PDB-7o89: sulerythrin without metals (apo-state)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o89

タイトル

sulerythrin without metals (apo-state)

要素

Sulerythrin

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / sulerythrin /

Hydrogen peroxide (過酸化水素) /

molecular oxygen / bi-metallic binding site

機能・相同性

Rubrerythrin, diiron-binding domain /

Rubrerythrin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. /

Ferritin-like / Ferritin-like superfamily /

oxidoreductase activity /

metal ion binding / Sulerythrin

機能・相同性情報

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Bimetallic Mn, Fe, Co, and Ni Sites in a Four-Helix Bundle Protein: Metal Binding, Structure, and Peroxide Activation.
著者: Jeoung, J.H. / Runger, S. / Haumann, M. / Neumann, B. / Klemke, F. / Davis, V. / Fischer, A. / Dau, H. / Wollenberger, U. / Dobbek, H.

履歴

登録	2021年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o89.cif.gz	86.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o89.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/7o89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/7o89	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o8aC 7o8dC 7o90C 7o91C 7o93C 7o99C 7o9cC 7o9dC 7o9eC 1j30S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o90-d 7o9e-d 7o9c-d 7o9d-d 1j30-d 7o91-2 4di0-d 7o93-d 7o8d-d 3l1z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulerythrin

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulerythrin

ヘテロ分子

A: Sulerythrin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.147, 96.147, 80.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-453- HOH

#1: タンパク質	Sulerythrin 分子量: 16098.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ST2370, STK_23700 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: F9VPE5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.22 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 20-25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→48.07 Å / Num. obs: 974906 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 12.81 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.16→1.2 Å / Num. unique obs: 7457 / CC_1/2: 0.617

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J30

1j30

解像度: 1.16→48.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.799 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14603	2101	2.8 %	RANDOM
R_work	0.12399	-	-	-
obs	0.12459	74017	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.954 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0.06 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.16→48.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1109	0	1	238	1348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.655	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.741	1.585	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.178	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.55	22.25	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.163	15	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.807	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.312	1.333	643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.281	1.318	641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.795	1.995	823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.816	1.995	823
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.71	1.666	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.71	1.672	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.147	2.362	938
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.568	18.503	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.804	16.688	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.039	3	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	153	-
R_work	0.265	5367	-
obs	-	-	99.39 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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