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- PDB-7od9: Crystal structure of activated CheY fused to the C-terminal domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7od9
タイトルCrystal structure of activated CheY fused to the C-terminal domain of CheF
要素
  • C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis
  • Response regulator receiver protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / archaellum / chemotaxis (走化性) / phosphorylation (リン酸化) / motility (運動性)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
Taxis protein CheF1/F2 / Chemotaxis signal transduction system protein F from archaea / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Response regulator receiver protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis X1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Altegoer, F. / Weiland, P. / Bange, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2022
タイトル: Structural insights into the mechanism of archaellar rotational switching.
著者: Altegoer, F. / Quax, T.E.F. / Weiland, P. / Nussbaum, P. / Giammarinaro, P.I. / Patro, M. / Li, Z. / Oesterhelt, D. / Grininger, M. / Albers, S.V. / Bange, G.
履歴
登録2021年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Response regulator receiver protein
A: Response regulator receiver protein
C: C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis
F: C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7928
ポリマ-56,6114
非ポリマー1814
1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.290, 70.870, 59.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.603, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Response regulator receiver protein / CheY from Methanococcus maripaludis


分子量: 15673.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis X1 (古細菌)
遺伝子: GYY_05385 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0H061
#2: タンパク質 C-terminal domain of CheF from Methanococcus maripaludis


分子量: 12632.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis X1 (古細菌)
遺伝子: GYY_05390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0H062
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.07 Å / Num. obs: 20987 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 48.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.66
反射 シェル解像度: 2.3→2.383 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 2097 / CC1/2: 0.577

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EKH
解像度: 2.3→44.07 Å / SU ML: 0.3379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.0381
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3066 1043 4.98 %
Rwork0.2495 19888 -
obs0.2524 20931 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 10 83 3374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86414482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0476539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9538434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.47061470.47882790X-RAY DIFFRACTION99.63
2.42-2.570.44761490.40852848X-RAY DIFFRACTION99.63
2.57-2.770.3891470.36212815X-RAY DIFFRACTION99.7
2.77-3.050.35221480.30462826X-RAY DIFFRACTION99.6
3.05-3.490.33051490.24872859X-RAY DIFFRACTION99.73
3.49-4.40.27941500.19582853X-RAY DIFFRACTION99.7
4.4-45.70.24061530.19792897X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1652194821190.2490107814790.1072646425660.167947630078-0.02064700112470.230867752080.383795308258-0.6475701175820.2210973770131.14109696065-0.264284428595-0.6568339812440.2138255434770.1335193854150.0003917142756880.91462282844-0.0379601128640.002612402555980.63806552565-0.05260429837260.62261076019125.18006231074.2569304381629.8704272654
20.7926125182391.655433091250.6065203373434.02437342141.192044422270.479346128136-0.8845600913990.562216623819-0.669690896162-0.00587778481340.556356455238-1.58560160529-0.982839519873-0.714465962725-0.09808483423311.32293140497-0.05127657597150.1603518563951.22192442882-0.2669774171130.6722824144493.3317144326710.5526965937-15.5809095063
31.341775103950.379892045252-0.356646055159-0.00731376588915-0.128961799260.3094125425170.341450184535-0.02632152891390.220367844275-0.8429025105680.120372928483-0.473116013538-1.11576645783-1.561172944760.02285600276290.9556917356170.0678903258063-0.08174359928340.7132001091420.04541217507450.7527220222779.9291738335519.4154963511-4.15329057459
40.5972357229710.456775501354-0.5449952109210.568230019631-0.1915089244970.543336695749-0.185774863215-0.33719040065-0.0973584144489-0.350117741384-0.05397367515940.1890785923560.156250306114-0.5307015321560.0004853591670970.9053631895060.1933768218280.03465744078650.854398578268-0.04977119025170.7187025609757.3588193740717.28659590029.62098988913
50.8607984256540.1698755114110.4390363145010.5856306352460.7658208337080.575046389464-0.169641596514-0.3473418494110.2582440237060.2158554654170.192865601805-0.1528341826320.0531463652386-1.057824669540.0003443657290790.977124754023-0.007697110024530.107218501280.909626526923-0.032550456980.7862605295751.078322532577.044237793223.7013307594
60.962583078589-0.103164811984-0.9014819605951.06240367844-0.1048516662910.567482823441-0.006206862352520.0139148687978-0.19254854258-0.0377330663337-0.155803918988-0.0186155885973-0.4786129709360.0267253963989-6.08918008848E-60.820646887028-0.07467702486240.07517944317871.04295995242-0.06471095055230.688872126544-2.113491304572.8791891153226.2795340016
70.848927822017-1.06924584714-0.01516075895251.145331181310.2910572349170.518215409728-0.2800393711270.254032159752-0.482896925905-0.1144648044140.07109014741820.03358627749270.377039430397-0.2576468959720.0001989167822450.831154465716-0.0419687879562-0.06538054861530.6156717018610.01544134139980.6938146022348.9334940495113.221192216-3.58966482617
81.67069046810.278276425678-0.1160755702830.00366579654602-0.0004232055107260.4790412285740.4868954477-0.192515361605-0.01134886907660.388092426608-0.2366027848250.8144683452490.5068949225390.2415677303070.0004488069380450.685639762948-0.049108593435-0.04792037302740.584110127180.00679583534280.52866277028528.6870218030.5863799282336.84476321991
90.0160028224917-0.00570528057644-0.02823901779740.2002474681640.1986810191850.1161065270250.0571130122196-0.3603948549240.301115150051.381643367260.5364663459780.2709436028450.3869136645510.3775169625410.0001972968293310.7581671411150.144843456772-0.01939523139480.620947096602-0.03902248078750.56988533115320.59984932018.219662597147.27919111596
100.330091058839-0.511287192682-0.1023440762631.4500769292-0.4850326532632.347748143760.0133490173215-0.225372828525-0.1636450290110.507797479414-0.0987574199784-0.0251183365573-0.6601812200260.08571739539670.1580634998240.1941492010360.0640033103026-0.06499066573680.482062386901-0.0003959307233810.58424977291833.21800594423.909843767876.26299996543
110.227860678175-0.384659125537-0.3359799511980.2305990539460.5514742741370.630728227510.06851485008630.390617046846-0.05373004199460.0294870776991-0.281610770409-0.0817473079617-0.1536646093550.164080996020.0002952184877280.4104761394370.0434137010771-0.01568832488820.5662993321850.02801537328580.59165875988435.0371875814.19611395834-3.82602039515
120.198285962910.1545628280070.2165677128180.06675975087980.08975822492710.395955940970.4864609789270.3012808851540.531410579958-0.902339220581-0.350745631231-0.297821834377-0.2751788190220.02510783951370.0009828556007161.029089133320.09804594174650.05507218006570.676570962827-0.004387777942790.61084721044528.03173986343.47285939753-14.4007801605
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 111 through 124 )AE111 - 124109 - 122
22chain 'C' and (resid 259 through 267 )CI259 - 2671 - 9
33chain 'C' and (resid 268 through 291 )CI268 - 29110 - 33
44chain 'C' and (resid 292 through 318 )CI292 - 31834 - 60
55chain 'C' and (resid 319 through 348 )CI319 - 34861 - 90
66chain 'F' and (resid 268 through 328 )FK268 - 3281 - 61
77chain 'F' and (resid 329 through 348 )FK329 - 34862 - 81
88chain 'B' and (resid 1 through 13 )BA1 - 131 - 13
99chain 'B' and (resid 14 through 26 )BA14 - 2614 - 26
1010chain 'B' and (resid 27 through 56 )BA27 - 5627 - 56
1111chain 'B' and (resid 57 through 85 )BA57 - 8557 - 85
1212chain 'B' and (resid 86 through 99 )BA86 - 9986 - 99
1313chain 'B' and (resid 100 through 110 )BA100 - 110100 - 110
1414chain 'B' and (resid 111 through 129 )BA111 - 129111 - 129
1515chain 'A' and (resid 3 through 13 )AE3 - 131 - 11
1616chain 'A' and (resid 14 through 38 )AE14 - 3812 - 36
1717chain 'A' and (resid 39 through 49 )AE39 - 4937 - 47
1818chain 'A' and (resid 50 through 73 )AE50 - 7348 - 71
1919chain 'A' and (resid 74 through 79 )AE74 - 7972 - 77
2020chain 'A' and (resid 80 through 89 )AE80 - 8978 - 87
2121chain 'A' and (resid 90 through 110 )AE90 - 11088 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る