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- PDB-7o0n: Crystal structure of a ParB E93A mutant from Myxococcus xanthus b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o0n
タイトルCrystal structure of a ParB E93A mutant from Myxococcus xanthus bound to CDP and monothiophosphate
要素ParB family protein
キーワードHYDROLASE / Myxococcus / ParB / DNA-segregation / CTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / chromosome / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Monothiophosphate / Chromosome-partitioning protein ParB
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Altegoer, F. / Bange, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: The CTPase activity of ParB determines the size and dynamics of prokaryotic DNA partition complexes.
著者: Osorio-Valeriano, M. / Altegoer, F. / Das, C.K. / Steinchen, W. / Panis, G. / Connolley, L. / Giacomelli, G. / Feddersen, H. / Corrales-Guerrero, L. / Giammarinaro, P.I. / Hanssmann, J. / ...著者: Osorio-Valeriano, M. / Altegoer, F. / Das, C.K. / Steinchen, W. / Panis, G. / Connolley, L. / Giacomelli, G. / Feddersen, H. / Corrales-Guerrero, L. / Giammarinaro, P.I. / Hanssmann, J. / Bramkamp, M. / Viollier, P.H. / Murray, S. / Schafer, L.V. / Bange, G. / Thanbichler, M.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22021年10月13日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_database_proc
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ParB family protein
B: ParB family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,24311
ポリマ－46,8702
非ポリマー1,3739
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.120, 80.370, 136.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ParB family protein


分子量: 23434.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK1622) (バクテリア)
株: DK1622 / 遺伝子: MXAN_7476 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1CVJ4

-
非ポリマー , 6種, 69分子

#2: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TS6 / Monothiophosphate / phosphorothioic O,O,S-acid / チオりん酸


分子量: 114.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3O3PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2; 40% (v/v) PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→41.99 Å / Num. obs: 39707 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 39.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.18
反射 シェル解像度: 1.89→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 1.938 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 3794 / CC1/2: 0.578

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BNK

7bnk


解像度: 1.89→41.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 9.061 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1986 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 37721 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.09 Å2 / Biso mean: 61.86 Å2 / Biso min: 27.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.55 Å20 Å20 Å2
2---1.91 Å20 Å2
3---4.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→41.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 81 60 3193
Biso mean--46.48 51.62 -
残基数----388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0173192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0193208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.9284310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1322.6777374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2915394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.07221.099182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13815607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9451536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 139 -
Rwork0.376 2644 -
all-2783 -
obs--95.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.62681.09232.67165.3901-1.187411.8780.2948-0.23-0.1401-0.1961-0.02940.1840.0466-1.0544-0.26530.4163-0.0501-0.11150.4674-0.0040.0939-3.7316.143.938
29.23586.122-6.02999.2961-1.337712.40930.62790.909-0.33840.4704-0.52141.124-0.4789-1.7538-0.10640.66530.0488-0.13041.61950.00850.6285-15.4386.5074.752
37.0084-2.79590.91977.4097-2.50473.13230.28990.324-0.7454-0.6159-0.0501-0.03170.5072-0.2475-0.23980.189-0.00470.02310.18250.02340.251324.84410.76921.001
44.74493.1592.22156.81743.95099.4913-0.0790.414-0.0371-0.47510.0687-0.06140.09270.11230.01040.14410.04370.01630.11260.02770.09422.12924.74714.619
54.655-2.17340.23917.3054-1.39492.84130.0715-0.0008-0.4626-0.1221-0.1257-0.15560.2340.12570.05420.03810.0168-0.01390.03150.01110.091824.74613.17424.747
60.65411.8060.11087.5849-1.60813.5780.07770.0296-0.10340.3638-0.1019-0.5317-0.20790.23580.02430.06570.0374-0.02550.11490.07180.202227.03114.72228.771
72.7321-5.18050.029613.5495-1.81453.7569-0.00750.011-0.051-0.0562-0.0038-0.14230.17820.04020.01130.0633-0.0336-0.04790.1053-0.01380.097713.0516.86727.68
84.55073.8294-1.43847.4101-3.65462.06040.01020.16970.39240.28660.15870.3769-0.2168-0.1375-0.16890.15150.0687-0.01830.12450.01620.04277.50133.21120.64
910.2693-1.14540.6575.95480.51154.47410.00180.62330.3568-0.35510.0287-0.1957-0.3077-0.05-0.03050.24370.02920.01920.12270.07340.052914.19938.65114.457
107.0440.76572.92538.5534-2.15798.5487-0.05851.20570.3779-0.68060.2620.2368-0.6067-0.3594-0.20350.3350.07-0.04040.71140.14050.2727-6.39236.3368.086
1112.308-0.24776.47937.948-1.05499.89830.60480.29940.4261-2.1341-0.40380.02591.824-0.4789-0.2011.4599-0.04030.24421.1525-0.16610.6225-7.40631.669-1.792
123.17372.0263.87815.49882.00087.32390.1194-0.09170.55550.144-0.1550.2963-0.20920.0260.03560.2408-0.01610.09230.3015-0.03270.26689.19128.6936.969
139.6914-5.10073.83465.2156-2.8183.70880.0492-0.2460.13320.1563-0.01880.32110.1163-0.3406-0.03040.0938-0.02290.01440.15180.00720.14482.28215.44433.477
145.25273.39580.35436.0536-0.40321.71080.2885-0.39680.28060.7643-0.12420.214-0.1736-0.1252-0.16430.1934-0.00090.02720.103-0.02510.038413.60226.31637.655
151.732.29450.23488.40870.29590.9280.00560.0701-0.1052-0.09280.111-0.05510.1177-0.146-0.11660.09480.0093-0.0350.08290.01030.024811.60117.83321.6
163.73160.00750.26494.4090.12467.27860.03470.0181-0.2007-0.06090.09840.38690.4449-0.4823-0.13310.1367-0.0916-0.08270.11420.0430.17121.9632.08525.456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B176 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2B220 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 58
4X-RAY DIFFRACTION4A59 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5A73 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6A102 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7A116 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8A129 - 147
9X-RAY DIFFRACTION9A148 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10A176 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11A216 - 231
12X-RAY DIFFRACTION12B38 - 58
13X-RAY DIFFRACTION13B59 - 72
14X-RAY DIFFRACTION14B73 - 115
15X-RAY DIFFRACTION15B116 - 147
16X-RAY DIFFRACTION16B148 - 175

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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