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- PDB-7oa9: Crystal structure of Human Menin in complex with Fragment 21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oa9
タイトルCrystal structure of Human Menin in complex with Fragment 21
要素Isoform 2 of Menin
キーワードONCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Y-form DNA binding / negative regulation of telomerase activity / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / MLL1/2 complex / T-helper 2 cell differentiation / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...Y-form DNA binding / negative regulation of telomerase activity / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / MLL1/2 complex / T-helper 2 cell differentiation / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of osteoblast differentiation / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / transcription repressor complex / negative regulation of protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / response to gamma radiation / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / protein-macromolecule adaptor activity / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Groves, M.R. / Gao, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Human Menin in complex with Fragment 21
著者: Groves, M.R. / Gao, K.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,86110
ポリマ－56,0341
非ポリマー8289
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.399, 107.399, 107.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

HOH

21A-727-

HOH

31A-862-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Menin


分子量: 56033.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物 ChemComp-V6K / (~{E})-2-cyano-3-(4-hydroxyphenyl)-~{N}-(2-morpholin-4-ylethyl)prop-2-enamide


分子量: 301.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG 3350 14% Glycerol / PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→49 Å / Num. obs: 37566 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 36.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.098→2.173 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Num. unique obs: 3674 / CC1/2: 0.957 / CC star: 0.989 / Rrim(I) all: 0.599 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DDC

5ddc


解像度: 2.098→48.21 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 1780 4.74 %
Rwork0.1969 35770 -
obs0.1987 37550 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.27 Å2 / Biso mean: 46.261 Å2 / Biso min: 21.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.098→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3594 0 56 169 3819
Biso mean--49.97 44.91 -
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8285022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9492210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.15420.27231220.2294267599
2.1542-2.21760.24321410.22722693100
2.2176-2.28920.30551220.21952736100
2.2892-2.3710.26391150.21972724100
2.371-2.4660.27611620.2212684100
2.466-2.57820.26121430.21492729100
2.5782-2.71410.24591000.21212758100
2.7141-2.88410.25621230.21522730100
2.8841-3.10680.27111330.20242764100
3.1068-3.41930.22321470.1942738100
3.4193-3.91390.21431690.17942759100
3.9139-4.93040.20231430.17512817100
4.9304-70.2341600.19592963100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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