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- PDB-7o0t: Crystal structure of Chloroflexus aggregans ene-reductase CaOYE h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o0t
タイトルCrystal structure of Chloroflexus aggregans ene-reductase CaOYE holoenzyme
要素NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ene-reductase / FMN-binding protein / Old Yellow Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / MALONATE ION / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aggregans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Robescu, M.S. / Niero, M. / Loprete, G. / Bergantino, E. / Cendron, L.
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2021
タイトル: A New Thermophilic Ene-Reductase from the Filamentous Anoxygenic Phototrophic Bacterium Chloroflexus aggregans .
著者: Robescu, M.S. / Niero, M. / Loprete, G. / Cendron, L. / Bergantino, E.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
B: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
C: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
D: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,50813
ポリマ－151,1734
非ポリマー2,3369
水3,387188
1
A: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
C: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7036
ポリマ－75,5862
非ポリマー1,1174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
2
B: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
ヘテロ分子

D: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8057
ポリマ－75,5862
非ポリマー1,2195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.194, 162.274, 216.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase


分子量: 37793.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aggregans (strain MD-66 / DSM 9485) (バクテリア)
株: MD-66 / DSM 9485 / 遺伝子: Cagg_2779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8G5D6
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 1.1 M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.5% v/v Jeffamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→38.01 Å / Num. obs: 73908 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.969 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.61 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4571 / CC1/2: 0.74 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nux

5nux


解像度: 2.4→38.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2631 3677 5 %RANDOM
Rwork0.2198 ---
obs0.2219 70188 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.95 Å2 / Biso mean: 34.188 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.09 Å20 Å2-0 Å2
2--3.35 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→38.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10664 0 159 188 11011
Biso mean--26.97 29.45 -
残基数----1416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01211209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.63315351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61451430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.54619.426575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.601151617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.12315118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028822
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 298 -
Rwork0.307 5164 -
all-5462 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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