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万見
- PDB-7oc3: Crystal structure of the third tudor domain of Qin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oc3
タイトルCrystal structure of the third tudor domain of Qin
要素Qin
キーワードPROTEIN BINDING / Tudor / Extended tudor domain / Qin
機能・相同性
機能・相同性情報


transposable element silencing by piRNA-mediated mRNA destabilization / secondary piRNA processing / P granule / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RING finger protein 17 / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily ...RING finger protein 17 / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH3 type barrels. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Qin
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Dhimole, N. / Klug, W. / Carlomagno, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCA 294 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the third tudor domain of Qin
著者: Dhimole, N. / Klug, W. / Carlomagno, T.
履歴
登録2021年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Qin
B: Qin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4863
ポリマ－48,3912
非ポリマー951
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.800, 74.800, 165.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNASPASPchain AAA976 - 11871 - 212
2LYSLYSASNASNchain BBB977 - 11852 - 210

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要素

#1: タンパク質 Qin


分子量: 24195.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: qin, CG14303, CG14306, Dmel\CG43726, kumo, Qin, CG43726, Dmel_CG43726
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VE55
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→41.94 Å / Num. obs: 26005 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 3552

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→37.4 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 1335 5.15 %
Rwork0.2083 --
obs0.2102 25925 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.8 Å2 / Biso mean: 68.6744 Å2 / Biso min: 37.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 5 2 3314
Biso mean--109.07 53.61 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9254592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5051240
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1779X-RAY DIFFRACTION7.474TORSIONAL
12B1779X-RAY DIFFRACTION7.474TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.330.40261250.3123269894
2.3304-2.42370.36941500.275236098
2.4237-2.5340.32081120.26332447100
2.534-2.66750.33541200.25862459100
2.6675-2.83460.36661490.27262438100
2.8346-3.05340.31251410.25822431100
3.0534-3.36050.34261230.25012492100
3.3605-3.84630.26271470.22272473100
3.8463-4.84430.20481280.16912529100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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