PDB-7o2i: METTL3-METTL14 heterodimer bound to the SAM competitive small mol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o2i

タイトル

METTL3-METTL14 heterodimer bound to the SAM competitive small molecule inhibitor STM2457

要素

N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit
N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / methyltransferase / SAM / inhibitor / m6A

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / RNA methylation / endothelial to hematopoietic transition / regulation of meiotic cell cycle / RNA methyltransferase activity / primary miRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Pilka, E.S. / Blackaby, W. / Hardick, D. / Harper, C. / Hewstone, D. / Ridgill, M. / Rotty, B. / Rausch, O.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Small-molecule inhibition of METTL3 as a strategy against myeloid leukaemia.
著者: Yankova, E. / Blackaby, W. / Albertella, M. / Rak, J. / De Braekeleer, E. / Tsagkogeorga, G. / Pilka, E.S. / Aspris, D. / Leggate, D. / Hendrick, A.G. / Webster, N.A. / Andrews, B. / ...

履歴

登録	2021年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7o2i.ent.gz	139.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7o2i_validation.pdf.gz	676.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o2i_full_validation.pdf.gz	688.2 KB	表示
XML形式データ	7o2i_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	7o2i_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l6dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ttt-d 5j92-1 5tey-d 3oic-d 2oxc-d 2ius-3 6y4g-d 6ttx-d 2ius-4 2ius-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit

B: N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit

ヘテロ分子

60.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.094, 64.094, 225.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit / Methyltransferase-like protein 3 / hMETTL3 / N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit / MT-A70 分子量: 26017.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL3, MTA70 / 細胞株 (発現宿主): 21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86U44, mRNA m6A methyltransferase
#2: タンパク質	N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit / Methyltransferase-like protein 14 / hMETTL14 分子量: 33634.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL14, KIAA1627 / 細胞株 (発現宿主): 21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9HCE5
#3: 化合物	ChemComp-V22 / ~{N}-[[6-[(cyclohexylmethylamino)methyl]imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl]methyl]-4-oxidanylidene-1~{H}-pyrido[1,2-a]pyrimidine-2-carboxamide 分子量: 445.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₉N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 150 mM magnesium acetate, 22% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.795 Å / Num. obs: 11480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.274 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1804 / CC_1/2: 0.697 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L6D

5l6d

解像度: 3→49.795 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 41.69 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2626	508	4.444 %
R_work	0.1859	10924	-
all	0.189	-	-
obs	-	11432	99.956 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.463 Å²	-0.731 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.463 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.745 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.795 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3580	0	37	23	3640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.658	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.135	1.59	7917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.673	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.741	21.759	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.605	15	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.413	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	886
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.225	0.2	3570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.117	5.112	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.104	5.11	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.202	7.648	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.202	7.651	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.037	5.48	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.037	5.48	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.99	8.102	2865
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.99	8.103	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.17	59.265	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.169	59.27	4264

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3-3.078	0.349	35	0.258	792	0.261	828	0.764	0.821	99.8792	0.222
3.078-3.162	0.304	21	0.254	777	0.255	798	0.825	0.841	100	0.221
3.162-3.253	0.225	39	0.228	734	0.228	773	0.881	0.885	100	0.195
3.253-3.353	0.384	33	0.205	722	0.21	755	0.797	0.906	100	0.166
3.353-3.462	0.253	36	0.187	702	0.19	738	0.919	0.932	100	0.159
3.462-3.583	0.203	33	0.177	694	0.178	727	0.934	0.94	100	0.149
3.583-3.718	0.283	54	0.172	626	0.18	680	0.905	0.943	100	0.15
3.718-3.868	0.276	30	0.176	632	0.181	662	0.907	0.942	100	0.149
3.868-4.039	0.184	30	0.164	624	0.165	654	0.942	0.952	100	0.148
4.039-4.235	0.285	22	0.157	580	0.161	602	0.9	0.955	100	0.141
4.235-4.462	0.195	24	0.155	567	0.157	591	0.952	0.96	100	0.141
4.462-4.731	0.241	26	0.14	534	0.144	560	0.936	0.967	100	0.128
4.731-5.054	0.266	37	0.177	492	0.183	529	0.919	0.952	100	0.157
5.054-5.454	0.312	16	0.203	480	0.208	496	0.942	0.94	100	0.182
5.454-5.968	0.174	8	0.208	452	0.207	460	0.902	0.94	100	0.183
5.968-6.66	0.414	24	0.201	393	0.212	417	0.914	0.945	100	0.18
6.66-7.668	0.329	17	0.201	366	0.206	383	0.921	0.946	100	0.181
7.668-9.336	0.259	9	0.167	330	0.169	339	0.922	0.97	100	0.162
9.336-12.977	0.128	6	0.168	259	0.167	265	0.985	0.975	100	0.17
12.977-49.795	0.285	8	0.292	168	0.292	176	0.936	0.94	100	0.273

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3445	0.1203	-0.17	1.6934	0.7683	1.3485	-0.0461	0.0108	0.0347	0.1266	-0.012	0.0575	-0.0242	-0.0589	0.058	0.0872	-0.0172	0.022	0.0134	-0.01	0.1203	-35.1384	28.8107	28.3691
2	0.0181	0.1186	0.0848	1.1657	0.657	1.4169	-0.0272	0.0203	-0.0137	0.0385	0.0589	-0.0457	0.0207	-0.0941	-0.0317	0.0995	-0.0636	0.0203	0.0646	-0.0177	0.1619	-32.712	8.6855	3.7264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	368 - 572
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	117 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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