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- PDB-7o5m: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o5m
タイトルCrystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Synechocystis sp. PCC 6803 cocrystallized with adenosine in the presence of Na+ cations
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Barciszewski, J. / Czyrko-Horczak, J. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2013/09/B/NZ1/01880 ポーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural insights into an unusual, alkali-metal-independent S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Synechocystis sp. PCC 6803.
著者: Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Barciszewski, J. / Czyrko-Horczak, J. / Sliwiak, J. / Gawel, M. / Wozniak, K. / Jaskolski, M. / Brzezinski, K.
履歴
登録2021年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4378
ポリマ－92,5342
非ポリマー1,9036
水8,809489
1
A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,87416
ポリマ－185,0674
非ポリマー3,80712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area25870 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area52810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.770, 197.130, 82.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-862-

HOH

21A-903-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 46266.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: ahcY, sll1234 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P74008, adenosylhomocysteinase

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非ポリマー , 5種, 495分子

#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2MSodium fluoride, 0.1MBis-Tris propane pH 7.5, 20% w/vPEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.89429 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月15日
放射モノクロメーター: Single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89429 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.27 Å / Num. obs: 46913 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.388 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rrim(I) all: 0.243 / Χ2: 0.827 / Net I/σ(I): 5.92 / Num. measured all: 205840 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.262.9070.7971.327870368927070.5380.93673.4
2.26-2.323.2230.7421.569362358929050.5830.8680.9
2.32-2.383.4960.6681.8910941345131300.6920.76690.7
2.38-2.464.1820.6072.3613780340732950.7340.68996.7
2.46-2.544.6880.5612.815044327932090.8130.62997.9
2.54-2.634.6580.5073.0714588320331320.8210.56997.8
2.63-2.734.7130.4583.3514100306229920.8680.51497.7
2.73-2.844.6980.4083.8413610297428970.8860.45797.4
2.84-2.964.6970.3324.5913047285327780.9250.37297.4
2.96-3.114.7260.2835.212348269526130.950.31797
3.11-3.284.720.2256.3211900260425210.9650.25296.8
3.28-3.484.7270.1767.8711236246023770.9770.19796.6
3.48-3.724.7280.1419.5510624233222470.9840.15896.4
3.72-4.014.7430.11211.539762214420580.990.12596
4.01-4.44.7090.09313.098999199819110.9920.10495.6
4.4-4.924.7280.08414.728198182217340.9930.09495.2
4.92-5.684.7230.10811.897226161315300.990.12194.9
5.68-6.954.7060.1210.826099137812960.9890.13594
6.95-9.834.590.07416.014654109010140.9960.08393
9.83-42.274.3250.06719.724526425670.9910.07688.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ONF

3onf


解像度: 2.2→42.27 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 1032 2.2 %
Rwork0.1924 45865 -
obs0.1936 46897 93.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.43 Å2 / Biso mean: 29.8547 Å2 / Biso min: 9.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→42.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6323 0 126 497 6946
Biso mean--21.94 31.14 -
残基数----827
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.310.30681210.24875356547777
2.31-2.460.29121460.23586476662293
2.46-2.650.29851530.21546803695698
2.65-2.920.23591530.21046798695197
2.92-3.340.30671520.19516789694197
3.34-4.20.19661530.15856783693696
4.2-42.270.22061540.17636860701494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5371-0.3427-0.57781.663-0.20971.9964-0.0793-0.06760.15030.07320.0526-0.1371-0.00790.24520.02330.1059-0.0138-0.03970.2028-0.00520.187823.041471.982642.4912
25.81571.1309-1.11536.5942-0.53662.0237-0.1103-0.4848-0.08360.25250.05320.2034-0.25-0.090.07660.15750.0445-0.01880.1792-0.03130.168411.541382.931849.7967
30.66880.48180.13340.544-0.17490.6189-0.007-0.00360.12210.0176-0.07050.0395-0.0311-0.00850.08070.13410.00630.01010.1505-0.00020.14991.377470.116533.5679
42.12890.2485-0.21424.0218-0.83942.34270.0396-0.18710.06570.3243-0.04410.0783-0.0707-0.1093-0.00610.1428-0.01380.01940.201-0.03150.1155-7.974461.241746.3473
56.21632.3365-3.14351.2188-1.49371.92670.2237-0.3101-0.00840.1515-0.14830.0868-0.0620.1305-0.0920.2234-0.037-0.00870.181-0.0260.13710.431857.991148.2173
61.076-0.767-0.426.06582.16092.31230.08510.12690.1747-0.1614-0.1863-0.1306-0.30280.10610.0720.1277-0.0345-0.02570.17020.04250.172316.240680.860827.2866
76.1584-4.40681.31873.5551-0.77460.34620.19860.58410.6535-0.1444-0.3348-0.4567-0.26540.33620.07480.2425-0.01350.04590.17160.02830.281812.082775.9672.5183
80.5585-0.48410.34342.2980.97652.552-0.026-0.1561-0.09020.31310.081-0.3010.36130.2716-0.06330.3425-0.0149-0.01650.39140.0890.43611.329127.719745.4876
91.21140.10130.27330.53960.15760.71880.0148-0.0649-0.23940.0415-0.0278-0.05860.1876-0.00450.0240.17930.01420.01540.1350.01470.151111.586539.444628.4131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 110 )A9 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 143 )A111 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 262 )A144 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 263 through 323 )A263 - 323
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 324 through 355 )A324 - 355
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 356 through 402 )A356 - 402
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 403 through 422 )A403 - 422
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 9 through 193 )C9 - 193
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 194 through 421 )C194 - 421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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