PDB-7o76: Reversible supramolecular assembly of the anti-microbial peptide ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o76

タイトル

Reversible supramolecular assembly of the anti-microbial peptide plectasin

要素

Fungal defensin plectasin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / fungal defensin

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.131 Å

データ登録者

Pohl, C. / Noergaard, N. / Harris, P.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: pH- and concentration-dependent supramolecular assembly of a fungal defensin plectasin variant into helical non-amyloid fibrils.
著者: Christin Pohl / Gregory Effantin / Eaazhisai Kandiah / Sebastian Meier / Guanghong Zeng / Werner Streicher / Dorotea Raventos Segura / Per H Mygind / Dorthe Sandvang / Line Anker Nielsen / ...
要旨: Self-assembly and fibril formation play important roles in protein behaviour. Amyloid fibril formation is well-studied due to its role in neurodegenerative diseases and characterized by refolding of ...

履歴

登録	2021年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o76.cif.gz	43.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o76.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o76_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o76_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	7o76_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	7o76_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	12775C 12776C 7oaeC 7oagC 3e7uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

XXX: Fungal defensin plectasin

ヘテロ分子

4.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.678, 20.093, 32.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.279, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Fungal defensin plectasin 分子量: 4415.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoplectania nigrella (クロチャワンタケ) 遺伝子: DEF / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: Q53I06
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.62 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15 mg/mL plectasin in 10 mM His pH 4.5 added to a reservoir of 0.1 M NH4Ac, 0.1 M Tris pH 8.5 and 40% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97247 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月18日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez (KB) mirror pair (VFM, HFM)
放射	モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator, horizontally deflecting, LN2 side-cooling プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97247 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→31.53 Å / Num. obs: 10216 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.49
反射シェル	解像度: 1.13→1.2 Å / Num. unique obs: 1020 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3E7U

3e7u

解像度: 1.131→21.219 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 2.377 / SU ML: 0.045 / Average fsc free: 0.9365 / Average fsc work: 0.9497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1781	507	4.963 %
R_work	0.1457	9708	-
all	0.147	-	-
obs	-	10215	90.231 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.945 Å²	-0 Å²	1.224 Å²
2-	-	-2.283 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.131→21.219 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	305	0	7	24	336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.018	280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.965	1.639	457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.686	1.606	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.441	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.955	24.375	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.952	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	81
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.244	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.208	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.098	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.261	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.667	2.271	166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.671	2.27	165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.414	3.427	208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.406	3.427	209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.27	2.931	176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.005	2.895	170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.73	4.143	248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.495	4.105	243
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.751	28.877	388
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.994	27.986	381
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.438	3	622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.131-1.16	0.398	18	0.385	341	X-RAY DIFFRACTION	43.3575
1.16-1.192	0.321	25	0.302	495	X-RAY DIFFRACTION	64.0394
1.192-1.227	0.223	36	0.25	572	X-RAY DIFFRACTION	78.2497
1.227-1.264	0.278	39	0.216	638	X-RAY DIFFRACTION	88.3812
1.264-1.306	0.176	29	0.181	705	X-RAY DIFFRACTION	98.9218
1.306-1.351	0.198	35	0.177	686	X-RAY DIFFRACTION	99.8615
1.351-1.402	0.21	36	0.161	645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.402-1.459	0.15	27	0.148	630	X-RAY DIFFRACTION	99.848
1.459-1.524	0.181	26	0.149	611	X-RAY DIFFRACTION	99.8433
1.524-1.598	0.195	30	0.129	591	X-RAY DIFFRACTION	99.679
1.598-1.685	0.193	26	0.123	561	X-RAY DIFFRACTION	99.8299
1.685-1.787	0.174	30	0.132	516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.787-1.909	0.241	21	0.122	500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-2.062	0.196	27	0.125	460	X-RAY DIFFRACTION	99.1853
2.062-2.258	0.199	23	0.124	419	X-RAY DIFFRACTION	98.6607
2.258-2.523	0.136	21	0.133	387	X-RAY DIFFRACTION	99.7555
2.523-2.91	0.203	25	0.141	342	X-RAY DIFFRACTION	99.458
2.91-3.556	0.213	13	0.147	292	X-RAY DIFFRACTION	99.3485
3.556-4.997	0.111	15	0.137	210	X-RAY DIFFRACTION	90.7258
4.997-10	0.205	5	0.254	107	X-RAY DIFFRACTION	76.1905

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)