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万見
- PDB-7o9u: Solution structure of oxidized cytochrome c552 from Thioalkalivib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o9u
タイトルSolution structure of oxidized cytochrome c552 from Thioalkalivibrio paradoxus
要素Cytochrome c552
キーワードELECTRON TRANSPORT / thiocyanate dehydrogenase electron acceptor / cytochrome c552 / class I cytochrome c / hemeprotein / periplasmic
機能・相同性HEME C
機能・相同性情報
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Britikov, V.V. / Britikova, E.V. / Altukhov, D.A. / Timofeev, V.I. / Dergousova, N.I. / Rakitina, T.V. / Tikhonova, T.V. / Usanov, S.A. / Popov, V.O. / Bocharov, E.V.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Science Foundation20-14-00314 ロシア
Russian Foundation for Basic Research20-54-00041 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Unusual Cytochrome c 552 from Thioalkalivibrio paradoxus : Solution NMR Structure and Interaction with Thiocyanate Dehydrogenase.
著者: Britikov, V.V. / Bocharov, E.V. / Britikova, E.V. / Dergousova, N.I. / Kulikova, O.G. / Solovieva, A.Y. / Shipkov, N.S. / Varfolomeeva, L.A. / Tikhonova, T.V. / Timofeev, V.I. / Shtykova, E.V. ...著者: Britikov, V.V. / Bocharov, E.V. / Britikova, E.V. / Dergousova, N.I. / Kulikova, O.G. / Solovieva, A.Y. / Shipkov, N.S. / Varfolomeeva, L.A. / Tikhonova, T.V. / Timofeev, V.I. / Shtykova, E.V. / Altukhov, D.A. / Usanov, S.A. / Arseniev, A.S. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2021年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2021年5月5日ID: 6TK0
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3562
ポリマ－16,7371
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1120 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11390 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c552


分子量: 16737.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
遺伝子: WP_006748979.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D 1H-15N NOESY
1161isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-15N TOCSY
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HCACO
1111isotropic13D HNHA
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic13D HN(CA)CB
1141isotropic13D HBHA(CO)NH
1151isotropic13D H(CCO)NH
1172isotropic12D 1H-1H NOESY
1182isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cytochrome c552, 95% H2O/5% D2O15N_13C_sample95% H2O/5% D2O
solution20.6 mM Cytochrome c552, 95% H2O/5% D2Ounlabeled_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMCytochrome c552[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMCytochrome c552natural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
X-PLOR NIH3.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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