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- PDB-7nzz: Ras1 guanine nucleotide exchange factor Cdc25 (REM and catalytic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nzz
タイトルRas1 guanine nucleotide exchange factor Cdc25 (REM and catalytic domains)
要素Cell division control protein 25
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ras1 protein signal transduction / Ras-exchange motif / catalytic domain / hyphal growth
機能・相同性
機能・相同性情報


filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / filamentous growth / : / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / cellular response to glucose stimulus / Ras protein signal transduction / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Manso, J.A. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Pathogen-specific structural features of Candida albicans Ras1 activation complex: uncovering new antifungal drug targets
著者: Manso, J.A. / Carabias, A. / Sarkany, Z. / de Pereda, J.M. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S.
履歴
登録2021年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 25
B: Cell division control protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9282
ポリマ－109,9282
非ポリマー00
水2,594144
1
A: Cell division control protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9641
ポリマ－54,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cell division control protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9641
ポリマ－54,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.647, 107.214, 196.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Cell division control protein 25


分子量: 54963.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876
遺伝子: CDC25, CSC25, CAALFM_C303890WA, CaO19.14188, CaO19.6926
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43069
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 23% (w/v) PEG 3350, 0.25 M sodium malonate dibasic monohydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→43.22 Å / Num. obs: 38604 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 45.24 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.454→2.496 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1893 / CC1/2: 0.454 / Rpim(I) all: 0.75 / Rrim(I) all: 1.685 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.05 (20190607)data processing
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSVERSION MAR 15, 2019 BUILT=20190806データ削減
AimlessVersion 0.7.4データスケーリング
CootVersion 0.9モデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4US0

4us0


解像度: 2.45→43.22 Å / SU ML: 0.3175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9587
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 1953 5.07 %
Rwork0.1943 36579 -
obs0.1967 38532 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6696 0 0 144 6840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43939340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03561029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.65592520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.520.34871470.29352490X-RAY DIFFRACTION98.47
2.52-2.580.34521110.2792610X-RAY DIFFRACTION99.52
2.58-2.660.30741260.26042552X-RAY DIFFRACTION99.55
2.66-2.750.31281480.24652596X-RAY DIFFRACTION99.85
2.75-2.840.31511180.24282604X-RAY DIFFRACTION99.89
2.84-2.960.29711190.22532585X-RAY DIFFRACTION99.85
2.96-3.090.25121500.20062603X-RAY DIFFRACTION99.89
3.09-3.250.27281380.19332606X-RAY DIFFRACTION99.85
3.25-3.460.27111400.19232610X-RAY DIFFRACTION99.85
3.46-3.730.20421510.17462592X-RAY DIFFRACTION99.85
3.73-4.10.21421380.15782626X-RAY DIFFRACTION99.82
4.1-4.690.21071540.15662629X-RAY DIFFRACTION99.71
4.69-5.910.22331550.20232669X-RAY DIFFRACTION99.58
5.91-43.220.2041580.18432807X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51226807051.033994333320.4416037944512.302909442030.7913327025272.97649984170.0139516879472-0.111344294042-0.146702633490.159184079632-0.122969368825-0.08529991654520.0854907856816-0.08216614202310.08156108615590.3017622295040.0411956271229-0.006210933068280.4409918366060.06670519536420.330915700734-7.2408251627639.7306955064-23.4110836461
24.022810080584.860691367860.4057887297697.290585134240.4567477206130.040110454310.03359331685450.219948993197-0.8360098437890.003779687192040.29062104679-1.238114853690.100953849488-0.112801955573-0.3528252000220.5293786893720.133593321243-0.03575790926420.448406195130.007679679984350.421601858448-6.130350319511.62241441958-35.4356347535
31.173223893020.3392567367020.4762541384812.224371219970.8262239041921.452401050640.0526679262074-0.0223791870136-0.09509346192320.0716306938572-0.0102620201708-0.2123569806950.122483302829-0.065774751692-0.04909560832530.358332801633-0.05697902847090.002403841306950.5406650484310.03275905078440.306602458708-27.50850712530.731642454814-40.0512038144
40.4800575843970.3709832819840.2478306648852.205075893830.8239209676730.477896554749-0.00967007051890.1435279880140.06212848394260.06128823699930.00850919367518-0.0943311461284-0.01806474482350.0094159659979-0.01051839583180.38430425968-0.06785752728110.004983016129190.7267753259860.03310222925580.379829944395-25.346841736612.7821367156-37.7797762723
52.2515244987-0.546018174840.7363444063432.22957294462-1.307428175153.24826684353-0.1129233424450.019699176877-0.0079539774515-0.001625672149350.141773278416-0.0412159382939-0.0454252993909-0.163389260729-0.0127490604310.3073685224110.005383408338260.01781455204530.555640860922-0.02960572503980.276886325892-19.446741236651.784745157510.6111657595
62.573220291150.8021227022594.276031406390.5710694122881.024814980958.081808899370.1072096932160.6730155730710.05062524972360.0600941610707-0.143101888884-0.0137743514638-0.2475463734391.161219653120.1981352117230.563246753728-0.01101661705950.05192252085430.6439410104980.05949378024820.317477145851-17.593180518162.9747090491-28.7598220917
71.40021949131-0.3443190256480.1100635123821.940329523460.1015465085162.61356272720.0985412699038-0.02393183092660.0921127108602-0.251995555527-0.03912433699530.108925597197-0.21107921661-0.133136618729-0.04047721698540.3830832118760.0241370421609-0.01033372890640.525168956938-0.006720313654170.369113462238-37.921283826370.0770565938-29.1059947233
81.350756257140.2319325790851.105430374582.926314708030.2035473161174.82685761529-0.071531276988-0.145421959663-0.065337635035-0.02554392565340.0003528453872880.1492841566210.208413909155-0.06716569026030.02580725905140.2619240158120.02840020278820.03349279613160.5416077773120.00637556460870.375496902787-40.292296600759.1086630323-16.5297016396
96.19060089827-1.127456277-1.744411028743.737993042760.3643901865495.17586090952-0.0681465563375-0.7678892608380.09276116880480.3468712402110.1557805207050.1271523397710.506159303779-0.4764406925660.03733347951470.320670763393-0.0289416410656-0.06347672285640.715252378660.1408053309810.433370857308-36.398826724457.75492847970.171492461625
104.18328300475-1.03766347376-0.7244285729764.206305252760.04422490963342.927504201430.2548162438190.03742589607610.703541597435-0.0520876690704-0.188487203707-0.177407461968-0.5430280275040.0993087555718-0.07291854178050.458122180796-0.0253173664329-0.05137508461610.467756336676-0.01121107419680.330040098414-35.374725628777.186338848-31.9158012558
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 883 through 1030 )AA883 - 10301 - 148
22chain 'A' and (resid 1031 through 1057 )AA1031 - 1057149 - 172
33chain 'A' and (resid 1058 through 1212 )AA1058 - 1212173 - 327
44chain 'A' and (resid 1213 through 1306 )AA1213 - 1306328 - 421
55chain 'B' and (resid 883 through 1030 )BB883 - 10301 - 148
66chain 'B' and (resid 1031 through 1057 )BB1031 - 1057149 - 171
77chain 'B' and (resid 1058 through 1196 )BB1058 - 1196172 - 310
88chain 'B' and (resid 1197 through 1234 )BB1197 - 1234311 - 348
99chain 'B' and (resid 1235 through 1266 )BB1235 - 1266349 - 380
1010chain 'B' and (resid 1267 through 1305 )BB1267 - 1305381 - 419

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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