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- PDB-7ocj: Crystal structure of E.coli LexA in complex with nanobody NbSOS2(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ocj
タイトルCrystal structure of E.coli LexA in complex with nanobody NbSOS2(Nb14509)
要素
  • LexA repressorRepressor lexA
  • NbSOS2 (14509)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcriptional repressor DNA binding autoproteolysis Nanobodies
機能・相同性
機能・相同性情報


repressor LexA / SOS response / DNA複製 / serine-type endopeptidase activity / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / タンパク質分解 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LexA repressor, DNA-binding domain / Transcription regulator LexA / LexA DNA binding domain / Peptidase S24, LexA-like / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Maso, L. / Vascon, F. / Chinellato, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Angelini, A. / Tondi, D. / Cendron, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of Education イタリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Nanobodies targeting LexA autocleavage disclose a novel suppression strategy of SOS-response pathway.
著者: Maso, L. / Vascon, F. / Chinellato, M. / Goormaghtigh, F. / Bellio, P. / Campagnaro, E. / Van Melderen, L. / Ruzzene, M. / Pardon, E. / Angelini, A. / Celenza, G. / Steyaert, J. / Tondi, D. / Cendron, L.
履歴
登録2021年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: NbSOS2 (14509)
A: LexA repressor
C: LexA repressor
E: NbSOS2 (14509)
B: NbSOS2 (14509)
D: LexA repressor
F: LexA repressor
H: NbSOS2 (14509)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9949
ポリマ－147,9328
非ポリマー621
水82946
1
G: NbSOS2 (14509)
A: LexA repressor
C: LexA repressor
E: NbSOS2 (14509)
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 74 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0285
ポリマ－73,9664
非ポリマー621
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22230 Å2
手法PISA
2
B: NbSOS2 (14509)
D: LexA repressor
F: LexA repressor
H: NbSOS2 (14509)


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 74 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9664
ポリマ－73,9664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.672, 112.672, 144.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: 抗体
NbSOS2 (14509)


分子量: 12422.886 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
LexA repressor / Repressor lexA


分子量: 24560.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: missing residues are not visible in the electron density maps
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lexA, EAMG_02325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3HXW2, repressor LexA
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 30 % w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.79 Å / Num. obs: 28568 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 8056 / CC1/2: 0.558

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JHF

1jhf


解像度: 2.7→48.25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 --
Rwork0.228 --
obs-28566 96.08 %
原子変位パラメータBiso max: 93.72 Å2 / Biso mean: 47.6129 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7520 0 4 46 7570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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