PDB-7o38: cytochrome C kustc0562 from Kuenenia stuttgartiensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o38

タイトル

cytochrome C kustc0562 from Kuenenia stuttgartiensis

要素

Cytochrome c-552 Ks_3357

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / anaerobic ammonium oxidation / cytochrome c / redox protein

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Bock, J. / Akram, M. / Barends, T.

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2021
タイトル: Specificity of Small c -Type Cytochromes in Anaerobic Ammonium Oxidation.
著者: Akram, M. / Bock, J. / Dietl, A. / Barends, T.R.M.

履歴

登録	2021年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o38.cif.gz	37.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o38.ent.gz	19.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o38_validation.pdf.gz	803.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o38_full_validation.pdf.gz	803.4 KB	表示
XML形式データ	7o38_validation.xml.gz	5.5 KB	表示
CIF形式データ	7o38_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o38	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mxySC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ww7-1 6gpm-d 5jol-d 1rn1-3 4j20-1 1a2s-d 6ls1-1 4j20-2 5gy6-d 2rji-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
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光化学系II (Photosystem II)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c-552 Ks_3357

ヘテロ分子

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.650, 101.650, 28.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄
Space group name Hall	P6₄
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z

#1: タンパク質	Cytochrome c-552 Ks_3357 / Similar to cytochrome c-553 分子量: 10236.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア) 遺伝子: petJ, kustc0562 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q30JB4
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M NaCl, 30% w/v PEG 8000, 0.1 M imidazole pH 8.0, 0.277 mM cyclohexylethanoyl-N-hydroxyethylglucamide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年3月1日 / 詳細: KB MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→44.02 Å / Num. obs: 3395 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.72 Å² / CC_1/2: 0.973 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / R_merge(I) obs: 0.166 / Num. unique obs: 307 / CC_1/2: 0.745 / R_sym value: 0.174

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MXY

5mxy

解像度: 3→40 Å / SU ML: 0.3025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.8003
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	342	10.09 %
R_work	0.1913	3048	-
obs	0.1969	3390	95.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	646	0	49	7	702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0135	714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5733	974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0653	93
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	122
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9344	96

LS精密化シェル

解像度: 3→3.1 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2878	170	-
R_work	0.2216	1522	-
obs	-	-	97.3 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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