+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nyq | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the Mei-P26 NHL domain | ||||||||||||
Components | Meiotic P26, isoform C | ||||||||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Mei-P26 / NHL / RNA recognition / TRIM-NHL proteins | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information gamete generation / germ cell development / meiotic cell cycle / ubiquitin-protein transferase activity / spermatogenesis / protein ubiquitination / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||||||||
Authors | Salerno-Kochan, A. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S. | ||||||||||||
Funding support | Poland, 3items
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Citation | Journal: Life Sci Alliance / Year: 2022 Title: Molecular insights into RNA recognition and gene regulation by the TRIM-NHL protein Mei-P26. Authors: Salerno-Kochan, A. / Horn, A. / Ghosh, P. / Nithin, C. / Koscielniak, A. / Meindl, A. / Strauss, D. / Krutyholowa, R. / Rossbach, O. / Bujnicki, J.M. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S. #1: Journal: To Be Published Title: Molecular insights into RNA recognition and gene regulation by the TRIM-NHL protein Mei-P26 Authors: Salerno-Kochan, A. / Horn, A. / Gosh, P. / Nithin, C. / Koscielniak, A. / Strauss, D. / Rossbach, O. / Bujnicki, J.M. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nyq.cif.gz | 328 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nyq.ent.gz | 273.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nyq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7nyq_validation.pdf.gz | 431.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7nyq_full_validation.pdf.gz | 435 KB | Display | |
Data in XML | 7nyq_validation.xml.gz | 24.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7nyq_validation.cif.gz | 35.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nyq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1q7fS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33293.996 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) Gene: mei-P26, AF145661, BcDNA:GH10646, Dmel\CG12218, MEI-P26, Mei-P26, mei-p26, meiP26, CG12218, Dmel_CG12218 Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Variant (production host): Hi5 / References: UniProt: M9PH32 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: KSCN, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.599→50 Å / Num. obs: 66500 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.82 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.15 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 4807 / CC1/2: 0.459 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1Q7F Resolution: 1.6→43.17 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.73 Å2 / Biso mean: 40.2099 Å2 / Biso min: 13.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→43.17 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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