PDB-7oa0: Crystal structure of di-phosphorylated human CLK1 in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oa0

タイトル

Crystal structure of di-phosphorylated human CLK1 in complex with 5-(6,7-dichloro-1H-indol-3-yl)pyrimidin-4-amine

要素

Dual specificity protein kinase CLK1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CLK1 / splicing / kinase / viral infection

機能・相同性

機能・相同性情報

dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Livnah, O. / Domovich, Y. / Bracher, F. / Aiger, C.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of novel CLK1 inhibitors as potential drugs for treatment of Chikungunya virus infections
著者: Livnah, O. / Domovich, Y. / Bracher, F. / Aiger, C.

履歴

登録	2021年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oa0.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oa0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oa0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oa0_validation.pdf.gz	760.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oa0_full_validation.pdf.gz	762.9 KB	表示
XML形式データ	7oa0_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	7oa0_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/7oa0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o9yC 6r8jS 6qty 6r6e 6r6x 7afq S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Dual specificity protein kinase CLK1

ヘテロ分子

39.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.220, 68.220, 283.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-757- HOH

#1: タンパク質	Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1 分子量: 39449.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-JTQ / 5-[6,7-bis(chloranyl)-1-methyl-indol-3-yl]pyrimidin-4-amine 分子量: 293.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀Cl₂N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 24% PEG3350, 200mM MgCl2, 100mM BisTris (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→100 Å / Num. obs: 36760 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.73 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.68
反射シェル	解像度: 1.81→1.87 Å / R_merge(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 3320 / CC_1/2: 0.679 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R8J

6r8j

解像度: 1.81→50.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.845 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2423	1837	4.998 %
R_work	0.1926	34918	-
all	0.195	-	-
obs	-	36755	99.704 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.911 Å²	0.455 Å²	0 Å²
2-	-	0.911 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.955 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→50.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2719	0	18	182	2919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.849	1.652	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.44	1.587	6036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.152	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.034	21.429	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.132	15	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.422	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	666
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.098	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.882	3.751	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.878	3.749	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.856	5.603	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.857	5.606	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.168	4.321	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.166	4.322	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.348	6.262	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.346	6.262	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.635	43.539	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.619	43.343	3204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.857	0.352	122	0.319	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.6224
1.857-1.908	0.337	126	0.297	2461	X-RAY DIFFRACTION	99.6149
1.908-1.963	0.332	113	0.285	2391	X-RAY DIFFRACTION	99.8007
1.963-2.023	0.297	142	0.259	2302	X-RAY DIFFRACTION	99.7551
2.023-2.09	0.264	116	0.23	2239	X-RAY DIFFRACTION	99.8728
2.09-2.163	0.299	112	0.238	2198	X-RAY DIFFRACTION	99.9135
2.163-2.244	0.271	110	0.228	2126	X-RAY DIFFRACTION	99.8214
2.244-2.336	0.287	116	0.216	2038	X-RAY DIFFRACTION	99.7684
2.336-2.44	0.257	112	0.209	1984	X-RAY DIFFRACTION	99.9523
2.44-2.559	0.255	94	0.194	1868	X-RAY DIFFRACTION	99.9491
2.559-2.697	0.246	77	0.178	1832	X-RAY DIFFRACTION	99.6347
2.697-2.86	0.241	119	0.184	1690	X-RAY DIFFRACTION	99.9448
2.86-3.057	0.265	64	0.197	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.057-3.301	0.234	98	0.196	1501	X-RAY DIFFRACTION	99.8127
3.301-3.615	0.228	72	0.182	1421	X-RAY DIFFRACTION	99.7995
3.615-4.04	0.193	65	0.164	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.7775
4.04-4.661	0.172	60	0.133	1150	X-RAY DIFFRACTION	99.5885
4.661-5.7	0.223	57	0.163	995	X-RAY DIFFRACTION	98.7793
5.7-8.023	0.265	44	0.19	789	X-RAY DIFFRACTION	99.0488
8.023-50.128	0.229	18	0.183	511	X-RAY DIFFRACTION	97.0642

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)