PDB-7oac: conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oac

タイトル

conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A, crystal form I

要素

General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Coiled Coil / beta layer / hexad repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Adlakha, J. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A, crystal form I
著者: Adlakha, J.

履歴

登録	2021年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oac.cif.gz	199.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oac.ent.gz	158.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oac_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oac_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	7oac_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	7oac_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oaaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

B: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

C: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4

30.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.811, 37.365, 90.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.981, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 282 - 362 / Label seq-ID: 5 - 85

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4 分子量: 10065.771 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, MHK_004959 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A0N0D484
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors, mutant beta1/A,General control transcription factor GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4

分子量: 10065.771 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現)

Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, MHK_004959 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A0N0D484

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 4.5, 7.1 % (w/v) PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→34.46 Å / Num. obs: 13455 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.61 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.37
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 6.78 % / R_merge(I) obs: 1.128 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 2156 / CC_1/2: 0.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049 2013/06/30	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OAA

7oaa

解像度: 2.15→34.459 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 24.489 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2576	673	-
R_work	0.2366	12781	-
all	0.238	-	-
obs	-	13454	99.755 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.836 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.614 Å²	-0 Å²	-4.382 Å²
2-	-	-0.931 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.696 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2034	0	0	7	2041

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.417	1.969	2736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.196	3	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.711	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.786	26.452	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.423	15	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.097	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.292	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.297	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.876	4.369	969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.877	4.366	968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.32	6.54	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.318	6.543	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.469	5.28	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.467	5.283	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.654	7.565	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.651	7.568	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.442	34.461	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.43	34.431	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.12	0.05	4253
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.107	0.05	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.126	0.05	4224

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4253	0.12
1	2	B	4253	0.12
2	1	A	4276	0.11
2	2	C	4276	0.11
3	1	B	4224	0.13
3	2	C	4224	0.13

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.15-2.205	0.364	49	0.421	928	980	99.6939	0.398
2.205-2.266	0.442	48	0.406	921	969	100	0.372
2.266-2.331	0.358	47	0.354	884	931	100	0.316
2.331-2.402	0.373	44	0.322	837	881	100	0.276
2.402-2.481	0.232	45	0.343	868	913	100	0.297
2.481-2.567	0.238	42	0.29	782	824	100	0.254
2.567-2.664	0.336	42	0.261	805	848	99.8821	0.234
2.664-2.772	0.313	39	0.25	734	773	100	0.223
2.772-2.894	0.242	38	0.241	731	769	100	0.222
2.894-3.034	0.342	36	0.251	686	722	100	0.234
3.034-3.197	0.29	35	0.259	659	694	100	0.247
3.197-3.389	0.318	33	0.256	624	657	100	0.246
3.389-3.621	0.292	31	0.219	596	627	100	0.221
3.621-3.907	0.268	29	0.202	541	573	99.4764	0.206
3.907-4.275	0.177	26	0.18	506	532	100	0.2
4.275-4.77	0.121	25	0.165	472	498	99.7992	0.198
4.77-5.49	0.33	22	0.215	408	433	99.3072	0.255
5.49-6.682	0.271	18	0.276	354	372	100	0.312
6.682-9.277	0.167	15	0.197	290	305	100	0.268
9.277-34.459	0.318	9	0.24	155	182	90.1099	0.324

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7769	0.4088	1.2693	3.6626	-0.1301	3.3413	0.1961	0.2092	0.1421	-0.2157	-0.0341	0.3072	0.2658	-0.0308	-0.162	0.0723	0.0225	0.0035	0.1456	0.0354	0.064	-42.0538	-0.0372	-11.7293
2	4.5866	-0.2847	3.1269	0.9127	-0.3746	2.1696	0.1208	-0.0304	-0.0392	0.0133	-0.0894	-0.0153	0.0789	-0.0174	-0.0314	0.1273	0.0198	0.0628	0.138	0.0037	0.035	-31.606	-0.0244	-2.2678
3	3.9759	-0.2567	2.5342	0.2295	-0.4809	2.1486	-0.0431	-0.1213	0.2045	-0.0915	-0.0503	-0.0208	0.1293	-0.0362	0.0933	0.1206	-0.0047	0.0341	0.0605	0.0108	0.0672	-20.3932	-0.0303	7.0162
4	4.8161	-0.7145	2.143	0.4857	-1.0866	2.5414	-0.056	-0.0381	0.1721	0.0123	-0.0144	-0.0227	-0.0464	-0.034	0.0704	0.1272	-0.0112	0.0293	0.087	-0.0204	0.0369	-9.0078	-0.078	15.9489
5	4.5737	0.4538	3.6765	0.0556	0.415	3.295	-0.0198	0.0422	0.1876	0.022	-0.0673	0.0131	0.2185	-0.1656	0.0871	0.1727	-0.0826	-0.0013	0.1662	0.0264	0.0442	3.0827	0.29	26.2464
6	3.4132	0.7451	3.3013	0.2845	0.8258	3.3305	0.1127	-0.0631	0.1137	0.0108	-0.0984	-0.0618	0.152	-0.0742	-0.0143	0.1002	0.0055	0.0355	0.0836	-0.0011	0.1036	13.0851	0.4675	35.6734
7	3.3418	0.2512	2.8926	0.0854	0.1869	2.5183	0.276	-0.0748	-0.1035	0.0661	-0.1353	0.0342	0.2379	-0.0208	-0.1407	0.1753	-0.0353	0.0524	0.1642	-0.05	0.0416	23.4554	0.3162	46.0653
8	1.9124	-1.9158	0.6621	1.9569	-0.5525	3.1768	-0.0041	0.0553	0.0019	0.0876	-0.0681	0.0047	-0.0147	0.1487	0.0721	0.1767	-0.0634	0.0099	0.0875	0.0127	0.007	35.1749	0.0327	58.1347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	281 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	281 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	281 - 290
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	291 - 300
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	291 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	C	291 - 300
7	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	301 - 310
8	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	301 - 310
9	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	301 - 310
10	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	311 - 320
11	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	311 - 320
12	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	C	311 - 320
13	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	321 - 330
14	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B	321 - 330
15	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	C	321 - 330
16	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	331 - 340
17	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	B	331 - 340
18	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	C	331 - 340
19	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	341 - 350
20	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	B	341 - 350
21	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	C	341 - 350
22	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	351 - 363
23	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	B	351 - 363
24	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	C	351 - 363

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)