[日本語] English
万見
- PDB-7o85: Anthrax toxin prepore in complex with the neutralizing Fab cAb29 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o85
タイトルAnthrax toxin prepore in complex with the neutralizing Fab cAb29
要素
  • (Fab) x 2
  • Protective antigen PA-63
キーワードTOXIN / Anthrax / PA / neutralizing / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily ...Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hoelzgen, F. / Zalk, R. / Alcalay, R. / Cohen-Schwartz, S. / Garau, G. / Shahar, A. / Mazor, O. / Frank, G.A.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation364/20 イスラエル
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Neutralization of the anthrax toxin by antibody-mediated stapling of its membrane-penetrating loop.
著者: F Hoelzgen / R Zalk / R Alcalay / S Cohen-Schwartz / G Garau / A Shahar / O Mazor / G A Frank /
要旨: Anthrax infection is associated with severe illness and high mortality. Protective antigen (PA) is the central component of the anthrax toxin, which is one of two major virulence factors of Bacillus ...Anthrax infection is associated with severe illness and high mortality. Protective antigen (PA) is the central component of the anthrax toxin, which is one of two major virulence factors of Bacillus anthracis, the causative agent of anthrax disease. Upon endocytosis, PA opens a pore in the membranes of endosomes, through which the cytotoxic enzymes of the toxin are extruded. The PA pore is formed by a cooperative conformational change in which the membrane-penetrating loops of PA associate, forming a hydrophobic rim that pierces the membrane. Due to its crucial role in anthrax progression, PA is an important target for monoclonal antibody-based therapy. cAb29 is a highly effective neutralizing antibody against PA. Here, the cryo-EM structure of PA in complex with the Fab portion of cAb29 was determined. It was found that cAb29 neutralizes the toxin by clamping the membrane-penetrating loop of PA to the static surface-exposed loop of the D3 domain of the same subunit, thereby preventing pore formation. These results provide the structural basis for the antibody-based neutralization of PA and bring into focus the membrane-penetrating loop of PA as a target for the development of better anti-anthrax vaccines.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Neutralization of the anthrax toxin by antibody-mediated stapling of its membrane penetrating loop
著者: Hoelzgen, F. / Zalk, R. / Alcalay, R. / Garau, G. / Shahar, A. / Mazor, O. / Frank, G.A.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12761
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12761
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protective antigen PA-63
B: Fab
C: Fab
D: Protective antigen PA-63
E: Fab
F: Fab
G: Protective antigen PA-63
H: Fab
I: Fab
J: Protective antigen PA-63
K: Fab
L: Fab
M: Protective antigen PA-63
N: Fab
O: Fab
P: Protective antigen PA-63
Q: Fab
R: Fab
S: Protective antigen PA-63
T: Fab
U: Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,54135
ポリマ－488,98021
非ポリマー56114
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area39960 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area176290 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質
Protective antigen PA-63 / PA63


分子量: 49244.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagA, pag, pXO1-110, BXA0164, GBAA_pXO1_0164 / 発現宿主: Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株 (発現宿主): V770-NP1-R / 参照: UniProt: P13423
#2: 抗体
Fab


分子量: 10023.125 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質
Fab


分子量: 10586.680 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Fab bound to anthrax protective antigenCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2anthrax protective antigenCOMPLEX#11RECOMBINANT
3FabCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.791 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bacillus anthracis (炭疽菌)1392
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bacillus anthracis (炭疽菌)1392
23Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 211098 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る