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万見
- PDB-7o6u: Crystal structure of the VIN3 VEL polymerising domain (R554A R556... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o6u
タイトルCrystal structure of the VIN3 VEL polymerising domain (R554A R556D mutant)
要素Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3
キーワードNUCLEAR PROTEIN / protein oligomerization / head-to-tail polymerization / domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


vernalization response / chromatin silencing complex / cellular response to cold / negative regulation of gene expression, epigenetic / response to cold / response to hypoxia / nuclear speck / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Oberon, PHD finger domain / Vernalization insensitive 3-like / PHD - plant homeodomain finger protein / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Fiedler, M. / Franco-Echevarria, E. / Dean, C. / Bienz, M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105192713 英国
Royal SocietyRP/R1/180002 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Head-to-tail polymerization by VEL proteins underpins cold-induced Polycomb silencing in flowering control.
著者: Fiedler, M. / Franco-Echevarria, E. / Schulten, A. / Nielsen, M. / Rutherford, T.J. / Yeates, A. / Ahsan, B. / Dean, C. / Bienz, M.
履歴
登録2021年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1741
ポリマ－8,1741
非ポリマー00
水28816
1
A: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3

A: Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3482
ポリマ－16,3482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_755-x+2,-y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.758, 40.758, 83.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3


分子量: 8174.072 Da / 分子数: 1 / 変異: R554A R556D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: VIN3, At5g57380, MSF19.4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FIE3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% v/v ethanol, 0.1M citrate pH 5.5, 0.2M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→28.84 Å / Num. obs: 5941 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 39.2
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / Num. unique obs: 354 / CC1/2: 0.906

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→28.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 9.342 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24438 566 9.6 %RANDOM
Rwork0.22129 ---
obs0.22364 5348 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.88 Å2-0 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→28.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数572 0 0 16 588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.018600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.889813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1922.781308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.096573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.29122.12133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98915108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.48154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6093.098289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6143.091288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2324.613363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2294.621364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7333.555309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7033.549308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3085.173450
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.21637.808708
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.20737.591705
LS精密化 シェル解像度: 1.843→1.891 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 52 -
Rwork0.317 381 -
obs--98.41 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.458 Å / Origin y: 5.243 Å / Origin z: 15.628 Å
111213212223313233
T0.047 Å2-0.031 Å20.0182 Å2-0.085 Å2-0.0046 Å2--0.1062 Å2
L6.7202 °22.6172 °20.4069 °2-1.3772 °20.4592 °2--2.1577 °2
S0.1022 Å °0.0741 Å °0.3874 Å °0.1009 Å °-0.1236 Å °0.1592 Å °-0.0992 Å °0.0566 Å °0.0215 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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