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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o5k | ||||||
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タイトル | Structure of thaumatin determined at SwissFEL using native-SAD at 6.02 keV with photon energy bandwidth of 2.15% and pinkIndexer with 30000 indexed images | ||||||
![]() | Thaumatin-1 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / native-SAD / large bandwidth / pink beam / SFX / serial crystallography / pinkIndexer | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nass, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of thaumatin determined at SwissFEL using native-SAD at 6.02 keV with photon energy bandwidth of 2.15% and pinkIndexer with 30000 indexed images 著者: Nass, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7 詳細: 1.6 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100 mM Na-HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.059 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→23.14 Å / Num. obs: 31565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 356 % / Biso Wilson estimate: 43.04 Å2 / CC1/2: 0.997 / R split: 0.0458 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 2114 / CC1/2: 0.218 / R split: 1.51 / % possible all: 92 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→23.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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