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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o3d | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cooperation between the intrinsically disordered and ordered regions of Spt6 regulates nucleosome and Pol II CTD binding, and nucleosome assembly | |||||||||||||||||||||
要素 | Transcription elongation factor SPT6 | |||||||||||||||||||||
キーワード | CHAPERONE / Spt6 / elongation factor / RNA Pol II / nucleosome / CTD | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / transcription antitermination ...carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / G1/S transition of mitotic cell cycle / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kasiliauskaite, A. / Kubicek, K. / Klumpler, T. / Zanova, M. / Zapletal, D. / Novacek, J. / Stefl, R. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | チェコ, 6件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Cooperation between intrinsically disordered and ordered regions of Spt6 regulates nucleosome and Pol II CTD binding, and nucleosome assembly. 著者: Aiste Kasiliauskaite / Karel Kubicek / Tomas Klumpler / Martina Zanova / David Zapletal / Eliska Koutna / Jiri Novacek / Richard Stefl / 要旨: Transcription elongation factor Spt6 associates with RNA polymerase II (Pol II) and acts as a histone chaperone, which promotes the reassembly of nucleosomes following the passage of Pol II. The ...Transcription elongation factor Spt6 associates with RNA polymerase II (Pol II) and acts as a histone chaperone, which promotes the reassembly of nucleosomes following the passage of Pol II. The precise mechanism of nucleosome reassembly mediated by Spt6 remains unclear. In this study, we used a hybrid approach combining cryo-electron microscopy and small-angle X-ray scattering to visualize the architecture of Spt6 from Saccharomyces cerevisiae. The reconstructed overall architecture of Spt6 reveals not only the core of Spt6, but also its flexible N- and C-termini, which are critical for Spt6's function. We found that the acidic N-terminal region of Spt6 prevents the binding of Spt6 not only to the Pol II CTD and Pol II CTD-linker, but also to pre-formed intact nucleosomes and nucleosomal DNA. The N-terminal region of Spt6 self-associates with the tSH2 domain and the core of Spt6 and thus controls binding to Pol II and nucleosomes. Furthermore, we found that Spt6 promotes the assembly of nucleosomes in vitro. These data indicate that the cooperation between the intrinsically disordered and structured regions of Spt6 regulates nucleosome and Pol II CTD binding, and also nucleosome assembly. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o3d.cif.gz | 254.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o3d.ent.gz | 206.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o3d_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o3d_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7o3d_validation.xml.gz | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o3d_validation.cif.gz | 40.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o3d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12704MC 7o6bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 134923.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: the sequence stretches of the sample that do not make part of the coordinates are flexible regions that were not observed in the cryoEM map 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPT6, CRE2, SSN20, YGR116W, G6169 / Variant: Wild-type / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: P23615 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of elongation factor Spt6 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli B (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: HEPES / 式: HEPES |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: homogeneous monodisperse sample |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13807 |
画像スキャン | 横: 3840 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2995892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 |
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3次元再構成 | 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 718639 / クラス平均像の数: 313 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficients | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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