PDB-7oa4: Crystal structure of the N-terminal endonuclease domain of La Cro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oa4

タイトル

Crystal structure of the N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein bound to compound L-742,001

要素

N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

キーワード

TRANSFERASE / complex / inhibitor / endonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bunyavirus La Crosse (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Feracci, M. / Hernandez, S. / Vincentelli, R. / Ferron, F. / Reguera, J. / Canard, B. / Alvarez, K.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Biophysical and structural study of La Crosse virus endonuclease inhibition for the development of new antiviral options.
著者: Feracci, M. / Hernandez, S. / Garlatti, L. / Mondielli, C. / Vincentelli, R. / Canard, B. / Reguera, J. / Ferron, F. / Alvarez, K.

履歴

登録	2021年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oa4.cif.gz	310.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oa4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oa4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7plrC 2xi7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

BBB: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

DDD: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

GGG: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

ヘテロ分子

89.3 kDa, 4 ポリマー
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1

AAA: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
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3

DDD: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
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4

GGG: N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	124.790, 124.790, 295.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase / RNA-directed RNA polymerase L 分子量: 21722.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bunyavirus La Crosse (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-0N8 / (2Z)-4-[1-benzyl-4-(4-chlorobenzyl)piperidin-4-yl]-2-hydroxy-4-oxobut-2-enoic acid / (2Z)-2-ヒドロキシ-4-オキソ-4-[4-(4-クロロベンジル)-1-ベンジルピペリジン-4-イル]-2-ブテン酸分子量: 413.894 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄ClNO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 3.4M Na-formate 0.1M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97563 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97563 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→108.071 Å / Num. obs: 31157 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.8 % / B_iso Wilson estimate: 49.67 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 27.09 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1505 / CC_1/2: 0.909 / R_pim(I) all: 0.202 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2	0.6.475-g7ac7bb6b-dials-2.2	データ削減
DIALS	2.2.10-g6dafd9427-release	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XI7

2xi7

解像度: 2.9→108.071 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.202 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 13.152 / SU ML: 0.23 / Average fsc free: 0.9081 / Average fsc work: 0.9253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.736 / ESU R Free: 0.327 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2386	1542	4.963 %
R_work	0.197	29531	-
all	0.199	-	-
obs	-	31073	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.961 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.393 Å²	0.197 Å²	0 Å²
2-	-	0.393 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→108.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6132	0	142	102	6376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	6409
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.211	1.648	8710
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.084	1.584	13803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.768	5	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.228	22.418	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.762	15	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.343	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	5501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	3257
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.302	5.566	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.302	5.566	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.237	8.34	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.237	8.342	3677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.411	5.748	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.411	5.748	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.496	8.566	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.496	8.567	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.296	104.622	25898
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.294	104.654	25871

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.9-2.975	0.351	116	0.295	2145	0.298	2267	0.81	0.84	99.7353	0.267
2.975-3.057	0.34	98	0.28	2074	0.283	2172	0.832	0.85	100	0.251
3.057-3.145	0.352	100	0.289	2027	0.292	2127	0.829	0.854	100	0.257
3.145-3.242	0.312	112	0.267	1949	0.269	2061	0.865	0.886	100	0.235
3.242-3.348	0.334	98	0.243	1897	0.247	1995	0.859	0.914	100	0.212
3.348-3.466	0.27	95	0.237	1874	0.239	1969	0.906	0.921	100	0.205
3.466-3.596	0.241	101	0.204	1775	0.206	1876	0.934	0.948	100	0.178
3.596-3.743	0.234	72	0.202	1745	0.203	1817	0.941	0.948	100	0.175
3.743-3.909	0.26	99	0.205	1663	0.208	1762	0.917	0.937	100	0.182
3.909-4.1	0.213	84	0.183	1575	0.185	1659	0.944	0.956	100	0.162
4.1-4.321	0.225	72	0.173	1547	0.176	1619	0.945	0.959	100	0.149
4.321-4.583	0.181	76	0.155	1440	0.157	1516	0.962	0.968	100	0.135
4.583-4.899	0.165	72	0.152	1359	0.153	1431	0.967	0.97	100	0.131
4.899-5.29	0.176	80	0.153	1272	0.155	1352	0.974	0.972	100	0.131
5.29-5.794	0.279	51	0.171	1191	0.176	1242	0.957	0.968	100	0.148
5.794-6.475	0.222	63	0.181	1081	0.183	1144	0.946	0.959	100	0.159
6.475-7.473	0.247	50	0.168	982	0.171	1032	0.922	0.967	100	0.146
7.473-9.141	0.183	48	0.154	830	0.156	878	0.967	0.971	100	0.14
9.141-12.881	0.147	28	0.13	683	0.131	711	0.982	0.985	100	0.124
12.881-108.071	0.276	27	0.272	421	0.272	448	0.946	0.93	100	0.26

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