PDB-7o3m: Crystal Structure of AcrB Single Mutant - 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o3m

タイトル

Crystal Structure of AcrB Single Mutant - 1

要素

Efflux pump membrane transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Multidrug Efflux Transporter

機能・相同性

Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.551 Å

データ登録者

Ababou, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of AcrB Single Mutant - 1
著者: Ababou, A.

履歴

登録	2021年4月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o3m.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o3m.ent.gz	958.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o3m_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o3m_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7o3m_validation.xml.gz	247.1 KB	表示
CIF形式データ	7o3m_validation.cif.gz	331.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o3m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2gifS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Efflux pump membrane transporter

B: Efflux pump membrane transporter

C: Efflux pump membrane transporter

D: Efflux pump membrane transporter

E: Efflux pump membrane transporter

F: Efflux pump membrane transporter

ヘテロ分子

698 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Efflux pump membrane transporter

B: Efflux pump membrane transporter

C: Efflux pump membrane transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
349 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Efflux pump membrane transporter

E: Efflux pump membrane transporter

F: Efflux pump membrane transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
349 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.368, 156.796, 218.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.480, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	THR	THR	chain A	A	A	2 - 1045	22 - 1065
2	SER	SER	chain B	B	B	2 - 1043	22 - 1063
3	THR	THR	chain C	C	C	2 - 1045	22 - 1065
4	THR	THR	chain D	D	D	2 - 1045	22 - 1065
5	SER	SER	chain E	E	E	2 - 1043	22 - 1063
6	THR	THR	chain F	F	F	2 - 1045	22 - 1065

#1: タンパク質	Efflux pump membrane transporter 分子量: 115750.359 Da / 分子数: 6 / 変異: R620A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: acrB_4, acrB, acrB_1, acrB_2, acrB_3, acrB_5, A8C65_09270, A9819_02265, A9X72_18695, AC789_1c04620, ACN002_0478, ACN68_10695, ACN81_24630, ACU57_11680, ACU90_20590, AM270_01980, AM464_ ...遺伝子: acrB_4, acrB, acrB_1, acrB_2, acrB_3, acrB_5, A8C65_09270, A9819_02265, A9X72_18695, AC789_1c04620, ACN002_0478, ACN68_10695, ACN81_24630, ACU57_11680, ACU90_20590, AM270_01980, AM464_19305, AMK83_09190, AML35_17310, AUQ13_18190, AW059_13640, AWB10_19050, AWG78_005565, B6V57_02435, BANRA_00889, BANRA_00999, BB545_15910, BEN53_04520, BHF03_18080, BHS81_02950, BHS87_02495, BIQ87_02540, BIZ41_13825, BJJ90_19940, BK248_01725, BK292_14280, BK334_05580, BK373_00965, BK383_14595, BMA87_04530, BMT49_03610, BMT91_04935, BN17_02651, BOH76_16460, BON63_11900, BON65_19130, BON66_08715, BON69_11225, BON72_14720, BON75_11085, BON76_24190, BON86_26060, BON94_15210, BON95_06075, BON98_18530, BTQ06_00925, BUE81_06435, BvCms12BK_04863, BvCms2454_01835, BvCms28BK_00632, BvCmsC61A_03075, BvCmsHHP019_03148, BvCmsHHP056_01479, BvCmsKKP061_00163, BvCmsKSNP073_04604, BvCmsKSNP081_04683, BvCmsKSNP120_04201, BvCmsKSP011_05014, BvCmsKSP024_04861, BvCmsKSP026_02627, BvCmsKSP045_04703, BvCmsKSP058_04933, BvCmsKSP067_05122, BvCmsKSP076_04688, BvCmsNSP006_01210, BvCmsNSP007_00776, BvCmsNSP047_01693, BvCmsNSP072_02397, BvCmsOUP014_01037, BvCmsSINP011_02642, BvCmsSINP022_01605, BvCmsSIP019_03696, BvCmsSIP024_01072, BvCmsSIP044_00930, BW690_06940, BWI89_12175, BXT93_07785, BZL31_19295, C2U48_07740, C4K41_07725, C4M78_18085, C5F73_09745, C5N07_13110, C5P01_15940, C5P44_16955, C6669_02375, C6B13_10325, C7B02_04170, C7B06_13000, C7B07_14810, C9114_13235, C9160_00185, C9201_04165, C9E25_04215, C9Z03_06210, C9Z23_00255, C9Z28_08635, C9Z37_05005, C9Z43_06095, C9Z70_09245, CA593_00820, CDC27_01240, CDL37_08810, CG692_04680, CI693_16095, CI694_14685, CJU63_02500, CJU64_02490, CO706_24730, COD46_04485, CR538_19130, CR539_06565, CRD98_02045, CRM83_13415, CT146_16100, CV83915_01104, CWS33_13665, D0X26_07790, D2184_11155, D2185_12425, D3C88_31425, D3O91_18365, D4023_06520, D4628_13155, D4636_06025, D4718_02720, D4V08_10150, D6T60_09670, D6T98_07735, D6W00_12590, D6X36_16210, D7W70_07875, D7Z75_05690, D9C99_07900, D9D20_11125, D9D44_10685, D9E13_00485, D9E35_07135, D9E73_21575, D9F32_03530, D9F87_10685, D9G11_17580, D9G42_13565, D9G69_10585, D9G95_10390, D9H68_03680, D9H70_06065, D9H94_07380, D9I18_05035, D9I87_03680, D9I97_02625, D9J11_02570, D9J44_06200, D9J52_11760, D9K02_03900, D9K54_20470, D9Z28_24640, DAH18_15350, DAH30_15550, DAH34_12755, DAH37_04875, DB359_14850, DBQ99_19255, DEN89_14865, DEO04_04920, DEO20_17510, DJ503_01450, DK132_02395, DL292_07005, DL326_11785, DL479_02540, DL545_18765, DL705_13145, DLU50_07900, DLU67_10935, DLU82_01970, DLW88_19215, DLX40_09005, DLY41_06715, DLY44_14465, DM129_08550, DM267_01255, DM296_06955, DM382_09705, DM820_06155, DM973_09850, DMY83_13165, DN627_04140, DN660_06030, DN700_07110, DN808_01530, DNC98_06145, DND79_04450, DNI21_09935, DNR35_00855, DNW42_12745, DNX19_03500, DOY61_02460, DOY67_09480, DP258_04725, DP265_04400, DP277_07910, DQE91_07055, DQF36_01200, DQF57_08040, DQF72_04240, DQO13_05880, DQP61_17770, DRW19_06780, DS732_07285, DT034_10130, DTL43_07030, DTL90_18880, DTM10_06440, DU333_14630, DW236_16180, DWB25_18810, DXT69_07740, DXT71_02600, DXT73_02225, E0I42_07045, E2112_11465, E2114_15395, E2115_11930, E2119_01370, E2126_013665, E2127_09005, E2128_08320, E2129_12030, E2134_12580, E2135_12650, E2148_08850, E4K51_12425, E4K53_09525, E4K55_09900, E4K60_11595, E5P24_11315, E5P28_18315, E5S38_06395, E5S42_13425, E5S56_04760, EA184_13145, EA218_08750, EA231_12325, EA239_15375, EA250_11755, EA429_15685, EAI46_01035, EAI52_03305, EAN77_07570, EAX79_06460, EB476_04025, EB525_RS00175, EBP16_12895, EC1094V2_3386, EC382_09135, ECONIH1_02500, ECTO6_03638, ED307_06795, ED648_02095, EEP23_01410, EG075_08750, EG796_01740, EH186_13990, EHD79_03845, EI021_20720, EI028_12150, EI032_07905, EI041_08500, EIA08_09625, EIA21_12180, EJC75_24510, EL75_3290, EL79_3385, EL80_3339, ELT58_12170, ELV08_01140, ELY05_12005, EO241_14205, EPT01_06710, EQ825_17705, ERS085365_02371, ERS085366_03391, ERS085374_02303, ERS085379_01141, ERS139211_01948, ERS150873_01787, ExPECSC038_03243, EXX06_12030, EXX13_09300, EXX23_10330, EXX24_02235, EXX53_07265, EXX55_11505, EXX71_19130, EXX87_11195, EYD11_17095, EYV18_09780, EYX82_01500, EYY27_15910, EYY78_02330, F0L67_19110, F1E19_02810, F7D02_16410, F7D05_04960, F7D06_01285, F7F11_07205, F7F56_10820, F9040_08845, F9X20_11065, F9Z74_08955, FNW97_02200, FORC82_3586, FQ022_06350, FQ915_11580, FQU83_20500, FQZ46_14155, FRV13_04215, FV293_05765, FV438_08525, FZN30_08470, G5603_08575, G5608_10915, G5616_17800, G5632_14455, G5686_06550, G5688_07040, G6Z99_23720, GII66_02845, GII67_09125, GJD95_17980, GJD96_18145, GKF34_11195, GKF39_01530, GKF52_13635, GKF74_01825, GKF86_04555, GKF89_04410, GKG12_03295, GNZ03_09590, GNZ05_01310, GP650_17935, GP654_09140, GP666_11010, GP678_16470, GP689_14290, GP698_14015, GP700_10545, GP720_06095, GP727_13610, GP912_14175, GP935_15175, GP945_16670, GP946_00315, GQA06_04590, GQA63_01155, GQE22_08970, GQE30_17545, GQE33_07470, GQE34_01120, GQE42_04545, GQE51_10380, GQE58_13150, GQE64_19110, GQE87_01345, GQE93_05675, GQF59_01155, GQM10_04910, GQM17_15105, GQM18_02835, GQM28_04965, GQN16_06365, GQN24_05120, GQY14_07730, GRW05_06170, GRW12_18865, GRW30_01790, GRW42_02940, GRW80_13135, GRW81_04465, GUB85_11530, GUB91_14860, GUB95_14530, GUC01_07830, GUC12_14650, HmCms184_01943, HmCmsJML079_00721, HmCmsJML146_03063, HmCmsJML204_02413, HV022_17585, HV065_00570, HV109_17760, HV156_07455, HV159_09410, HV168_09095, HV260_09570, HVW04_08645, HVW93_05405, HVX75_18315, HVY01_17180, HVY77_19520, HVY93_17640, HVZ12_18550, HVZ21_17725, HVZ53_18305, HW43_05935, HX136_19170, HXS78_16775, MJ49_04125, MS6198_04670, MS8345_00466, NCTC10418_05566, NCTC10865_04672, NCTC10963_03279, NCTC11126_00116, NCTC11181_01060, NCTC13148_06601, NCTC13216_02965, NCTC13846_03608, NCTC9007_00190, NCTC9036_03767, NCTC9045_04279, NCTC9055_00632, NCTC9058_03192, NCTC9062_04550, NCTC9111_03904, NCTC9117_04708, NCTC9119_03922, NCTC9434_02883, NCTC9706_01042, NCTC9969_03956, PGD_02849, PU06_12600, RG28_02520, RK56_026290, RX35_02133, SAMEA3472043_02753, SAMEA3472044_00392, SAMEA3472047_02966, SAMEA3472055_02089, SAMEA3472056_03557, SAMEA3472070_02210, SAMEA3472080_01739, SAMEA3472090_01741, SAMEA3472108_01933, SAMEA3472114_01186, SAMEA3484427_03472, SAMEA3484429_01960, SAMEA3485101_03912, SAMEA3752553_00212, SAMEA3752557_00298, SAMEA3752559_02826, SAMEA3752620_00857, SAMEA3753064_01307, SAMEA3753097_00439, SAMEA3753164_00290, SAMEA3753290_01796, SAMEA3753300_00529, SK85_00486, TUM18780_32140, UN86_09270, UN91_18355, WP2S18E08_34660, WP5S18E08_35960, WP7S17E04_32630, WQ89_01050, WR15_04005 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QH56
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.88 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M MGAC, 10% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.55→98.85 Å / Num. obs: 123979 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / B_iso Wilson estimate: 102.14 Å² / R_pim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 3.55→3.74 Å / Num. unique obs: 18034 / R_pim(I) all: 0.392

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GIF

2gif

解像度: 3.551→19.953 Å / SU ML: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3591	6134	4.99 %
R_work	0.2765	116832	-
obs	0.2807	122966	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.4 Å² / B_iso mean: 42.6355 Å² / B_iso min: 1.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.551→19.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47582	0	210	0	47792
B_iso mean	-	-	30.07	-	-
残基数	-	-	-	-	6260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	48708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.863	66130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	7806
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	8430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.004	17606

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	28956	X-RAY DIFFRACTION	19.65	TORSIONAL
1	2	B	28956	X-RAY DIFFRACTION	19.65	TORSIONAL
1	3	C	28956	X-RAY DIFFRACTION	19.65	TORSIONAL
1	4	D	28956	X-RAY DIFFRACTION	19.65	TORSIONAL
1	5	E	28956	X-RAY DIFFRACTION	19.65	TORSIONAL
1	6	F	28956	X-RAY DIFFRACTION	19.65	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.551-3.5906	0.4509	189	0.3522	3688	95
3.5906-3.6326	0.4312	217	0.3355	3937	100
3.6326-3.6767	0.3814	187	0.3248	3829	100
3.6767-3.7229	0.4133	217	0.3263	3900	100
3.7229-3.7716	0.4128	207	0.334	3888	100
3.7716-3.8229	0.4471	215	0.3429	3904	100
3.8229-3.8771	0.4206	195	0.3252	3837	100
3.8771-3.9345	0.4122	206	0.3292	3888	100
3.9345-3.9955	0.4005	203	0.3184	3923	100
3.9955-4.0605	0.4033	209	0.3116	3893	100
4.0605-4.1299	0.3615	195	0.2966	3950	100
4.1299-4.2043	0.3815	209	0.3012	3874	100
4.2043-4.2844	0.3736	217	0.2945	3847	100
4.2844-4.371	0.3796	206	0.2894	3921	100
4.371-4.465	0.3523	188	0.2897	3903	100
4.465-4.5677	0.3728	219	0.2922	3864	100
4.5677-4.6805	0.3787	191	0.2864	3911	100
4.6805-4.8053	0.3839	206	0.2818	3882	100
4.8053-4.9446	0.3639	199	0.2711	3931	100
4.9446-5.1016	0.3466	215	0.2684	3885	100
5.1016-5.2807	0.3657	207	0.285	3891	100
5.2807-5.4879	0.372	206	0.2907	3913	100
5.4879-5.732	0.4104	205	0.2903	3879	100
5.732-6.0264	0.3764	199	0.2646	3945	100
6.0264-6.3922	0.3588	207	0.2608	3915	100
6.3922-6.8671	0.3577	203	0.263	3931	100
6.8671-7.5243	0.3224	206	0.2449	3926	100
7.5243-8.5375	0.2856	208	0.2111	3946	100
8.5375-10.4895	0.2658	200	0.2072	3958	100
10.4895-19.953	0.3153	203	0.2497	3873	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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