PDB-7oaa: conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oaa

タイトル

conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors

要素

General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Coiled Coil / beta layer / hexad repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Adlakha, J. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors
著者: Adlakha, J.

履歴

登録	2021年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oaa.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oaa.ent.gz	60 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aptS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4

10.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.243, 38.243, 279.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-488- HOH

#1: タンパク質	General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4 分子量: 10135.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, MHK_004959 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A0N0D484
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

General control transcription factor GCN4,conserved hypothetical protein residues 311-335 from Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4

分子量: 10135.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現)

Candidatus Magnetomorum sp. HK-1 (バクテリア)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, MHK_004959 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A0N0D484

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.65 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 30% (w/v) PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0704 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0704 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→32.89 Å / Num. obs: 10751 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 17.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.47 Å / R_merge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 538 / CC_1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049 2013/06/30	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5apt

5apt

解像度: 1.4→32.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 3.907 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	535	-
R_work	0.2308	10216	-
all	0.233	-	-
obs	-	10751	65.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.145 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.939 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	692	0	0	91	783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.687	1.985	965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.596	3	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.029	5	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.536	26.563	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.667	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.089	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.037	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.134	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.141	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.101	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.052	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.368	3.924	336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.248	3.869	335
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.218	6.509	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.275	6.564	421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.308	5.314	386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.266	5.29	386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.834	8.378	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.821	8.349	543
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.123	20.039	881
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.05	19.151	856

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.437	0.511	12	0.319	270	1183	23.8377	0.292
1.437-1.476	0.384	7	0.303	295	1161	26.0121	0.254
1.476-1.519	0.279	16	0.259	304	1101	29.0645	0.225
1.519-1.565	0.324	24	0.28	339	1078	33.6735	0.232
1.565-1.617	0.242	14	0.256	377	1066	36.6792	0.224
1.617-1.674	0.262	25	0.251	401	1011	42.1365	0.204
1.674-1.737	0.304	27	0.279	493	1010	51.4851	0.234
1.737-1.808	0.215	30	0.261	574	955	63.2461	0.223
1.808-1.888	0.32	39	0.269	684	898	80.5123	0.239
1.888-1.98	0.309	43	0.26	832	875	100	0.219
1.98-2.087	0.269	43	0.254	799	843	99.8814	0.24
2.087-2.214	0.18	39	0.224	756	795	100	0.199
2.214-2.366	0.283	38	0.212	722	760	100	0.191
2.366-2.556	0.274	36	0.224	675	711	100	0.206
2.556-2.8	0.285	32	0.211	605	637	100	0.203
2.8-3.13	0.237	30	0.213	574	605	99.8347	0.213
3.13-3.613	0.263	27	0.216	507	534	100	0.231
3.613-4.424	0.265	22	0.185	435	458	99.7817	0.203
4.424-6.249	0.324	19	0.241	350	372	99.1936	0.273
6.249-93.222	0.219	12	0.266	224	237	99.5781	0.321

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0209	1.6824	2.3178	4.8756	0.6415	9.3506	-0.0888	0.2914	-0.0397	-0.3998	0.0113	-0.0779	0.1338	-0.112	0.0775	0.0528	0.0087	-0.0171	0.041	-0.0013	0.1008	-3.9254	5.0305	21.3295
2	1.0529	-0.1963	0.727	2.3173	-0.3993	5.1701	-0.0601	0.0033	0.0592	-0.0116	-0.0444	0.04	-0.0513	-0.1071	0.1045	0.0499	0.0032	-0.0001	0.0377	-0.0018	0.0609	-1.8113	5.6697	36.0853
3	0.7898	0.3196	0.5881	1.9131	-0.4168	6.7336	-0.0117	0.0591	0.0497	0.0135	-0.0185	0.0858	-0.0877	-0.0868	0.0303	0.0553	0.0037	0.0022	0.0434	-0.0021	0.0708	1.4807	5.9486	51.1177
4	0.9238	-1.4868	1.4854	3.2661	-2.1313	6.7958	0.0405	0.102	0.0052	-0.1959	-0.1633	-0.0882	0.0437	0.3749	0.1228	0.0212	0.0051	0.0129	0.0215	0.0066	0.0223	3.5934	-0.4357	66.462
5	3.0067	0.0018	-1.0687	1.5251	2.5922	4.8528	0.0011	0.1846	-0.0876	-0.0311	-0.1659	0.0963	0.017	-0.3783	0.1649	0.0732	-0.0209	-0.0384	0.0384	-0.004	0.0271	-4.6603	-2.4864	80.6459
6	1.0268	-0.2154	-0.5504	1.3429	0.1376	6.0144	-0.0134	-0.134	-0.0561	0.0314	-0.0342	0.107	-0.0234	-0.0801	0.0476	0.0277	-0.0041	0.0014	0.0306	-0.0031	0.0599	-7.1146	1.1447	95.5941
7	1.1229	0.3326	-0.0073	1.2188	1.3483	9.9798	-0.005	-0.0229	0.0439	0.0872	0.0427	0.0027	0.0847	0.1489	-0.0377	0.0137	0.0121	0.0098	0.0244	0.0114	0.0752	-4.3315	3.9856	118.8017

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	282 - 291	282 - 291
2	2	292 - 301	292 - 301
3	3	302 - 311	302 - 311
4	4	312 - 321	312 - 321
5	5	322 - 331	322 - 331
6	6	332 - 341	332 - 341
7	7	342 - 363	342 - 366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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