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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o4x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PII-like protein PotN from Lentilactobacillus hilgardii | ||||||
要素 | Nitrogen regulatory protein P-II | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus brevis subsp. gravesensis ATCC 27305 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Heim, C. / Hartmann, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2022 タイトル: PotN represents a novel energy-state sensing PII subfamily, occurring in firmicutes. 著者: Iskhakova, Z.I. / Zhuravleva, D.E. / Heim, C. / Hartmann, M.D. / Laykov, A.V. / Forchhammer, K. / Kayumov, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o4x.cif.gz | 59.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o4x.ent.gz | 41.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2eg1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13759.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus brevis subsp. gravesensis ATCC 27305 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0496_1931 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C2D309 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.56 M Tri-Na Citrate pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→40.11 Å / Num. obs: 18721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.19 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 24.71 % / Rmerge(I) obs: 2.03 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 2935 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2EG1 解像度: 1.65→40.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.461 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.205 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→40.08 Å
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拘束条件 |
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