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万見
- PDB-7o83: KRasG12C ligand complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o83
タイトルKRasG12C ligand complex
要素V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endocrine signaling / forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / glial cell proliferation ...endocrine signaling / forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / glial cell proliferation / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / striated muscle cell differentiation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / visual learning / actin cytoskeleton organization / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / GTPase activity / positive regulation of gene expression / GTP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-V52 / V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Phillips, C. / Breed, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of AZD4625, a Covalent Allosteric Inhibitor of the Mutant GTPase KRAS G12C .
著者: Kettle, J.G. / Bagal, S.K. / Bickerton, S. / Bodnarchuk, M.S. / Boyd, S. / Breed, J. / Carbajo, R.J. / Cassar, D.J. / Chakraborty, A. / Cosulich, S. / Cumming, I. / Davies, M. / Davies, N.L. ...著者: Kettle, J.G. / Bagal, S.K. / Bickerton, S. / Bodnarchuk, M.S. / Boyd, S. / Breed, J. / Carbajo, R.J. / Cassar, D.J. / Chakraborty, A. / Cosulich, S. / Cumming, I. / Davies, M. / Davies, N.L. / Eatherton, A. / Evans, L. / Feron, L. / Fillery, S. / Gleave, E.S. / Goldberg, F.W. / Hanson, L. / Harlfinger, S. / Howard, M. / Howells, R. / Jackson, A. / Kemmitt, P. / Lamont, G. / Lamont, S. / Lewis, H.J. / Liu, L. / Niedbala, M.J. / Phillips, C. / Polanski, R. / Raubo, P. / Robb, G. / Robinson, D.M. / Ross, S. / Sanders, M.G. / Tonge, M. / Whiteley, R. / Wilkinson, S. / Yang, J. / Zhang, W.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
B: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0909
ポリマ－38,1892
非ポリマー1,9017
水1,53185
1
A: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0655
ポリマ－19,0941
非ポリマー9714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0254
ポリマ－19,0941
非ポリマー9303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.509, 39.227, 65.721
Angle α, β, γ (deg.)96.390, 95.010, 103.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, isoform CRA_b


分子量: 19094.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, hCG_14731 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024RAV5

-
非ポリマー , 5種, 92分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-V52 / 1-[(7S)-11-chloro-12-(5-methyl-1H-indazol-4-yl)-9-oxa-2,5,15,17-tetrazatetracyclo[8.7.1.02,7.014,18]octadeca-1(17),10,12,14(18),15-pentaen-5-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 462.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23ClN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50mM HEPES, 100mM NaCl, 2mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→38 Å / Num. obs: 11933 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 853

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: na

解像度: 2.38→37.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 9.885 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.616 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2908 613 4.9 %RANDOM
Rwork0.2226 ---
obs0.2261 11932 97.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.75 Å2 / Biso mean: 17.425 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0.11 Å20.03 Å2
2--0.03 Å2-0.07 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→37.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2671 0 125 85 2881
Biso mean--12.61 17.43 -
残基数----335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132874
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.693906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2381.6216034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0825339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93622.564156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50615497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9791520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02595
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 32 -
Rwork0.316 853 -
all-885 -
obs--95.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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