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- PDB-7oae: Cryo-EM structure of the plectasin fibril (double strands) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oae
タイトルCryo-EM structure of the plectasin fibril (double strands)
要素Fungal defensin plectasin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / fibril / helical
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Arthropod defensin / Invertebrate defensins family profile. / Defensin, invertebrate/fungal / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fungal defensin plectasin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Effantin, G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)675074European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: pH- and concentration-dependent supramolecular assembly of a fungal defensin plectasin variant into helical non-amyloid fibrils.
著者: Christin Pohl / Gregory Effantin / Eaazhisai Kandiah / Sebastian Meier / Guanghong Zeng / Werner Streicher / Dorotea Raventos Segura / Per H Mygind / Dorthe Sandvang / Line Anker Nielsen / ...著者: Christin Pohl / Gregory Effantin / Eaazhisai Kandiah / Sebastian Meier / Guanghong Zeng / Werner Streicher / Dorotea Raventos Segura / Per H Mygind / Dorthe Sandvang / Line Anker Nielsen / Günther H J Peters / Guy Schoehn / Christoph Mueller-Dieckmann / Allan Noergaard / Pernille Harris /
要旨: Self-assembly and fibril formation play important roles in protein behaviour. Amyloid fibril formation is well-studied due to its role in neurodegenerative diseases and characterized by refolding of ...Self-assembly and fibril formation play important roles in protein behaviour. Amyloid fibril formation is well-studied due to its role in neurodegenerative diseases and characterized by refolding of the protein into predominantly β-sheet form. However, much less is known about the assembly of proteins into other types of supramolecular structures. Using cryo-electron microscopy at a resolution of 1.97 Å, we show that a triple-mutant of the anti-microbial peptide plectasin, PPI42, assembles into helical non-amyloid fibrils. The in vitro anti-microbial activity was determined and shown to be enhanced compared to the wildtype. Plectasin contains a cysteine-stabilised α-helix-β-sheet structure, which remains intact upon fibril formation. Two protofilaments form a right-handed protein fibril. The fibril formation is reversible and follows sigmoidal kinetics with a pH- and concentration dependent equilibrium between soluble monomer and protein fibril. This high-resolution structure reveals that α/β proteins can natively assemble into fibrils.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月27日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年4月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Fungal defensin plectasin
C: Fungal defensin plectasin
D: Fungal defensin plectasin
E: Fungal defensin plectasin
F: Fungal defensin plectasin
G: Fungal defensin plectasin
H: Fungal defensin plectasin
I: Fungal defensin plectasin
J: Fungal defensin plectasin
K: Fungal defensin plectasin
L: Fungal defensin plectasin
M: Fungal defensin plectasin
N: Fungal defensin plectasin
T: Fungal defensin plectasin
U: Fungal defensin plectasin
A: Fungal defensin plectasin
O: Fungal defensin plectasin
P: Fungal defensin plectasin
Q: Fungal defensin plectasin
R: Fungal defensin plectasin
S: Fungal defensin plectasin
V: Fungal defensin plectasin
W: Fungal defensin plectasin
X: Fungal defensin plectasin
Y: Fungal defensin plectasin
Z: Fungal defensin plectasin
0: Fungal defensin plectasin
1: Fungal defensin plectasin
2: Fungal defensin plectasin
3: Fungal defensin plectasin
4: Fungal defensin plectasin
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7: Fungal defensin plectasin
8: Fungal defensin plectasin
9: Fungal defensin plectasin
a: Fungal defensin plectasin
b: Fungal defensin plectasin
c: Fungal defensin plectasin
d: Fungal defensin plectasin
e: Fungal defensin plectasin
f: Fungal defensin plectasin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,88842
ポリマ－184,88842
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
Fungal defensin plectasin


分子量: 4402.092 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)
遺伝子: DEF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53I06
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: supermolecular assembly of plectasin into two protein fibrils
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 5.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 15.75 ° / 軸方向距離/サブユニット: 25.1 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 764822 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00813146
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49417430
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8271806
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491428
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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