PDB-7oaf: conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oaf

タイトル

conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A, crystal form III

要素

General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Coiled Coil / beta layer / hexad repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Adlakha, J. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A, crystal form III
著者: Adlakha, J.

履歴

登録	2021年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oaf.cif.gz	208.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oaf.ent.gz	165.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oaf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7oaf_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oaf_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	7oaf_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	7oaf_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oaf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7oaaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

B: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

C: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

ヘテロ分子

30.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.010, 38.849, 128.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.178, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 282 - 362 / Label seq-ID: 5 - 85

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4 分子量: 10065.771 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, MHK_004959 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A0N0D484
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 4.5, 9.3% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→33.214 Å / Num. obs: 45592 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.62 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.32
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.835 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 7257 / CC_1/2: 0.96 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049 2013/06/30	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OAA

7oaa

解像度: 1.45→33.214 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.806 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	2279	-
R_work	0.1983	43284	-
all	0.199	-	-
obs	-	45563	99.724 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.036 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.339 Å²	-0 Å²	1.809 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.344 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2034	0	16	198	2248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.979	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.396	3	5296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.946	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.897	26.316	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.588	15	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.476	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.257	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.154	0.2	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.293	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.541	1.684	993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.536	1.683	992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.111	2.507	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.11	2.509	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.191	2.132	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.189	2.134	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.908	3	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.907	3.002	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.532	14.738	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.479	14.236	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.148	0.05	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.169	0.05	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.15	0.05	4195

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4250	0.15
1	2	B	4250	0.15
2	1	A	4169	0.17
2	2	C	4169	0.17
3	1	B	4195	0.15
3	2	C	4195	0.15

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.487	0.37	163	0.357	3083	3294	98.5428	0.327
1.487-1.528	0.309	164	0.298	3118	3305	99.3041	0.26
1.528-1.572	0.289	156	0.273	2968	3126	99.936	0.239
1.572-1.621	0.252	159	0.245	3016	3176	99.9685	0.21
1.621-1.674	0.246	147	0.233	2790	2937	100	0.197
1.674-1.732	0.254	146	0.211	2781	2927	100	0.175
1.732-1.797	0.2	138	0.213	2620	2760	99.9275	0.176
1.797-1.871	0.227	137	0.192	2603	2741	99.9635	0.161
1.871-1.953	0.238	128	0.184	2436	2565	99.961	0.158
1.953-2.048	0.196	124	0.173	2348	2472	100	0.155
2.048-2.159	0.225	119	0.179	2264	2384	99.9581	0.168
2.159-2.289	0.195	109	0.167	2084	2193	100	0.158
2.289-2.446	0.169	106	0.16	2004	2112	99.9053	0.156
2.446-2.641	0.217	98	0.173	1866	1974	99.4934	0.172
2.641-2.891	0.231	91	0.189	1722	1815	99.8898	0.197
2.891-3.23	0.233	82	0.191	1565	1649	99.8787	0.206
3.23-3.723	0.181	73	0.184	1378	1452	99.9311	0.21
3.723-4.546	0.176	61	0.171	1167	1232	99.6753	0.209
4.546-6.369	0.263	49	0.244	934	991	99.1927	0.302
6.369-33.214	0.173	29	0.263	537	580	97.5862	0.358

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0455	1.146	-2.6271	3.372	-1.1866	11.5935	-0.0676	0.4828	0.1909	-0.4491	0.0438	0.0447	-0.1572	0.195	0.0237	0.181	0.0109	-0.0099	0.1976	0.0208	0.1304	45.0266	5.9499	-78.3955
2	4.79	-7.7539	1.9375	15.3973	-8.5633	11.1572	0.3804	0.1771	0.0245	-0.6731	-0.4347	-0.0887	0.2807	0.3085	0.0543	0.1382	-0.0179	-0.0067	0.1768	0.0198	0.1802	41.5892	-4.4593	-74.2317
3	12.7038	4.9858	-1.1591	8.2549	5.6315	5.988	-0.4054	0.2452	0.3095	-0.5125	0.2085	0.3477	-0.3038	0.0886	0.1969	0.0945	-0.0021	-0.006	0.0957	0.0153	0.1074	48.7164	-0.5705	-71.2312
4	3.8823	1.1433	-4.1739	4.3944	-0.0731	13.1719	-0.0184	0.1215	0.1438	-0.1746	-0.006	0.0192	-0.098	-0.1255	0.0244	0.05	0.0043	0.0047	0.0465	0.0037	0.0515	41.2209	5.8472	-64.5564
5	11.9464	-0.5472	-9.2182	1.7999	4.6559	17.6797	-0.2118	0.3726	-0.4066	-0.0879	0.1295	-0.0465	0.2684	0.0105	0.0823	0.2532	-0.0518	-0.0397	0.1213	-0.0052	0.0763	34.9723	-2.5256	-67.9261
6	8.8078	0.3828	-8.9186	0.8869	-2.6871	15.2262	-0.0784	-0.1688	-0.2707	0.0646	-0.0037	0.0231	-0.0378	0.1693	0.0821	0.0963	0.0077	-0.0063	0.0205	-0.0065	0.1223	44.5076	-4.3223	-62.8409
7	1.7825	-0.1062	-2.4821	2.165	-0.1989	9.6133	0.0077	-0.0295	0.0606	0.014	-0.0172	-0.0299	-0.2132	0.1227	0.0095	0.0719	-0.0185	-0.0077	0.1077	-0.0046	0.0932	37.7837	4.5436	-50.1533
8	3.2023	-0.0056	-2.3109	0.5925	1.1204	6.931	0.0228	-0.0199	-0.0287	-0.0381	-0.0204	0.0504	-0.0646	-0.0779	-0.0023	0.0777	0.0074	-0.0035	0.1099	0.0146	0.0946	27.6485	0.9478	-55.0392
9	3.7569	-0.3185	-2.4101	2.3891	-0.6884	6.9141	0.0097	0.0164	-0.1311	0.052	0.0011	-0.0906	0.1156	0.0302	-0.0109	0.0931	0.0019	0.0006	0.0829	0.0014	0.0988	35.272	-6.9801	-51.226
10	7.0132	7.4274	-9.2422	10.6597	-9.8871	12.1856	-0.1403	-0.2087	-0.0802	-0.0878	0.038	-0.1854	0.1753	0.2737	0.1024	0.0397	0.0071	0.0214	0.1292	0.0028	0.035	29.7993	-1.5012	-37.988
11	0.6146	0.9323	1.1017	1.5342	0.8816	7.7244	-0.0454	0.0581	0.036	-0.0519	0.0563	0.0453	-0.2243	0.0981	-0.0109	0.0738	0.005	0.02	0.135	0.017	0.0885	26.2573	3.0182	-39.938
12	13.5381	-6.8512	-6.6706	3.4694	3.3134	6.9303	0.1265	0.3697	-0.0398	-0.0743	-0.1907	0.0151	0.0636	-0.2432	0.0642	0.0707	-0.0012	0.0265	0.11	0.0222	0.0219	24.6172	-2.7885	-40.7195
13	6.6149	-2.205	-2.1518	3.688	0.2238	6.0288	-0.0808	0.3049	-0.2006	-0.3413	-0.0918	0.0341	0.3143	-0.1512	0.1726	0.0567	-0.0057	0.0111	0.0547	-0.0058	0.0089	15.4763	-2.4916	-27.4305
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17	2.0982	0.083	-3.974	1.0416	-0.5814	7.7043	-0.0193	-0.0451	-0.0168	0.039	-0.0171	-0.0098	0.038	0.0955	0.0363	0.0778	0.0125	0.0033	0.0787	0.0099	0.093	14.4563	-6.2233	-12.6587
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22	0.5293	-0.5462	-1.0168	2.0323	-0.6955	6.5041	0.0059	-0.1328	0.0272	0.1388	0.006	0.0443	-0.0482	-0.0579	-0.0119	0.1037	-0.0173	-0.0016	0.1464	-0.0182	0.1134	-2.9217	6.6428	13.3978
23	13.7374	-0.5437	-7.9399	4.432	1.74	10.9875	0.079	-0.339	-0.1121	0.3194	-0.0514	0.4339	-0.1137	-0.3035	-0.0276	0.0931	-0.0234	0.0388	0.0711	-0.006	0.0998	-5.3165	-5.0469	12.5007
24	12.4545	-0.1966	-6.8787	5.777	-2.3076	14.5534	-0.0359	-0.5887	-0.1508	0.6891	-0.0691	0.0816	0.0136	0.1514	0.105	0.1425	-0.0506	-0.005	0.1158	-0.0123	0.0702	5.1004	-0.9509	17.5387
25	7.6287	-2.4156	-0.3797	0.7658	0.121	0.0196	-0.0102	-0.0303	-0.0591	0.0137	0.0134	0.0108	0.0111	0.0027	-0.0031	0.2163	0.0006	-0.0197	0.1474	-0.009	0.167	-6.7286	1.1076	0.2719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	280 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	289 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	289 - 290
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	291 - 300
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B	291 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	C	291 - 300
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	301 - 310
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	B	301 - 310
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	C	301 - 310
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	A	311 - 320
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	B	311 - 320
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	C	311 - 320
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	A	321 - 330
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	B	321 - 330
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	C	321 - 330
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	A	331 - 340
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	B	331 - 340
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	C	331 - 340
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	C	341 - 350
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	A	351 - 363
23	X-RAY DIFFRACTION	23	ALL	B	351 - 363
24	X-RAY DIFFRACTION	24	ALL	C	351 - 363
25	X-RAY DIFFRACTION	25	ALL	A	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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