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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oah
タイトルconserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta2/A
要素General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta2/A,General control transcription factor GCN4
キーワードPROTEIN FIBRIL / Coiled Coil / beta layer / hexad repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted protein / General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.694 Å
データ登録者Adlakha, J. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta2/A
著者: Adlakha, J.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta2/A,General control transcription factor GCN4
B: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta2/A,General control transcription factor GCN4
C: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta2/A,General control transcription factor GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0494
ポリマ-29,8553
非ポリマー1941
2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.126, 38.769, 132.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.846, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYSAA281 - 3614 - 84
21SERSERLYSLYSBB281 - 3614 - 84
12GLYGLYILEILEAA282 - 3605 - 83
22GLYGLYILEILECC282 - 3605 - 83
13GLYGLYILEILEBB282 - 3605 - 83
23GLYGLYILEILECC282 - 3605 - 83

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta2/A,General control transcription factor GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4


分子量: 9951.712 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア)
: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, MHK_004959 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A0N0D484
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→37.19 Å / Num. obs: 29121 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.66 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.73
反射 シェル解像度: 1.69→1.8 Å / 冗長度: 6.76 % / Rmerge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 4428 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049 2013/06/30精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OAA
解像度: 1.694→37.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 5.979 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 1456 -
Rwork0.2204 27662 -
all0.223 --
obs-29118 97.902 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.799 Å2-0 Å2-1.263 Å2
2--0.164 Å20 Å2
3---0.837 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.694→37.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 13 166 2189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0081.982808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10335155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2325261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.44227.03391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.46915497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.94156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.140.21955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21118
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2030.273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2910.210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0420.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4486.682999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4386.66998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.42711.1291251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.42911.1531252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3248.7831099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3238.7811099
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.55313.7721549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.55213.7671549
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.4332.0412523
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.40631.1472465
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1820.054041
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1670.053953
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1610.054021
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A40410.18
12B40410.18
21A39530.17
22C39530.17
31B40210.16
32C40210.16
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.694-1.7380.333960.4041826221786.69370.377
1.738-1.7850.3371020.3421943209797.52030.31
1.785-1.8370.3451000.3141903205497.5170.277
1.837-1.8930.3491000.2871903202399.01140.243
1.893-1.9550.291940.2611789193397.41330.214
1.955-2.0240.271950.2241803191599.11230.191
2.024-2.10.245880.2191664177898.53770.192
2.1-2.1850.223870.2151658177698.25450.194
2.185-2.2820.242820.1861548165298.66830.171
2.282-2.3930.238810.1991544162899.81570.181
2.393-2.5220.255750.1951421151598.74590.178
2.522-2.6740.254710.2061358144199.16720.193
2.674-2.8580.22690.2071306138399.42150.205
2.858-3.0850.252640.2011213128099.76560.201
3.085-3.3770.275590.2291117117999.74550.23
3.377-3.7720.222530.1881021107899.62890.199
3.772-4.3480.315490.17991896999.79360.208
4.348-5.3070.272400.2117628021000.257
5.307-7.430.357310.30959462899.52230.354
7.43-37.1930.302200.2633713911000.336
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.82096.11487.586713.32753.310516.2996-0.12721.1881-0.037-0.7352-0.09040.35820.082-0.59090.21760.06960.0082-0.04170.1836-0.02110.0643-38.12551.899555.0682
213.15072.877610.56240.92363.851316.78830.1879-0.1515-0.02650.0335-0.0078-0.034-0.002-0.1139-0.18020.07290.0453-0.020.04530.00640.0589-30.24364.319767.1621
35.8109-1.21684.17623.10620.813611.02580.0217-0.17240.28560.0981-0.0150.1627-0.124-0.1154-0.00670.0716-0.0029-0.00590.0566-0.01120.0815-21.226.824578.6133
45.9431-2.74031.76021.2902-0.97022.3474-0.0615-0.02370.15040.0384-0.0462-0.0887-0.0280.21740.10770.1358-0.0231-0.02850.1847-0.01580.1087-10.08762.690289.4874
52.03671.0888-1.45120.6143-0.38396.1329-0.11750.0704-0.19-0.08910.0427-0.0976-0.08220.19460.07480.19020.0242-0.01980.19270.00320.1667-4.3983-4.2077105.2317
63.55380.65675.68580.51890.316810.4743-0.08240.1044-0.0657-0.14910.0203-0.08460.07730.16150.06210.1167-0.0028-0.01540.0910.00280.123-2.037-3.9396120.4381
76.72825.6256.68926.48645.402815.03310.0328-0.1-0.07310.0366-0.00090.22280.06770.1934-0.0320.00560.0044-0.00850.01810.01090.06533.7347-3.0472133.538
811.94650.512310.00028.27161.131616.2961-0.0403-0.4657-0.03341.0802-0.12110.06780.0185-0.03610.16140.1878-0.0497-0.00690.1728-0.01030.06619.76670.6185148.3814
90.9572-0.54990.14210.86581.21098.78630.10950.3671-0.0608-0.2896-0.09510.05940.13220.0412-0.01440.1822-0.0355-0.01380.18580.00130.1397-30.975-5.758351.103
103.70151.87564.4064.28610.897113.22610.01170.0469-0.0941-0.1726-0.088-0.01120.26620.1110.07630.01630.0063-0.00970.0044-0.00160.0739-26.8711-5.870265.3949
114.1131-0.2994.03924.7922-0.36559.7767-0.0777-0.1038-0.04040.1921-0.1090.00360.222-0.06110.18670.0466-0.03090.00690.0879-0.00250.0841-23.018-4.810579.8643
128.67486.90728.644416.04468.150812.50460.2432-0.69050.3550.8631-0.3010.12360.5141-0.30520.05780.1775-0.0279-0.03940.2862-0.01660.0487-15.38241.466992.2831
138.0696-1.53760.17970.5912-1.53158.0083-0.01560.12520.62120.02980.0745-0.0771-0.5098-0.2523-0.05890.3649-0.0416-0.08780.42770.04190.2545-1.38913.6342104.7714
142.28410.22043.32390.24531.17058.12360.04550.2062-0.0148-0.0438-0.04510.0081-0.02770.0108-0.00040.1523-0.0071-0.00610.15880.01440.13667.2989-1.5723115.5853
152.34320.00912.55571.27581.525312.75850.02830.12790.138-0.1631-0.0004-0.0777-0.18690.0539-0.02790.03350.0064-0.01130.0155-0.00410.084513.5209-2.8135128.7025
160.7677-0.83550.01141.73361.257111.7065-0.0335-0.22390.03760.30670.0109-0.0790.10.23940.02260.1493-0.0595-0.02110.18470.01190.109217.7594-5.7971144.3106
1714.5255-3.50498.90457.035-5.012310.2915-0.30421.3236-0.0814-0.84130.2780.3235-0.7519-0.03980.02610.42530.0395-0.08380.36780.03440.2035-28.39784.976950.3925
1813.4167-0.64468.41083.1512-1.106114.0404-0.06530.50580.7563-0.3104-0.0862-0.0383-0.52760.23260.15140.07120.01380.00720.02960.0180.088-20.63922.69562.1642
195.5886-0.81324.11761.4505-1.196510.54480.0193-0.02780.0854-0.0090.0005-0.138-0.02040.1945-0.01980.0277-0.0002-0.00760.0679-0.02580.0913-13.1726-0.709874.8805
201.22340.7841-2.43970.5924-1.95438.09050.0036-0.1419-0.07710.0183-0.0558-0.01020.40520.13840.05220.17750.0072-0.0110.1688-0.02770.1196-11.7902-3.121290.3329
218.30932.19132.516414.32063.13495.01960.05490.2226-0.0123-0.29690.0749-0.4472-0.4482-0.3804-0.12980.30450.041-0.06580.28980.0430.136-8.42522.5458107.3977
221.49940.22482.96770.07480.41938.8783-0.00930.28840.1046-0.06270.05850.01160.046-0.0538-0.04920.1438-0.0084-0.05490.20110.03090.1726-0.15446.1157119.8234
2310.5335-0.97428.48415.0564-4.15816.1845-0.0351-0.1976-0.12790.13480.29240.3183-0.2354-0.4933-0.25730.02360.0139-0.02040.02260.01280.06438.3176.2236131.6612
245.9317-1.27656.1530.3054-1.34426.4697-0.0309-0.11890.09460.0545-0.0308-0.0621-0.00810.01920.06170.1588-0.0113-0.06330.257-0.01970.170620.74645.0658144.9082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionLabel asym-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA281 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2ALLA291 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3ALLA301 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4ALLA311 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5ALLA321 - 330
6X-RAY DIFFRACTION6ALLA331 - 340
7X-RAY DIFFRACTION7ALLA341 - 350
8X-RAY DIFFRACTION8ALLA351 - 363
9X-RAY DIFFRACTION9ALLB281 - 290
10X-RAY DIFFRACTION10ALLB291 - 300
11X-RAY DIFFRACTION11ALLB301 - 310
12X-RAY DIFFRACTION12ALLB311 - 320
13X-RAY DIFFRACTION13ALLB321 - 330
14X-RAY DIFFRACTION14ALLB331 - 340
15X-RAY DIFFRACTION15ALLB341 - 350
16X-RAY DIFFRACTION16ALLB351 - 363
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22X-RAY DIFFRACTION22ALLC331 - 340
23X-RAY DIFFRACTION23ALLC341 - 350
24X-RAY DIFFRACTION24ALLC351 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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