PDB-7ob6: CPR-C4 - a conserved novel protease from the Candidate Phyla Radiation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ob6

タイトル

CPR-C4 - a conserved novel protease from the Candidate Phyla Radiation

要素

CPR-C4

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Protease (プロテアーゼ) /

cysteine protease (システインプロテアーゼ) / Zn

生物種

candidate division CPR1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.598 Å

データ登録者

Cornish, K.A.S. / Pohl, E.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: CPR-C4 is a highly conserved novel protease from the Candidate Phyla Radiation with remote structural homology to human vasohibins.
著者: Cornish, K.A.S. / Lange, J. / Aevarsson, A. / Pohl, E.

履歴

登録	2021年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ob6.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ob6.ent.gz	76.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ob6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7ob6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7ob6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ob7C 7pjoC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CPR-C4

B: CPR-C4

ヘテロ分子

54.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.392, 123.392, 96.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-306- HOH
2	1	B-317- HOH
3	1	B-318- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	0 - 214
2	2	1	B	0 - 214

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	CPR-C4 分子量: 27174.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) candidate division CPR1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus screen (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763, 1.2824

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9763	1
2	1.2824	1

反射

解像度: 2.598→48.26 Å / Num. obs: 26494 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-48.26	7.8	0.018	694	1	0.009	0.02
2.6-2.71	8.4	4.086	3143	0.368	2.198	4.649

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.598→46.791 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.256 / WR_factor R_work: 0.209 / SU B: 17.956 / SU ML: 0.332 / Average fsc free: 0.7285 / Average fsc work: 0.7496 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.278 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2853	1313	4.959 %
R_work	0.2344	25166	-
all	0.237	-	-
obs	-	26479	99.751 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.186 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.42 Å²	1.71 Å²	0 Å²
2-	-	3.42 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.093 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.598→46.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3347	0	2	63	3412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.323	0.1	52047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.631	4705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.331	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.248	21.905	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.228	15	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.393	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.084	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.302	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.172	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.964	10.958	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.646	16.408	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.567	10.851	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.194	16.223	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.869	404.327	52464
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.072	0.05	6341

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07204	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07204	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.598-2.665	0.465	108	0.453	1821	X-RAY DIFFRACTION	99.1774
2.665-2.738	0.497	94	0.423	1775	X-RAY DIFFRACTION	99.7332
2.738-2.818	0.391	102	0.403	1725	X-RAY DIFFRACTION	99.6183
2.818-2.904	0.42	100	0.383	1692	X-RAY DIFFRACTION	99.7773
2.904-2.999	0.344	80	0.349	1640	X-RAY DIFFRACTION	99.6524
2.999-3.105	0.341	68	0.309	1596	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.105-3.222	0.383	75	0.29	1546	X-RAY DIFFRACTION	99.8153
3.222-3.353	0.349	65	0.258	1514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.502	0.283	71	0.239	1424	X-RAY DIFFRACTION	100
3.502-3.673	0.308	82	0.213	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.9301
3.673-3.871	0.243	57	0.2	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.871-4.106	0.24	63	0.183	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
4.106-4.389	0.271	60	0.181	1157	X-RAY DIFFRACTION	99.9179
4.389-4.74	0.2	62	0.178	1087	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.191	0.325	44	0.197	1003	X-RAY DIFFRACTION	100
5.191-5.802	0.289	56	0.248	911	X-RAY DIFFRACTION	99.8967
5.802-6.696	0.268	42	0.247	817	X-RAY DIFFRACTION	100
6.696-8.193	0.256	46	0.205	686	X-RAY DIFFRACTION	99.8636
8.193-11.553	0.237	28	0.168	541	X-RAY DIFFRACTION	99.6497
11.553-46.791	0.197	10	0.275	325	X-RAY DIFFRACTION	95.4416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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