PDB-7obp: Crystal structure of the human NCOA7-AS TLDc domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7obp

タイトル

Crystal structure of the human NCOA7-AS TLDc domain

要素

NCOA7-AS

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / NCOA7 / TLDc domain / V-ATPase binding partner

機能・相同性

TLDc domain profile. / TLDc domain / TLD / domain in TBC and LysM domain containing proteins / NCOA7-AS

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Blaise, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the TLDc domain of human NCOA7-AS.
著者: Arnaud-Arnould, M. / Tauziet, M. / Moncorge, O. / Goujon, C. / Blaise, M.

履歴

登録	2021年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7obp.cif.gz	522.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7obp.ent.gz	355.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7obp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7obp_validation.pdf.gz	265.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7obp_full_validation.pdf.gz	268.9 KB	表示
XML形式データ	7obp_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	7obp_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4acjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7obp-4 7obp-5 7obp-2 7obp-6 4acj-d 2qxu-5 5ct8-d 4i4s-4 4i4y-4 7obp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NCOA7-AS

B: NCOA7-AS

C: NCOA7-AS

D: NCOA7-AS

E: NCOA7-AS

F: NCOA7-AS

115 kDa, 6 ポリマー
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1

A: NCOA7-AS

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NCOA7-AS

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: NCOA7-AS

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: NCOA7-AS

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: NCOA7-AS

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: NCOA7-AS

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.410, 107.060, 146.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	NCOA7-AS 分子量: 19179.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H0Y5F6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1099 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH4.5, 30% PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.29 Å / Num. obs: 100055 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.8 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.1473 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 9863 / CC_1/2: 0.58 / R_rim(I) all: 1.14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4acj

4acj

解像度: 1.8→45.29 Å / SU ML: 0.2221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.0355
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	2000	2 %
R_work	0.1766	98034	-
obs	0.1774	100034	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7982	0	0	1106	9088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	8421
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7861	11433
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0505	1177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	1475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9511	2984

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.85	0.3642	141	0.2837	6939	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.85-1.89	0.2767	141	0.2463	6892	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.89-1.95	0.2245	142	0.2214	6954	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.95-2.01	0.2216	142	0.2025	6932	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.01-2.09	0.2526	141	0.1914	6947	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.09-2.17	0.2034	141	0.1831	6922	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.17-2.27	0.2592	142	0.1836	6991	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.27-2.39	0.2411	143	0.1822	6957	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.39-2.54	0.2193	142	0.1809	6959	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.54-2.73	0.2429	142	0.1829	6994	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.73-3.01	0.2487	144	0.1793	7011	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.01-3.44	0.2056	144	0.1649	7077	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.44-4.34	0.1989	145	0.1414	7115	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.34-45.29	0.18	150	0.1618	7344	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.14767135634	0.0551641838296	2.41903824233	5.09916479035	1.55586428023	4.64331580951	-0.14382352179	-0.0933446833152	0.839411211306	0.0633134670665	-0.168025603569	0.464776583868	-1.07386107454	-0.749113751928	0.20651064244	0.335049153758	0.112883180587	0.0375604566307	0.276580733509	0.00431988873064	0.329166837417	2.0550144042	24.7790513181	-18.4929017861
2	1.58443133375	0.233752616958	0.307154304061	1.08564260037	0.149475294329	1.36096459034	0.0210753377818	-0.0185303504155	0.110046792501	-0.0378943276049	-0.0297212775948	0.0787484559026	-0.142709447374	-0.0652356902172	-0.00650357569018	0.118654374204	0.00903425724155	-0.00471880424262	0.0802531745471	-0.00696542908394	0.0960886151265	11.9087067155	15.6391227824	-22.221165615
3	2.63168464666	0.47279946639	1.89904034807	1.69982359854	0.03451523492	2.73561483371	-0.108681318124	0.272172690651	0.245367284427	-0.239437182059	0.0255490020897	-0.106043111573	-0.248558357301	0.235133087812	0.0558943377295	0.191396712868	-0.0132473747587	0.0137758056526	0.154993441492	0.00556829711658	0.143851484387	19.091253209	19.2721048729	-31.8927630701
4	5.69429393858	4.57491051469	-1.06417658799	4.38588603722	-0.854598843188	1.22047542968	0.115628543847	-0.122547578478	-0.0202588251084	0.137596523227	-0.11818517466	-0.0462714265345	-0.0843967751994	0.0303900133375	0.0110720368968	0.151260877155	0.0201794829722	-0.0162590428485	0.0885559825041	-0.00907117184424	0.114931172587	14.2438293856	20.094859843	-18.5114507634
5	3.79938234046	-1.10057306345	-3.18933296848	4.2893694066	3.47864770752	4.77543741436	-0.193795625745	-0.189236404496	-1.06834851165	0.576900425307	-0.172407600553	0.20098433084	1.09524676532	-0.188809215148	0.296443550736	0.320884503284	-0.0163097133122	-0.0309974521994	0.214545312637	0.0386075527691	0.43315838431	1.27768235389	-26.8834111645	-20.8745864725
6	1.82862968408	0.267277449335	-0.0740453089432	1.10076378554	0.0317269270811	1.27803833816	0.0226687383187	0.0289712089264	-0.117965302634	0.00130335545806	-0.0150774887364	0.00104548373676	0.0463255650773	-0.0570488814107	-0.00827000999933	0.101234361232	0.00268910765348	-0.0223388619759	0.0871420197759	-0.0126144778663	0.115638464382	0.87988545679	-11.8374896448	-25.178897895
7	2.3882654686	0.334724836311	3.77459714716	2.91335143207	-0.737849711168	6.84926746032	-0.243087474631	0.3673398883	0.393287830714	-0.456822255529	0.0502679638714	-0.0629627721364	-1.46471266508	0.342843882504	0.175766742154	0.419081831976	-0.020092258827	0.0347209856462	0.244871865737	0.0404572329581	0.255047968657	9.32372972234	30.1095278291	4.10337326709
8	1.42400860548	-0.308216704622	-0.172480194719	1.09051852476	0.313009766172	1.65530719152	0.0326203323974	-0.00438472553996	0.0221877524935	-0.00458963279327	-0.00487093471249	0.0399766313334	-0.0707949920232	-0.174911980959	-0.0220571220571	0.135319935045	0.00968579608005	0.00251885215868	0.136527958322	0.0189811925442	0.0957425926899	5.0399979254	15.5735709438	9.03714889384
9	5.92797050376	0.847182135548	2.55068415849	7.5801703565	-5.80804467694	7.75135988975	-0.231855865549	-0.471910887463	0.304612945807	0.553175218668	0.0535497926769	-0.389163776606	-0.631383605995	0.588930272763	0.117313291081	0.210667232605	0.0447125593649	-0.0136414816504	0.343027551967	-0.120690101748	0.302781741372	46.3767167	-1.38470881241	-21.3248058758
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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27	27	chain 'F' and (resid 207 through 219 )	F	F	207 - 219	147 - 159

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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