+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7obp | ||||||
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Title | Crystal structure of the human NCOA7-AS TLDc domain | ||||||
Components | NCOA7-AS | ||||||
Keywords | ANTIVIRAL PROTEIN / NCOA7 / TLDc domain / V-ATPase binding partner | ||||||
Function / homology | TLDc domain profile. / TLDc domain / TLD / domain in TBC and LysM domain containing proteins / NCOA7-AS Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Blaise, M. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2021 Title: Crystal structure of the TLDc domain of human NCOA7-AS. Authors: Arnaud-Arnould, M. / Tauziet, M. / Moncorge, O. / Goujon, C. / Blaise, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7obp.cif.gz | 522.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7obp.ent.gz | 355.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7obp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7obp_validation.pdf.gz | 265.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7obp_full_validation.pdf.gz | 268.9 KB | Display | |
Data in XML | 7obp_validation.xml.gz | 17.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7obp_validation.cif.gz | 34.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4acjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19179.508 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NCOA7 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: H0Y5F6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 47.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 / Details: 0.1 M sodium acetate pH4.5, 30% PEG 300 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.965 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 12, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.965 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→45.29 Å / Num. obs: 100055 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.1473 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 9863 / CC1/2: 0.58 / Rrim(I) all: 1.14 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4acj Resolution: 1.8→45.29 Å / SU ML: 0.2221 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.0355 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→45.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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