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- PDB-7ocs: Mannitol-1-phosphate bound to the phosphatase domain of the bifun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ocs
タイトルMannitol-1-phosphate bound to the phosphatase domain of the bifunctional mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD-D16A from Acinetobacter baumannii
要素HAD hydrolase, family IA, variant 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mannitol / Dehydrogenase / Phosphatase / NADPH / Fructose-6-phosphate / HAD hydrolase family IA variant 3
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Mannitol-1-phosphate / ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / HAD hydrolase, family IA, variant 3
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tam, H.K. / Mueller, V. / Pos, K.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR2251 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Unidirectional mannitol synthesis of Acinetobacter baumannii MtlD is facilitated by the helix-loop-helix-mediated dimer formation.
著者: Tam, H.K. / Konig, P. / Himpich, S. / Ngu, N.D. / Abele, R. / Muller, V. / Pos, K.M.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAD hydrolase, family IA, variant 3
B: HAD hydrolase, family IA, variant 3
C: HAD hydrolase, family IA, variant 3
D: HAD hydrolase, family IA, variant 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,58554
ポリマ－334,0174
非ポリマー4,56850
水10,305572
1
A: HAD hydrolase, family IA, variant 3
D: HAD hydrolase, family IA, variant 3
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Experiments were performed with the engineered disulfide-bonded crosslinked MtlD and supported by native gel electrophoresis and size exclusion chromatography.
  • 170 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,54129
ポリマ－167,0092
非ポリマー2,53327
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area55040 Å2
手法PISA
2
B: HAD hydrolase, family IA, variant 3
C: HAD hydrolase, family IA, variant 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,04325
ポリマ－167,0092
非ポリマー2,03523
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area51020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.888, 212.626, 98.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
HAD hydrolase, family IA, variant 3


分子量: 83504.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81
遺伝子: HMPREF0010_00722 / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7J2

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非ポリマー , 13種, 622分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物
ChemComp-44H / D-Mannitol-1-phosphate / 1-O-phosphono-D-mannitol / D-マンニト-ル1-りん酸


分子量: 262.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O9P
#11: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#13: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: .1M BIS-Tris propane pH6.5, 0.15M Na2SO4, 14% PEG3350, 0.02M MgCl2, 0.1M Potassium acetate with microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.61 Å / Num. obs: 149396 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41.03 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 1060197 / Scaling rejects: 661
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.347.11.8295251973910.6180.7331.9720.9100
12.6-48.616.50.05360359230.9980.0220.05814.698.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OCN

7ocn


解像度: 2.3→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU R Cruickshank DPI: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.218
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 7389 4.96 %RANDOM
Rwork0.2151 ---
obs0.2167 141672 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 135.44 Å2 / Biso mean: 53.47 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.2551 Å20 Å2-9.3863 Å2
2--6.3321 Å20 Å2
3---17.923 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21126 0 437 573 22136
Biso mean--61.96 42.62 -
残基数----2622
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7914SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3685HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it21738HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2781SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18005SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d21911HARMONIC1.30.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg29660HARMONIC3.10.59
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.63
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 143 4.8 %
Rwork0.2329 2839 -
all0.2338 2982 -
obs--99.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1574-0.0393-0.09371.03380.05590.3764-0.01640.01730.01850.11740.03210.107-0.01650.0215-0.01570.01740.00820.0734-0.05560.0366-0.079-13.638318.32810.1084
20.4601-0.242-0.22740.29690.12240.92550.04890.0447-0.05310.0072-0.04860.03170.1492-0.0145-0.00030.09380.01990.0408-0.07710.0171-0.11410.3768-27.42116.2687
30.401-0.2938-0.13420.4117-0.0131.0424-0.0145-0.03850.13150.06-0.0199-0.09350.16550.15770.03440.0580.0809-0.0246-0.05130.0599-0.126228.73-28.762335.7128
40.1654-0.6419-0.16431.49940.08150.2-0.0247-0.07330.16490.13650.0249-0.4849-0.03460.048-0.0002-0.03-0.0661-0.0378-0.0591-0.0140.068118.412130.598114.4342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|694 }A2 - 694
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|693 }B2 - 693
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|628 }C2 - 628
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|695 }D2 - 695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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