0.3621	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.77-3.05	0.3522	148	0.3046	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.05-3.49	0.3305	149	0.2487	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.49-4.4	0.2794	150	0.1958	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.7
4.4-45.7	0.2406	153	0.1979	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.35

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.165219482119	0.249010781479	0.107264642566	0.167947630078	-0.0206470011247	0.23086775208	0.383795308258	-0.647570117582	0.221097377013	1.14109696065	-0.264284428595	-0.656833981244	0.213825543477	0.133519385415	0.000391714275688	0.91462282844	-0.037960112864	0.00261240255598	0.63806552565	-0.0526042983726	0.622610760191	25.1800623107	4.25693043816	29.8704272654
2	0.792612518239	1.65543309125	0.606520337343	4.0243734214	1.19204442227	0.479346128136	-0.884560091399	0.562216623819	-0.669690896162	-0.0058777848134	0.556356455238	-1.58560160529	-0.982839519873	-0.714465962725	-0.0980848342331	1.32293140497	-0.0512765759715	0.160351856395	1.22192442882	-0.266977417113	0.672282414449	3.33171443267	10.5526965937	-15.5809095063
3	1.34177510395	0.379892045252	-0.356646055159	-0.00731376588915	-0.12896179926	0.309412542517	0.341450184535	-0.0263215289139	0.220367844275	-0.842902510568	0.120372928483	-0.473116013538	-1.11576645783	-1.56117294476	0.0228560027629	0.955691735617	0.0678903258063	-0.0817435992834	0.713200109142	0.0454121750745	0.752722022277	9.92917383355	19.4154963511	-4.15329057459
4	0.597235722971	0.456775501354	-0.544995210921	0.568230019631	-0.191508924497	0.543336695749	-0.185774863215	-0.33719040065	-0.0973584144489	-0.350117741384	-0.0539736751594	0.189078592356	0.156250306114	-0.530701532156	0.000485359167097	0.905363189506	0.193376821828	0.0346574407865	0.854398578268	-0.0497711902517	0.718702560975	7.35881937407	17.2865959002	9.62098988913
5	0.860798425654	0.169875511411	0.439036314501	0.585630635246	0.765820833708	0.575046389464	-0.169641596514	-0.347341849411	0.258244023706	0.215855465417	0.192865601805	-0.152834182632	0.0531463652386	-1.05782466954	0.000344365729079	0.977124754023	-0.00769711002453	0.10721850128	0.909626526923	-0.03255045698	0.786260529575	1.07832253257	7.0442377932	23.7013307594
6	0.962583078589	-0.103164811984	-0.901481960595	1.06240367844	-0.104851666291	0.567482823441	-0.00620686235252	0.0139148687978	-0.19254854258	-0.0377330663337	-0.155803918988	-0.0186155885973	-0.478612970936	0.0267253963989	-6.08918008848E-6	0.820646887028	-0.0746770248624	0.0751794431787	1.04295995242	-0.0647109505523	0.688872126544	-2.11349130457	2.87918911532	26.2795340016
7	0.848927822017	-1.06924584714	-0.0151607589525	1.14533118131	0.291057234917	0.518215409728	-0.280039371127	0.254032159752	-0.482896925905	-0.114464804414	0.0710901474182	0.0335862774927	0.377039430397	-0.257646895972	0.000198916782245	0.831154465716	-0.0419687879562	-0.0653805486153	0.615671701861	0.0154413413998	0.693814602234	8.93349404951	13.221192216	-3.58966482617
8	1.6706904681	0.278276425678	-0.116075570283	0.00366579654602	-0.000423205510726	0.479041228574	0.4868954477	-0.192515361605	-0.0113488690766	0.388092426608	-0.236602784825	0.814468345249	0.506894922539	0.241567730307	0.000448806938045	0.685639762948	-0.049108593435	-0.0479203730274	0.58411012718	0.0067958353428	0.528662770285	28.687021803	0.586379928233	6.84476321991
9	0.0160028224917	-0.00570528057644	-0.0282390177974	0.200247468164	0.198681019185	0.116106527025	0.0571130122196	-0.360394854924	0.30111515005	1.38164336726	0.536466345978	0.270943602845	0.386913664551	0.377516962541	0.000197296829331	0.758167141115	0.144843456772	-0.0193952313948	0.620947096602	-0.0390224807875	0.569885331153	20.5998493201	8.21966259714	7.27919111596
10	0.330091058839	-0.511287192682	-0.102344076263	1.4500769292	-0.485032653263	2.34774814376	0.0133490173215	-0.225372828525	-0.163645029011	0.507797479414	-0.0987574199784	-0.0251183365573	-0.660181220026	0.0857173953967	0.158063499824	0.194149201036	0.0640033103026	-0.0649906657368	0.482062386901	-0.000395930723381	0.584249772918	33.2180059442	3.90984376787	6.26299996543
11	0.227860678175	-0.384659125537	-0.335979951198	0.230599053946	0.551474274137	0.63072822751	0.0685148500863	0.390617046846	-0.0537300419946	0.0294870776991	-0.281610770409	-0.0817473079617	-0.153664609355	0.16408099602	0.000295218487728	0.410476139437	0.0434137010771	-0.0156883248882	0.566299332185	0.0280153732858	0.591658759884	35.037187581	4.19611395834	-3.82602039515
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15	0.219030146922	-0.121494225052	0.213821601222	0.506749984999	-0.106234748955	0.197349367243	0.410768562888	0.554103690944	-0.943263638517	1.1907795816	-0.337428087508	-0.739692628115	0.0830035026586	-0.239385515844	-0.000487166819652	0.76663181955	-0.104810030143	-0.00394459284517	0.490179515629	-0.108370062109	0.592313198809	21.7445456851	-7.62944160247	25.9252120607
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18	0.510081183847	0.23038041066	0.234989758051	-0.0257079090819	0.178047627005	0.157063746791	-0.497659324966	0.107340974859	-0.41086735116	0.173779039134	0.278033680563	-0.19459446581	1.35963735318	-0.10002213628	0.000865142518317	1.01066748408	-0.0554475620461	0.0146586634221	0.650737789562	-0.00179424458121	0.583929181803	22.6018104935	-13.1072042272	34.9167712361
19	0.362610566211	-0.381226654929	0.0919703525274	0.393270986915	-0.0309043805306	0.0730133340623	0.566794683553	0.860455788621	-1.58480862954	0.813349401116	-0.204606090126	-1.84247006611	0.411679938778	-0.200893516926	0.00607593183731	1.41137470865	0.15964725705	-0.0458340454786	1.04998646521	0.103081029092	0.924058576034	33.6470165935	-13.6592663072	33.2570137033
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21	0.490038889356	0.435223337502	0.343011879792	0.203198724888	0.329365108807	0.203894352542	0.229090282314	-0.66751648564	0.194648477492	0.0477499212821	-0.163583868226	-0.246100200912	0.258021104278	-0.0767944441831	-9.14003379755E-5	0.967845198475	0.0652743091093	0.049895906589	0.688737645762	-0.0184098620434	0.639869843848	20.6979539447	-3.6182827884	41.5739265666

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 111 through 124 )	A	E	111 - 124	109 - 122
2	2	chain 'C' and (resid 259 through 267 )	C	I	259 - 267	1 - 9
3	3	chain 'C' and (resid 268 through 291 )	C	I	268 - 291	10 - 33
4	4	chain 'C' and (resid 292 through 318 )	C	I	292 - 318	34 - 60
5	5	chain 'C' and (resid 319 through 348 )	C	I	319 - 348	61 - 90
6	6	chain 'F' and (resid 268 through 328 )	F	K	268 - 328	1 - 61
7	7	chain 'F' and (resid 329 through 348 )	F	K	329 - 348	62 - 81
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 13 )	B	A	1 - 13	1 - 13
9	9	chain 'B' and (resid 14 through 26 )	B	A	14 - 26	14 - 26
10	10	chain 'B' and (resid 27 through 56 )	B	A	27 - 56	27 - 56
11	11	chain 'B' and (resid 57 through 85 )	B	A	57 - 85	57 - 85
12	12	chain 'B' and (resid 86 through 99 )	B	A	86 - 99	86 - 99
13	13	chain 'B' and (resid 100 through 110 )	B	A	100 - 110	100 - 110
14	14	chain 'B' and (resid 111 through 129 )	B	A	111 - 129	111 - 129
15	15	chain 'A' and (resid 3 through 13 )	A	E	3 - 13	1 - 11
16	16	chain 'A' and (resid 14 through 38 )	A	E	14 - 38	12 - 36
17	17	chain 'A' and (resid 39 through 49 )	A	E	39 - 49	37 - 47
18	18	chain 'A' and (resid 50 through 73 )	A	E	50 - 73	48 - 71
19	19	chain 'A' and (resid 74 through 79 )	A	E	74 - 79	72 - 77
20	20	chain 'A' and (resid 80 through 89 )	A	E	80 - 89	78 - 87
21	21	chain 'A' and (resid 90 through 110 )	A	E	90 - 110	88 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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