PDB-7o6v: Crystal structure of the VEL1 VEL polymerising domain (R643A K645...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o6v

タイトル

Crystal structure of the VEL1 VEL polymerising domain (R643A K645D I664D mutant)

要素

VIN3-like protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / protein oligomerization / head-to-tail polymerization

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of short-day photoperiodism, flowering / : / vernalization response / vegetative to reproductive phase transition of meristem / flower development / PcG protein complex / plasmodesma / chromatin silencing complex / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Fiedler, M. / Franco-Echevarria, E. / Dean, C. / Bienz, M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Head-to-tail polymerization by VEL proteins underpins cold-induced Polycomb silencing in flowering control.
著者: Fiedler, M. / Franco-Echevarria, E. / Schulten, A. / Nielsen, M. / Rutherford, T.J. / Yeates, A. / Ahsan, B. / Dean, C. / Bienz, M.

履歴

登録	2021年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o6v.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o6v.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o6v_validation.pdf.gz	417.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o6v_full_validation.pdf.gz	418.4 KB	表示
XML形式データ	7o6v_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	7o6v_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o6tC 7o6uC 7o6wC 7oqvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VIN3-like protein 2

B: VIN3-like protein 2

C: VIN3-like protein 2

D: VIN3-like protein 2

35.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VIN3-like protein 2

登録者が定義した集合体
8.86 kDa, 1 ポリマー
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2

B: VIN3-like protein 2

登録者が定義した集合体
8.86 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: VIN3-like protein 2

登録者が定義した集合体
8.86 kDa, 1 ポリマー
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4

D: VIN3-like protein 2

登録者が定義した集合体
8.86 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.066, 58.053, 119.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	VIN3-like protein 2 / Vernalization5/VIN3-like protein 1 分子量: 8858.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: VIL2, VEL1, At4g30200, F9N11.50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SUM4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG 3350, 2M Sodium malonate pH7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.04 Å / Num. obs: 13183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 1481 / CC_1/2: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 20.883 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.457 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2407	649	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21358	-	-	-
obs	0.21492	13134	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.134 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2293	0	0	9	2302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.018	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.157	1.867	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	2.776	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.386	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.843	22.908	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.247	15	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.241	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.766	4.497	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.766	4.496	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.275	6.74	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.274	6.741	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.818	4.601	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.818	4.601	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.384	6.861	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.115	52.51	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.114	52.511	2640

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	52	-
R_work	0.305	906	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4787	-0.4386	-0.3876	4.8915	-2.0569	6.2176	-0.0778	0.0625	-0.0697	-0.1358	0.0205	-0.1791	0.2546	0.2938	0.0573	0.014	0.0086	-0.0096	0.0199	-0.0044	0.1734	-8.709	-2.711	8.17
2	5.476	-1.5832	-0.505	7.1154	-1.137	5.3645	-0.0554	-0.1078	0.299	0.171	0.0879	0.2108	-0.2221	-0.2745	-0.0325	0.0296	0.0446	-0.0085	0.0747	-0.0084	0.2193	-24.572	11.165	10.331
3	5.3745	-0.3983	-1.5013	4.8182	0.7264	5.4872	0.0007	0.1493	-0.1955	0.0396	-0.0487	0.0388	0.1236	-0.1034	0.048	0.0225	0.0152	-0.0031	0.0322	0.026	0.2132	-40.116	21.947	22.486
4	5.7725	-1.881	-0.0042	5.4472	-1.0994	5.6471	0.0417	-0.153	0.0897	-0.1448	0.0891	-0.216	-0.1866	-0.0648	-0.1308	0.0869	0.0434	0.038	0.0572	0.041	0.2682	-46.773	41.6	18.855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	620 - 690
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	620 - 689
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	619 - 689
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	620 - 689

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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