PDB-7o9l: Dictyostelium discoideum dye decolorizing peroxidase DyPA in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o9l

タイトル

Dictyostelium discoideum dye decolorizing peroxidase DyPA in complex with cyanide.

要素

DyPA

キーワード

HYDROLASE / Dye decolorizing-type peroxidase / Dictyostelium discoideum / B-type DyP

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity / protein dimerization activity / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Rai, A. / Fedorov, R. / Manstein, D.J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Dye-Decolorizing Peroxidase from Dictyostelium discoideum .
著者: Rai, A. / Klare, J.P. / Reinke, P.Y.A. / Englmaier, F. / Fohrer, J. / Fedorov, R. / Taft, M.H. / Chizhov, I. / Curth, U. / Plettenburg, O. / Manstein, D.J.

履歴

登録	2021年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o9l.cif.gz	328.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o9l.ent.gz	221.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o9l_validation.pdf.gz	475.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o9l_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	7o9l_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	7o9l_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o9jSC 7odzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o9j-d 6rr1-d 7odz-d 5vj0-2 6fl2-d 6rr5-d 6rpd-d 6rqy-d 5vj0-1 6rr8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DyPA

B: DyPA

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.050, 141.050, 95.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	DyPA 分子量: 35426.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: DDB0168077, DDB0217308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q556V8
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M Sodium malonate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91985 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月1日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→47.74 Å / Num. obs: 82374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.0394 / Net I/σ(I): 15.36
反射シェル	解像度: 1.85→1.94 Å / 冗長度: 26.22 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Num. unique obs: 10792 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7O9J

7o9j

解像度: 1.85→45.22 Å / SU ML: 0.1737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.8398
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1799	4123	5.01 %
R_work	0.1546	78169	-
obs	0.1559	82292	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4918	0	118	393	5429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5135
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1026	6926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0773	744
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	886
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1052	711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3017	134	0.268	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.87-1.89	0.244	126	0.2398	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.92	0.2639	132	0.2239	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.92-1.94	0.2268	138	0.2039	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2141	134	0.182	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2184	130	0.1721	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2-2.03	0.1903	143	0.1591	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.148	135	0.1613	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.1818	139	0.1565	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2108	140	0.1517	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.1889	137	0.1443	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.1841	141	0.1526	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.26	0.1874	128	0.1492	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.1783	157	0.1496	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.36	0.1966	115	0.1454	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.42	0.1894	160	0.1495	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.48	0.1823	153	0.154	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.56	0.1923	139	0.159	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.64	0.196	168	0.1547	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.73	0.1874	141	0.1525	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.84	0.1984	139	0.1591	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.97	0.2006	146	0.1473	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.13	0.196	158	0.1548	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.32	0.1669	135	0.1493	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.58	0.1477	145	0.1369	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.94	0.1486	150	0.1335	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.51	0.1471	157	0.1296	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-5.68	0.1365	144	0.1464	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
5.68-45.22	0.2312	159	0.1876	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.07372623191 Å / Origin y: 26.3872388582 Å / Origin z: 13.8894603174 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.182983943672 Å²	0.000127154021361 Å²	0.0115782255618 Å²	-	0.163041026471 Å²	-0.00265672933352 Å²	-	-	0.155973560617 Å²
L	0.731010940556 °²	0.0356503521698 °²	0.191328614111 °²	-	0.399493735993 °²	-0.0937732193032 °²	-	-	0.368476040866 °²
S	0.0253977977697 Å °	-0.0343060747996 Å °	0.0184710285122 Å °	0.0208194255957 Å °	0.00183337730152 Å °	0.0216513855796 Å °	-0.0323598516211 Å °	-0.00616214614121 Å °	8.76512148177E-6 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)