PDB-7o5q: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o5q

タイトル

Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Hydrolyzed Oxacillin

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / iodide / oxacillin

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of a Class D Carbapenemase Complexed with Hydrolyzed Oxacillin
著者: Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o5q.cif.gz	418.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o5q.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o5q_validation.pdf.gz	9.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o5q_full_validation.pdf.gz	9.4 MB	表示
XML形式データ	7o5q_validation.xml.gz	44.5 KB	表示
CIF形式データ	7o5q_validation.cif.gz	63.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/7o5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/7o5q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s2pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.053, 126.902, 111.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.289, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 727分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#5: 化合物	ChemComp-0WO / (2R,4S)-2-[(R)-carboxy{[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonyl]amino}methyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carbo xylic acid / Oxacillin, hydroxylated form 分子量: 419.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-V3H / (2R,4S)-2-[(1R)-2-butoxy-1-[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonylamino]-2-oxidanylidene-ethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-3-ium-4-carboxylic acid / Hydrolyzed Oxacillin 分子量: 476.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₀N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M HEPES pH 8.0, 10% PEG 8000, 10% 1-BUTANOL mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio. PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→19.81 Å / Num. obs: 109814 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5493 / CC_1/2: 0.725

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 1.85→19.807 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.851 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2111	5465	4.978 %
R_work	0.1731	104317	-
all	0.175	-	-
obs	-	109782	99.864 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.894 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.963 Å²	0 Å²	0.53 Å²
2-	-	-2.548 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.505 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.807 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7932	0	167	703	8802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	8372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.638	11344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.31	1.585	17885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.164	22.735	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.699	15	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.442	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.09	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	6223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.297	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.11	2.659	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.109	2.66	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.92	3.969	4912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.919	3.969	4912
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.092	3.077	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.092	3.077	4449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.775	4.48	6432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.775	4.48	6433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.858	30.676	9119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.778	30.277	8982

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.363	387	0.372	7755	X-RAY DIFFRACTION	99.8651
1.898-1.95	0.327	408	0.328	7499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.007	0.297	358	0.28	7255	X-RAY DIFFRACTION	99.9869
2.007-2.068	0.258	358	0.232	7095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.136	0.267	369	0.213	6976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.136-2.211	0.243	339	0.191	6591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.294	0.204	343	0.173	6390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.388	0.202	313	0.161	6199	X-RAY DIFFRACTION	99.9846
2.388-2.494	0.208	340	0.159	5920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.616	0.198	283	0.15	5681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.616-2.757	0.202	301	0.148	5411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.757-2.925	0.181	285	0.145	5060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.925-3.126	0.201	248	0.16	4795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.126-3.377	0.202	223	0.162	4494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.377-3.699	0.195	228	0.153	4088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.699-4.135	0.174	199	0.14	3698	X-RAY DIFFRACTION	99.9743
4.135-4.774	0.168	150	0.123	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
4.774-5.844	0.199	152	0.15	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
5.844-8.257	0.222	122	0.181	2142	X-RAY DIFFRACTION	100

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