[日本語] English
万見
- PDB-7o1f: PCNA from Chaetomium thermophilum in complex with PolD4 PIP peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o1f
タイトルPCNA from Chaetomium thermophilum in complex with PolD4 PIP peptide
要素
  • Peptide fragment from PolD4
  • Proliferating cell nuclear antigen
キーワードREPLICATION / PCNA / DNA clamp / DNA replication / PIP / homotrimer / PolD4
機能・相同性
機能・相同性情報


PCNA complex / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA replication / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase delta, subunit 4 / DNA polymerase delta, subunit 4 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase delta subunit 4-like protein / Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Alphey, M.A. / MacNeill, S. / Yang, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateRIG 70668 英国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Non-canonical binding of the Chaetomium thermophilum PolD4 N-terminal PIP motif to PCNA involves Q-pocket and compact 2-fork plug interactions but no 3 10 helix.
著者: Yang, D. / Alphey, M.S. / MacNeill, S.A.
履歴
登録2021年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
D: Proliferating cell nuclear antigen
E: Proliferating cell nuclear antigen
F: Proliferating cell nuclear antigen
J: Peptide fragment from PolD4
K: Peptide fragment from PolD4
M: Peptide fragment from PolD4
O: Peptide fragment from PolD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,26228
ポリマ－179,84810
非ポリマー41418
水2,882160
1
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
J: Peptide fragment from PolD4
K: Peptide fragment from PolD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,10813
ポリマ－89,9245
非ポリマー1848
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area33080 Å2
手法PISA
2
D: Proliferating cell nuclear antigen
E: Proliferating cell nuclear antigen
F: Proliferating cell nuclear antigen
M: Peptide fragment from PolD4
O: Peptide fragment from PolD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,15415
ポリマ－89,9245
非ポリマー23010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.891, 84.711, 84.890
Angle α, β, γ (deg.)60.940, 89.600, 81.220
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAILEILEAA1 - 2553 - 257
21ALAALAILEILEBB1 - 2553 - 257
12ALAALAPROPROAA1 - 2533 - 255
22ALAALAPROPROCC1 - 2533 - 255
13ALAALAILEILEAA1 - 2553 - 257
23ALAALAILEILEDD1 - 2553 - 257
14ALAALAILEILEAA1 - 2553 - 257
24ALAALAILEILEEE1 - 2553 - 257
15ALAALAILEILEAA1 - 2553 - 257
25ALAALAILEILEFF1 - 2553 - 257
16ALAALAPROPROBB1 - 2533 - 255
26ALAALAPROPROCC1 - 2533 - 255
17ALAALAILEILEBB1 - 2553 - 257
27ALAALAILEILEDD1 - 2553 - 257
18ALAALAILEILEBB1 - 2553 - 257
28ALAALAILEILEEE1 - 2553 - 257
19ALAALAILEILEBB1 - 2553 - 257
29ALAALAILEILEFF1 - 2553 - 257
110ALAALAPROPROCC1 - 2533 - 255
210ALAALAPROPRODD1 - 2533 - 255
111ALAALAPROPROCC1 - 2533 - 255
211ALAALAPROPROEE1 - 2533 - 255
112ALAALAPROPROCC1 - 2533 - 255
212ALAALAPROPROFF1 - 2533 - 255
113ALAALAILEILEDD1 - 2553 - 257
213ALAALAILEILEEE1 - 2553 - 257
114METMETILEILEDD0 - 2552 - 257
214METMETILEILEFF0 - 2552 - 257
115ALAALAILEILEEE1 - 2553 - 257
215ALAALAILEILEFF1 - 2553 - 257

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Proliferating cell nuclear antigen


分子量: 28756.596 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 3 residues are the remaining linker after His-tag cleavage. Flexible loops and sidechains have been omitted or truncated
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061010 / プラスミド: pEHISTEV-CtPCNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: G0SF70
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide fragment from PolD4


分子量: 1827.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Flexible C-terminus unresolved in electron density
由来: (合成) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0RZ52
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5, 36 % v/v PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30.39 Å / Num. obs: 59727 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 230753 / Scaling rejects: 45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.523.61.3681622545570.4060.8411.610.892.1
10.68-30.393.90.04827907110.9960.0280.05523.992.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7O1E

7o1e


解像度: 2.45→30.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 26.576 / SU ML: 0.272 / SU R Cruickshank DPI: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2619 2829 4.7 %RANDOM
Rwork0.2202 ---
obs0.2221 56897 94.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.19 Å2 / Biso mean: 43.964 Å2 / Biso min: 23.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20.94 Å2-2.29 Å2
2--1.3 Å20.95 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→30.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11435 0 18 160 11613
Biso mean--46.95 43.14 -
残基数----1525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01311566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.63115661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2261.57325206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.77351501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.1624.399491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.553152016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7461541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022129
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A71700.06
12B71700.06
21A67340.06
22C67340.06
31A72790.05
32D72790.05
41A70860.05
42E70860.05
51A73630.05
52F73630.05
61B67740.06
62C67740.06
71B71770.05
72D71770.05
81B70720.06
82E70720.06
91B71870.06
92F71870.06
101C67450.06
102D67450.06
111C67930.05
112E67930.05
121C67130.06
122F67130.06
131D71640.04
132E71640.04
141D72350.05
142F72350.05
151E70690.05
152F70690.05
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 231 -
Rwork0.346 4071 -
all-4302 -
obs--91.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63070.17320.05914.38620.85040.8134-0.02830.06030.0474-0.16190.05710.0011-0.04960.0096-0.02880.1267-0.04910.12370.1512-0.08060.2196-0.657-41.233-74.065
21.15880.13660.52432.233-2.05035.23060.0784-0.2135-0.07970.1491-0.094-0.09980.0365-0.06590.01560.1009-0.09190.11570.1053-0.09510.23943.996-26.545-33.634
31.32070.88240.45562.32271.26464.25420.25410.06-0.03130.4799-0.2131-0.2190.24620.1579-0.04110.3286-0.11160.0650.0893-0.02190.28970.681-68.665-41.524
41.2981-0.40560.33731.815-1.76254.8852-0.04140.06120.0896-0.0223-0.0524-0.0343-0.19610.04540.09390.087-0.05350.12820.0431-0.09660.2896-30.359-20.581-37.6
51.4038-0.0879-0.29674.73340.3121.1830.1198-0.0022-0.0617-0.1446-0.0740.1645-0.0545-0.083-0.04590.1183-0.05670.08270.0906-0.09260.2392-34.909-47.413-70.606
60.37520.01560.55732.28482.37983.496-0.0177-0.0986-0.02360.31650.0240.2450.411-0.1697-0.00630.3552-0.11880.13790.0908-0.00640.4085-31.985-63.153-30.775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 255
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 255
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 255

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る