PDB-7o04: Crystal structure of a shortened IpgC variant in complex with [(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o04

タイトル

Crystal structure of a shortened IpgC variant in complex with [(2-chloro-5-nitrophenyl)methyl](methyl)amine

要素

Chaperone protein IpgC

キーワード

CHAPERONE / IpgC / Dimer / Shigella / Mutant / Magnesium / Chlorine / [(2-chloro-5-nitrophenyl)methyl](methyl)amine

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a shortened IpgC variant in complex with [(2-chloro-5-nitrophenyl)methyl](methyl)amine
著者: Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2021年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o04.cif.gz	211 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o04.ent.gz	140.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7o04_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o04_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	7o04_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	7o04_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o04	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6scbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperone protein IpgC

B: Chaperone protein IpgC

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.153, 58.153, 155.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-205- 4AV

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	10 - 20	2 - 12
1	2	ILE	ILE	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	31 - 53	23 - 45
1	3	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	55 - 69	47 - 61
1	4	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	71 - 72	63 - 64
1	5	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	75 - 77	67 - 69
1	6	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	80 - 99	72 - 91
1	7	ASP	ASP	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	103 - 144	95 - 136
1	8	TYR	TYR	TYR	TYR	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	146	138
1	9	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 10 through 20 or (resid 21...	A	A	148 - 149	140 - 141
2	1	SER	SER	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	10 - 20	2 - 12
2	2	ILE	ILE	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	31 - 53	23 - 45
2	3	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	55 - 69	47 - 61
2	4	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	71 - 72	63 - 64
2	5	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	75 - 77	67 - 69
2	6	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	80 - 99	72 - 91
2	7	ASP	ASP	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	103 - 144	95 - 136
2	8	TYR	TYR	TYR	TYR	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	146	138
2	9	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 10 or (resid 11 and (name...	B	B	148 - 149	140 - 141

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Chaperone protein IpgC 分子量: 16310.492 Da / 分子数: 2 / 変異: M1_E9del, D152_E155del / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipgC, ippI, CP0129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2U4

-
非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-4AV / 1-(2-chloro-5-nitrophenyl)-N-methylmethanamine 分子量: 200.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉ClN₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG 4000, 0.05 M TRIS (pH 7.0), 0.3 M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 35016 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 21.86 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 5519 / CC_1/2: 0.767 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築
XDS	1.02	データ削減
XDS	1.02	データスケーリング
PHASER	7.0.047	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SCB

6scb

解像度: 1.74→26.42 Å / SU ML: 0.178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.8748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	1605	5 %
R_work	0.1783	30494	-
obs	0.1804	32099	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→26.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2131	0	32	189	2352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	2275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8444	3088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4992	1355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.8	0.267	144	0.2127	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.86	0.2571	143	0.2019	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.93	0.24	145	0.1922	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.93-2.02	0.2328	143	0.1807	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.13	0.2209	143	0.1709	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.13-2.26	0.2155	145	0.1599	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.44	0.2012	146	0.1658	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.44-2.68	0.2114	144	0.1705	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-3.07	0.2379	148	0.1738	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.87	0.2203	149	0.1741	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.87-26.42	0.2052	155	0.1888	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.88467895925	-4.61304772727	2.7813648493	7.50027744602	-4.95257743023	4.74673363209	0.881660428728	-0.777841018261	-0.403336138156	-0.349852483569	-0.155368310919	0.361310955689	1.05840641586	-1.01063241862	-0.927480353812	0.293937788235	-0.0802852439757	0.0935201174296	0.294181744298	0.116011493813	0.316878007531	-16.576646031	17.6683929339	2.97896739495
2	2.82646853564	-0.100661572073	-0.496785320087	4.73023920807	0.999782194902	6.73343262883	-0.0373823069504	0.055162239251	0.244730753786	0.0487823339841	0.2561557846	-0.0512940251923	-0.792177460569	0.114722465063	-0.211996504108	0.231743266444	-0.0219953167033	-0.00812379364971	0.184812159057	0.027208512573	0.165454618593	-20.9325469769	32.9392937494	0.122765317612
3	9.13755701018	-6.0181141564	-5.26878575683	6.41660797677	5.15150771294	4.31072709046	0.24801721709	0.310055766272	-0.071799920676	-0.283156846879	-0.216390028855	-0.207006131262	-0.133828191994	0.270492414611	-0.0343350402709	0.232329718219	-0.0104933573357	-0.00575648300933	0.231215125438	0.0234012611414	0.160623878219	-17.6972889631	27.2990758691	-7.97360445663
4	5.57418417619	1.5025404291	-0.381374681593	7.74033089822	-0.762361209436	3.10872438025	-0.0307239389631	0.157417364681	0.265785631761	-0.33797151758	-0.0284451163231	0.49297066437	-0.462419865174	-0.569617753884	-0.0296919845998	0.225067916412	0.0729197668577	-0.030626582356	0.181514058977	0.0113369786604	0.140160816409	-25.7724028352	28.0010016104	-9.65497690399
5	5.51605246966	0.718742581613	5.30782956448	7.1591809792	5.06123773368	9.65537757531	-0.186171230947	0.353332631162	-0.461612124584	-0.101103110957	0.39176715541	-0.0775319456327	-0.408846404401	-0.0187941537697	-0.202198556911	0.265765030759	-0.0131448084389	0.0344123217462	0.35633255147	-0.0072913939425	0.289458686318	-13.136760171	37.2815216701	32.3871327028
6	5.05482071879	4.36394326285	-2.66339591706	4.64434492136	0.181195515107	9.4494071003	0.176575702252	-0.149283221894	-0.315771493668	0.0509370061477	-0.174289334433	-0.00371238016278	-0.425690960885	-0.81758930614	0.0875971106707	0.215558316691	0.0982068743344	-0.0172601073968	0.228705268572	-0.0262738260693	0.230859915175	-7.02685199694	40.8040732161	25.130619609
7	3.01784593579	-0.772252084386	-2.13098567983	2.45802847355	-1.12300435533	2.84177341759	0.114780904831	-0.0357915240401	0.805931580748	-0.0234370758336	-0.172569028695	0.261548472011	-0.390856692731	0.235425890095	0.0485348016062	0.208365881238	-0.012286374374	-0.00525975826728	0.220671254347	-0.0223335948809	0.276616541005	3.24510241136	41.9837453475	21.4374218341
8	8.55712373688	-7.03594356322	-1.51647915205	9.03361097541	1.64622480823	0.669174758498	0.218025215572	0.298330913444	0.337360183039	-0.297503664359	-0.0830731028128	-0.355914089151	-0.125766018951	0.0889005057503	-0.120498647483	0.152500348221	0.00207047704102	0.00640644664623	0.276576534693	0.00679947336681	0.141960465651	11.0045527749	29.4834808586	18.2478996853
9	1.76114861613	-0.297841101971	1.49477103064	2.8716093342	0.49552021064	4.47252149105	0.0306776827691	0.00516556930111	0.037235187467	-0.093085755728	-0.0372585357243	0.047308386429	-0.0390843745506	-0.0634762302798	0.0109295830128	0.0966665411763	-0.00942309698676	0.00720542149225	0.164202689075	-0.00624976713449	0.115931214334	-0.900815131815	29.8448624871	18.9519349533
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19	3.95327973823	-2.56920917356	-0.437086211627	7.04561259325	-0.723718633596	2.27612502932	-0.0528484915056	0.08852049489	-0.0524408106884	0.0956192856987	0.024927784334	0.172027899244	-0.0554721145387	-0.0404319735282	0.0179293075265	0.13302365007	-0.0162669431056	-0.0110338779824	0.167718312439	-0.00129198934447	0.0814571670768	-21.7825941943	25.9093594671	9.84476430321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 99 through 103 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 104 through 124 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 125 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 135 through 150 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 10 through 23 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 24 through 32 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 33 through 39 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 40 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 54 through 78 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 79 through 85 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 86 through 89 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 90 through 121 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 122 through 134 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 135 through 151 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 9 through 21 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 31 through 33 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 34 through 51 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 52 through 68 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 69 through 98 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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