PDB-7nzz: Ras1 guanine nucleotide exchange factor Cdc25 (REM and catalytic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nzz

タイトル

Ras1 guanine nucleotide exchange factor Cdc25 (REM and catalytic domains)

要素

Cell division control protein 25

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ras1 protein signal transduction / Ras-exchange motif /

catalytic domain / hyphal growth

機能・相同性

機能・相同性情報

filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / filamentous growth / cellular response to starvation / cAMP-mediated signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of GTPase activity / Ras protein signal transduction /

細胞周期 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Manso, J.A. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Pathogen-specific structural features of Candida albicans Ras1 activation complex: uncovering new antifungal drug targets
著者: Manso, J.A. / Carabias, A. / Sarkany, Z. / de Pereda, J.M. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S.

履歴

登録	2021年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nzz.cif.gz	418.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nzz.ent.gz	284.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4us0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/859 / データの種類: diffraction image data
その他のデータベース	SASBDB: SASDM75associated SAS data, https://www.sasbdb.org/data/SASDM75/

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Cell division control protein 25

B: Cell division control protein 25

110 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cell division control protein 25

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
55 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cell division control protein 25

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.647, 107.214, 196.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Cell division control protein 25 分子量: 54963.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 遺伝子: CDC25, CSC25, CAALFM_C303890WA, CaO19.14188, CaO19.6926 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43069
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 23% (w/v) PEG 3350, 0.25 M sodium malonate dibasic monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→43.22 Å / Num. obs: 38604 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 45.24 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.454→2.496 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1893 / CC_1/2: 0.454 / R_pim(I) all: 0.75 / R_rim(I) all: 1.685 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC	1.05 (20190607)	data processing
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS	VERSION MAR 15, 2019 BUILT=20190806	データ削減
Aimless	Version 0.7.4	データスケーリング
Coot	Version 0.9	モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4US0

4us0

解像度: 2.45→43.22 Å / SU ML: 0.3175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9587
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	1953	5.07 %
R_work	0.1943	36579	-
obs	0.1967	38532	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6696	0	0	144	6840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	6880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4393	9340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0356	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	1195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.6559	2520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.52	0.3487	147	0.2935	2490	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.52-2.58	0.3452	111	0.279	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.58-2.66	0.3074	126	0.2604	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.66-2.75	0.3128	148	0.2465	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.75-2.84	0.3151	118	0.2428	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.84-2.96	0.2971	119	0.2253	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.96-3.09	0.2512	150	0.2006	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.09-3.25	0.2728	138	0.1933	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.25-3.46	0.2711	140	0.1923	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.46-3.73	0.2042	151	0.1746	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.73-4.1	0.2142	138	0.1578	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.1-4.69	0.2107	154	0.1566	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.71
4.69-5.91	0.2233	155	0.2023	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.58
5.91-43.22	0.204	158	0.1843	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5122680705	1.03399433332	0.441603794451	2.30290944203	0.791332702527	2.9764998417	0.0139516879472	-0.111344294042	-0.14670263349	0.159184079632	-0.122969368825	-0.0852999165452	0.0854907856816	-0.0821661420231	0.0815610861559	0.301762229504	0.0411956271229	-0.00621093306828	0.440991836606	0.0667051953642	0.330915700734	-7.24082516276	39.7306955064	-23.4110836461
2	4.02281008058	4.86069136786	0.405788729769	7.29058513424	0.456747720613	0.04011045431	0.0335933168545	0.219948993197	-0.836009843789	0.00377968719204	0.29062104679	-1.23811485369	0.100953849488	-0.112801955573	-0.352825200022	0.529378689372	0.133593321243	-0.0357579092642	0.44840619513	0.00767967998435	0.421601858448	-6.13035031951	1.62241441958	-35.4356347535
3	1.17322389302	0.339256736702	0.476254138481	2.22437121997	0.826223904192	1.45240105064	0.0526679262074	-0.0223791870136	-0.0950934619232	0.0716306938572	-0.0102620201708	-0.212356980695	0.122483302829	-0.065774751692	-0.0490956083253	0.358332801633	-0.0569790284709	0.00240384130695	0.540665048431	0.0327590507844	0.306602458708	-27.5085071253	0.731642454814	-40.0512038144
4	0.480057584397	0.370983281984	0.247830664885	2.20507589383	0.823920967673	0.477896554749	-0.0096700705189	0.143527988014	0.0621284839426	0.0612882369993	0.00850919367518	-0.0943311461284	-0.0180647448235	0.0094159659979	-0.0105183958318	0.38430425968	-0.0678575272811	0.00498301612919	0.726775325986	0.0331022292558	0.379829944395	-25.3468417366	12.7821367156	-37.7797762723
5	2.2515244987	-0.54601817484	0.736344406343	2.22957294462	-1.30742817515	3.24826684353	-0.112923342445	0.019699176877	-0.0079539774515	-0.00162567214935	0.141773278416	-0.0412159382939	-0.0454252993909	-0.163389260729	-0.012749060431	0.307368522411	0.00538340833826	0.0178145520453	0.555640860922	-0.0296057250398	0.276886325892	-19.4467412366	51.7847451575	10.6111657595
6	2.57322029115	0.802122702259	4.27603140639	0.571069412288	1.02481498095	8.08180889937	0.107209693216	0.673015573071	0.0506252497236	0.0600941610707	-0.143101888884	-0.0137743514638	-0.247546373439	1.16121965312	0.198135211723	0.563246753728	-0.0110166170595	0.0519225208543	0.643941010498	0.0594937802482	0.317477145851	-17.5931805181	62.9747090491	-28.7598220917
7	1.40021949131	-0.344319025648	0.110063512382	1.94032952346	0.101546508516	2.6135627272	0.0985412699038	-0.0239318309266	0.0921127108602	-0.251995555527	-0.0391243369953	0.108925597197	-0.21107921661	-0.133136618729	-0.0404772169854	0.383083211876	0.0241370421609	-0.0103337289064	0.525168956938	-0.00672031365417	0.369113462238	-37.9212838263	70.0770565938	-29.1059947233
8	1.35075625714	0.231932579085	1.10543037458	2.92631470803	0.203547316117	4.82685761529	-0.071531276988	-0.145421959663	-0.065337635035	-0.0255439256534	0.000352845387288	0.149284156621	0.208413909155	-0.0671656902603	0.0258072590514	0.261924015812	0.0284002027882	0.0334927961316	0.541607777312	0.0063755646087	0.375496902787	-40.2922966007	59.1086630323	-16.5297016396
9	6.19060089827	-1.127456277	-1.74441102874	3.73799304276	0.364390186549	5.17586090952	-0.0681465563375	-0.767889260838	0.0927611688048	0.346871240211	0.155780520705	0.127152339771	0.506159303779	-0.476440692566	0.0373334795147	0.320670763393	-0.0289416410656	-0.0634767228564	0.71525237866	0.140805330981	0.433370857308	-36.3988267244	57.7549284797	0.171492461625
10	4.18328300475	-1.03766347376	-0.724428572976	4.20630525276	0.0442249096334	2.92750420143	0.254816243819	0.0374258960761	0.703541597435	-0.0520876690704	-0.188487203707	-0.177407461968	-0.543028027504	0.0993087555718	-0.0729185417805	0.458122180796	-0.0253173664329	-0.0513750846161	0.467756336676	-0.0112110741968	0.330040098414	-35.3747256287	77.186338848	-31.9158012558

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 883 through 1030 )	A	A	883 - 1030	1 - 148
2	2	chain 'A' and (resid 1031 through 1057 )	A	A	1031 - 1057	149 - 172
3	3	chain 'A' and (resid 1058 through 1212 )	A	A	1058 - 1212	173 - 327
4	4	chain 'A' and (resid 1213 through 1306 )	A	A	1213 - 1306	328 - 421
5	5	chain 'B' and (resid 883 through 1030 )	B	B	883 - 1030	1 - 148
6	6	chain 'B' and (resid 1031 through 1057 )	B	B	1031 - 1057	149 - 171
7	7	chain 'B' and (resid 1058 through 1196 )	B	B	1058 - 1196	172 - 310
8	8	chain 'B' and (resid 1197 through 1234 )	B	B	1197 - 1234	311 - 348
9	9	chain 'B' and (resid 1235 through 1266 )	B	B	1235 - 1266	349 - 380
10	10	chain 'B' and (resid 1267 through 1305 )	B	B	1267 - 1305	381 - 419

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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