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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7obf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human VH antibody domain HEL4 | ||||||
![]() | HEL4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / lysozyme / human VH antibody domain / HEL4 / immunoglobulin | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Belviso, B.D. / Caliandro, R. / Carrozzini, B. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the human VH antibody domain HEL4 著者: Belviso, B.D. / Caliandro, R. / Carrozzini, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ohqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 13372.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EPE / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: MgSO4, Hepes, glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.07234 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.699→48.25 Å / Num. obs: 7840 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ohq 解像度: 2.699→48.25 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.06 Å2 / Biso mean: 15.4485 Å2 / Biso min: 0.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.699→48.25 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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