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- PDB-7o9v: hypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o9v
タイトルhypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus Magnetoglobus multicellularis fused to GCN4 adaptors
要素General control transcription factor GCN4,hypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus Magnetoglobus multicellularis fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4
キーワードPROTEIN FIBRIL / Coiled Coil / beta layer / hexad repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
FG-GAP-like repeat / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / FG-GAP repeat / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Integrin alpha, N-terminal / Fibronectin type 3 domain ...FG-GAP-like repeat / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / FG-GAP repeat / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Integrin alpha, N-terminal / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Candidatus Magnetoglobus multicellularis str. Araruama (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Adlakha, J. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: hypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus Magnetoglobus multicellularis fused to GCN4 adaptors
著者: Adlakha, J.
履歴
登録2021年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General control transcription factor GCN4,hypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus Magnetoglobus multicellularis fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4
B: General control transcription factor GCN4,hypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus Magnetoglobus multicellularis fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4
C: General control transcription factor GCN4,hypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus Magnetoglobus multicellularis fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4593
ポリマ－32,4593
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.827, 34.649, 82.547
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA216 - 2956 - 85
21GLUGLUBB216 - 2956 - 85
12ILEILEAA216 - 2966 - 86
22ILEILECC216 - 2966 - 86
13GLUGLUBB216 - 2956 - 85
23GLUGLUCC216 - 2956 - 85

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 General control transcription factor GCN4,hypothetical protein OMM_04225 residues 244-274 from Candidatus Magnetoglobus multicellularis fused to GCN4 adaptors,General control transcription factor GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4


分子量: 10819.589 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Candidatus Magnetoglobus multicellularis str. Araruama (バクテリア)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, OMM_04225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A0A1V1P2N3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M KSCN, 0.1M bis tris propane pH 8.5, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→37.04 Å / Num. obs: 11390 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.99→2.12 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 570 / CC1/2: 0.657 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YNY

2yny


解像度: 1.99→37.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 19.611 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3149 779 6.8 %RANDOM
Rwork0.2618 ---
obs0.2656 10611 67.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.27 Å2 / Biso mean: 44.231 Å2 / Biso min: 15.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å21.18 Å2
2--1.16 Å2-0 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→37.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2026 0 0 26 2052
Biso mean---35.05 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7331.9742755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.40134697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9645243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.64126.91594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.55615441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.155153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02396
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A39190.16
12B39190.16
21A38910.16
22C38910.16
31B37900.17
32C37900.17
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.041 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 13 -
Rwork0.375 187 -
all-200 -
obs--15.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48081.1208-3.96192.574-2.92614.538-0.04530.0311-0.01830.03320.0081-0.0993-0.29810.0010.03720.03970.0268-0.03970.0518-0.01840.181720.915-1.4191.966
22.5942-1.4649-4.3941.81072.078814.9035-0.06970.0118-0.0882-0.0460.0104-0.01410.14850.14550.05930.0441-0.0298-0.05660.04740.00480.216912.371-3.119-1.308
31.71680.01241.41941.26130.642515.5186-0.03060.0189-0.0143-0.0025-0.00950.08030.0478-0.00860.040.0585-0.0093-0.00230.00340.01830.214615.065.8760.525
44.06760.2462-9.55640.6237-1.273623.96540.87210.44650.5661-0.02130.11180.0844-1.7349-1.3776-0.9840.40180.03050.13290.37010.00540.42195.5482.28940.558
54.47261.1899-7.56561.4029-5.579924.51520.41960.36560.2514-0.0753-0.2073-0.0058-0.11360.3907-0.21230.39460.06330.05230.33560.00130.17225.8350.46240.52
65.5281.7988-7.63580.7293-1.588117.13980.23950.51670.08260.05250.10230.0586-0.2804-1.2225-0.34190.39220.10530.12790.390.08280.32894.4020.90539.824
73.29420.8314-4.87811.93570.125213.4596-0.0128-0.0757-0.04440.08180.10530.04950.0040.1721-0.09250.0570.0428-0.06850.0640.00490.2088-2.977-2.40476.042
83.4304-0.7093-7.12411.58961.801917.257-0.06360.0510.0539-0.10510.00410.0336-0.1510.07850.05960.0505-0.0183-0.07150.12770.01330.2174-12.848-1.57573.475
91.91710.1316-2.01920.82280.43279.4450.07210.13810.0986-0.1278-0.0072-0.0858-0.1465-0.0247-0.06490.17370.0192-0.01580.0199-0.01120.2693-7.8076.03375.169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A216 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2B215 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3C216 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4A246 - 270
5X-RAY DIFFRACTION5B246 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6C246 - 270
7X-RAY DIFFRACTION7A271 - 296
8X-RAY DIFFRACTION8B271 - 298
9X-RAY DIFFRACTION9C271 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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