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万見
- PDB-7od2: NMR structure of the Anemonia erythraea AeTX-K toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7od2
タイトルNMR structure of the Anemonia erythraea AeTX-K toxin
要素Kappa-actitoxin-Aer3a
キーワードTOXIN / Sea anemone Kv channel blockers
機能・相同性ShKT domain / ShKT domain profile. / nematocyst / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-actitoxin-Aer3a
機能・相同性情報
生物種Anemonia erythraea (イソギンチャク)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Qasim, A. / Qassem, N. / Chill, J.H.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2017243 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determination of AeTX-K by NMR
著者: Qasim, A. / Shaked, H. / Chill, J.H.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-actitoxin-Aer3a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9991
ポリマ－3,9991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 82structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Kappa-actitoxin-Aer3a / Kappa-AITX-Aer3a / AnerK / Potassium channel toxin AETX K


分子量: 3998.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anemonia erythraea (イソギンチャク)
プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0EAE5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-1H TOCSY
133isotropic12D 1H-1H TOCSY
142isotropic12D 1H-1H NOESY
153isotropic12D 1H-1H NOESY
173isotropic12D 1H-1H COSY
183isotropic12D 1H-13C HMQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution17 % [U-99% 2H] D2O, 93 % H2O, 0.01 % sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 0.4 mM [U-98% 15N] AeTX-K toxin, 93% H2O/7% D2O15N_AeTX-K15N93% H2O/7% D2O
solution3100 % [U-99% 2H] D2O, 0.01 % sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 0.4 mM AeTX-K toxin, 100% D2OAeTX-K_D2Onon-label100% D2O
solution27 % [U-99% 2H] D2O, 93 % H2O, 0.01 % sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 0.4 mM AeTX-K toxin, 93% H2O/7% D2OAeTX-K_H2Onon-label93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
7 %D2O[U-99% 2H]1
93 %H2Onatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
0.4 mMAeTX-K toxin[U-98% 15N]1
100 %D2O[U-99% 2H]3
0.01 %sodium azidenatural abundance3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
10 mMsodium chloridenatural abundance3
0.4 mMAeTX-K toxinnatural abundance3
7 %D2O[U-99% 2H]2
93 %H2Onatural abundance2
0.01 %sodium azidenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
10 mMsodium chloridenatural abundance2
0.4 mMAeTX-K toxinnatural abundance2
試料状態イオン強度: 46 mM / Label: condition_1 / pH: 5.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX700 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX700 / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6Bruker Biospinchemical shift assignment
TopSpin3.6Bruker Biospincollection
TopSpin3.6Bruker Biospinデータ解析
TopSpin3.6Bruker Biospinpeak picking
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 82 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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