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- PDB-7o23: C-terminal head domain of the trimeric autotransporter adhesin Bp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o23
タイトルC-terminal head domain of the trimeric autotransporter adhesin BpaC from Burkholderia pseudomallei fused to a GCN4 anchor
要素Autotransporter adhesin BpaC,Autotransporter adhesin BpaC,General control transcription factor GCN4
キーワードCELL ADHESION / left-handed parallel beta-roll / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Autotransporter adhesin BpaC
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei 1026b (類鼻疽菌)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kiessling, A.R. / Goldman, A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission765042 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M023281/1 英国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2022
タイトル: The C-terminal head domain of Burkholderia pseudomallei BpaC has a striking hydrophilic core with an extensive solvent network.
著者: Kiessling, A.R. / Harris, S.A. / Weimer, K.M. / Wells, G. / Goldman, A.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autotransporter adhesin BpaC,Autotransporter adhesin BpaC,General control transcription factor GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5014
ポリマ－31,2941
非ポリマー2073
水5,008278
1
A: Autotransporter adhesin BpaC,Autotransporter adhesin BpaC,General control transcription factor GCN4
ヘテロ分子

A: Autotransporter adhesin BpaC,Autotransporter adhesin BpaC,General control transcription factor GCN4
ヘテロ分子

A: Autotransporter adhesin BpaC,Autotransporter adhesin BpaC,General control transcription factor GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,50312
ポリマ－93,8823
非ポリマー6229
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20570 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area23830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.390, 57.390, 516.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-647-

HOH

21A-688-

HOH

31A-695-

HOH

41A-706-

HOH

51A-708-

HOH

61A-733-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Autotransporter adhesin BpaC,Autotransporter adhesin BpaC,General control transcription factor GCN4 / Type 5 secretion system autotransporter BpaC


分子量: 31293.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1026b (類鼻疽菌), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: 1026b, ATCC 204508 / S288c
遺伝子: bpaC, BP1026B_I1575, GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C
プラスミド: pET28a
詳細 (発現宿主): KanR, T7 promoter, C-terminal His6 tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3HIJ5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: Large hexagonal crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution at 130 mg/mL in 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl. Hit in JCSG IV, E10: 100 nL protein solution + 100 nL reservoir solution 0.1 M HEPES pH 6.5, 0.8 M (NH4)2SO4 Cryoprotection: ...詳細: Protein solution at 130 mg/mL in 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl. Hit in JCSG IV, E10: 100 nL protein solution + 100 nL reservoir solution 0.1 M HEPES pH 6.5, 0.8 M (NH4)2SO4 Cryoprotection: add 400 nL of 0.15 M HEPES pH 6.5, 1.2 M (NH4)2SO4, 35% Glycerol
Temp details: Controlled

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→44.79 Å / Num. obs: 65740 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(F): 6 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 12.07 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 6.87
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.061 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 6377 / CC1/2: 0.657 / % possible all: 99.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDS2019-04-17データ削減
pointless1.11.21データスケーリング
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
BUCCANEERモデル構築
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S6L

3s6l


解像度: 1.4→44.79 Å / SU ML: 0.1998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.71 / 位相誤差: 19.2899
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 3239 4.93 %
Rwork0.184 62431 -
obs-65740 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.4 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 13 278 2322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81652912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6287363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.33251470.2852497X-RAY DIFFRACTION95.11
1.42-1.440.24931380.25782687X-RAY DIFFRACTION99.54
1.44-1.470.27151330.23852676X-RAY DIFFRACTION99.26
1.47-1.490.26781520.22772630X-RAY DIFFRACTION99.71
1.49-1.520.22331330.20532717X-RAY DIFFRACTION99.41
1.52-1.550.24061420.19572675X-RAY DIFFRACTION99.54
1.55-1.580.24321230.19332678X-RAY DIFFRACTION99.22
1.58-1.610.22271280.19792698X-RAY DIFFRACTION99.93
1.61-1.650.25781370.1922728X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.690.19851300.17662718X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.740.22211340.16732722X-RAY DIFFRACTION99.96
1.74-1.790.21871240.16032718X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.850.18361560.15042693X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.910.17791430.14482736X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.990.15831320.14292717X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.080.17921580.14522693X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.19251420.15292736X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.20311430.15692730X-RAY DIFFRACTION99.9
2.33-2.510.22141420.172768X-RAY DIFFRACTION99.76
2.51-2.760.18861250.17032790X-RAY DIFFRACTION99.93
2.76-3.160.20691610.18952755X-RAY DIFFRACTION99.62
3.16-3.980.24251460.19982776X-RAY DIFFRACTION98.45
3.98-44.790.30311670.29742893X-RAY DIFFRACTION96.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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