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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o4m | ||||||
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タイトル | Structure of Staphylococcus aureus m1A22-tRNA methyltransferase | ||||||
要素 | tRNA (Adenine(22)-N(1))-methyltransferase | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / tRNA / methyltransferase / Staphylococcus aureus | ||||||
機能・相同性 | tRNA (adenine22-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(22)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase TrmK / tRNA (adenine(22)-N(1))-methyltransferase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / CITRIC ACID / tRNA (Adenine(22)-N(1))-methyltransferase TrmK 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Gloster, T.M. / Czekster, C.M. / da Silva, R.G. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure, dynamics, and molecular inhibition of the Staphylococcus aureus m 1 A22-tRNA methyltransferase TrmK. 著者: Sweeney, P. / Galliford, A. / Kumar, A. / Raju, D. / Krishna, N.B. / Sutherland, E. / Leo, C.J. / Fisher, G. / Lalitha, R. / Muthuraj, L. / Sigamani, G. / Oehler, V. / Synowsky, S. / Shirran, ...著者: Sweeney, P. / Galliford, A. / Kumar, A. / Raju, D. / Krishna, N.B. / Sutherland, E. / Leo, C.J. / Fisher, G. / Lalitha, R. / Muthuraj, L. / Sigamani, G. / Oehler, V. / Synowsky, S. / Shirran, S.L. / Gloster, T.M. / Czekster, C.M. / Kumar, P. / da Silva, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o4m.cif.gz | 129.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o4m.ent.gz | 99.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o4m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o4m_validation.pdf.gz | 442.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o4m_full_validation.pdf.gz | 443.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o4m_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o4m_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7o4nC 7o4oC 3kr9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25594.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: trmK, BTN44_04370, DD547_01646, DQV53_08725, EP54_01080, EQ90_01915, FA040_08445, G0X12_13870, G6Y10_03490, GO746_11460, GO803_02410, GO821_00660, GO894_13820, GO942_05350, HMPREF2819_ ...遺伝子: trmK, BTN44_04370, DD547_01646, DQV53_08725, EP54_01080, EQ90_01915, FA040_08445, G0X12_13870, G6Y10_03490, GO746_11460, GO803_02410, GO821_00660, GO894_13820, GO942_05350, HMPREF2819_12705, HMPREF3211_01711, NCTC10654_01624, NCTC10988_01882, SAMEA1029528_01600, SAMEA1029547_00798, SAMEA1029553_00619, SAMEA103891215_02131, SAMEA103891286_01600, SAMEA103891321_01985, SAMEA103891529_00207, SAMEA1964876_01370, SAMEA1965205_01483, SAMEA1966505_01613, SAMEA1969349_01355, SAMEA1969845_01762, SAMEA1971706_00969, SAMEA1972827_01752, SAMEA2076212_01686, SAMEA2076218_01752, SAMEA2076220_01838, SAMEA2076226_01470, SAMEA2076463_01221, SAMEA2076464_01220, SAMEA2076470_01440, SAMEA2076472_01358, SAMEA2076478_01562, SAMEA2076480_01089, SAMEA2076481_01742, SAMEA2076743_01499, SAMEA2076745_01827, SAMEA2076746_01427, SAMEA2076747_01232, SAMEA2076749_01543, SAMEA2076751_01354, SAMEA2076752_01303, SAMEA2076755_00992, SAMEA2076756_01055, SAMEA2076758_00894, SAMEA2076759_01126, SAMEA2076761_01348, SAMEA2076762_01436, SAMEA2076763_00759, SAMEA2076764_01515, SAMEA2076765_01533, SAMEA2077023_01670, SAMEA2077025_00820, SAMEA2077027_01445, SAMEA2077029_01261, SAMEA2077031_01378, SAMEA2077034_01301, SAMEA2077035_01224, SAMEA2077039_01360, SAMEA2077040_01028, SAMEA2077041_01644, SAMEA2077044_01316, SAMEA2077045_01391, SAMEA2077046_01185, SAMEA2077293_01519, SAMEA2077294_01624, SAMEA2077295_01192, SAMEA2077297_01318, SAMEA2077300_01622, SAMEA2077301_01189, SAMEA2077302_01534, SAMEA2077303_01399, SAMEA2077307_01350, SAMEA2077832_01495, SAMEA2078252_01643, SAMEA2078256_01246, SAMEA2078307_01427, SAMEA2078308_01217, SAMEA2078553_01120, SAMEA2078558_01423, SAMEA2078560_01322, SAMEA2078569_01685, SAMEA2078570_01555, SAMEA2078572_01773, SAMEA2078824_01091, SAMEA2078837_01341, SAMEA2079048_01436, SAMEA2079051_01539, SAMEA2079277_01894, SAMEA2079291_01924, SAMEA2079503_01584, SAMEA2079507_01091, SAMEA2079512_01790, SAMEA2079517_01641, SAMEA2079724_01423, SAMEA2079727_01698, SAMEA2079728_01857, SAMEA2079732_01742, SAMEA2079946_01710, SAMEA2079949_01677, SAMEA2079951_01469, SAMEA2079952_01505, SAMEA2079957_01826, SAMEA2079958_01736, SAMEA2079960_01921, SAMEA2079961_01695, SAMEA2079968_01426, SAMEA2080329_01554, SAMEA2080330_01826, SAMEA2080334_01846, SAMEA2080433_01826, SAMEA2080812_01157, SAMEA2080898_01924, SAMEA2080900_01348, SAMEA2080904_01206, SAMEA2080913_01366, SAMEA2081043_01422, SAMEA2081053_01329, SAMEA2081054_00977, SAMEA2081055_01316, SAMEA2081060_01737, SAMEA2081211_00771, SAMEA2081213_01692, SAMEA2081218_01563, SAMEA2081341_01427, SAMEA2081342_01698, SAMEA2081349_01778, SAMEA2081359_01533, SAMEA2081362_01709, SAMEA2081468_01114, SAMEA2081474_01419, SAMEA2081475_01365, SAMEA2081476_00675, SAMEA2081479_01187, SAMEA2081480_01597, SAMEA2081560_01071, SAMEA2081561_01293, SAMEA2081564_01484, SAMEA2081567_01473, SAMEA2081568_01481, SAMEA2081569_01030, SAMEA2081570_01484, SAMEA2081571_01409, SAMEA2081572_01350, SAMEA2081573_01059, SAMEA2081575_01377, SAMEA2081577_01516, SAMEA2081578_01199, SAMEA2081579_01278, SAMEA2081581_01183, SAMEA2081582_01489, SAMEA2081673_01542, SAMEA2081674_01779, SAMEA4008573_01508, SAMEA4008676_01532, SAMEA70146418_01109, SAMEA958766_01227, SAMEA958770_01628, SAMEA958772_01453, SAMEA958778_01291, SAMEA958779_00936, SAMEA958785_01276, SAMEA958793_01651, SAMEA958798_01340, SAMEA958804_01515, SAMEA958810_01295, SAMEA958836_01528, SAMEA958838_01131, SAMEA958845_01585, SAMEA958846_01830, SAMEA958848_01518, SAMEA958855_01764, SAMEA958858_01220, SAMEA958898_00989, SAMEA958906_01622, SAMEA958924_01364, SAMEA958925_01385, SAMEA958951_01382, SAMEA958953_00983, SAMEA958961_00408, SAMEA958979_01232, SAMEA958987_01625, SAMEA958995_01069 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6HIR7, tRNA (adenine22-N1)-methyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% PEG 10,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→43.8 Å / Num. obs: 56680 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2836 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.127 / Rrim(I) all: 0.285 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KR9 解像度: 1.3→43.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.494 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.71 Å2 / Biso mean: 14.726 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.3→43.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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