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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nyq | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the Mei-P26 NHL domain | ||||||||||||
![]() | Meiotic P26, isoform C | ||||||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Mei-P26 / NHL / RNA recognition / TRIM-NHL proteins | ||||||||||||
Function / homology | ![]() regulation of macromolecule metabolic process / gamete generation / germ cell development / meiotic cell cycle / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / spermatogenesis / protein ubiquitination / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Salerno-Kochan, A. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular insights into RNA recognition and gene regulation by the TRIM-NHL protein Mei-P26. Authors: Salerno-Kochan, A. / Horn, A. / Ghosh, P. / Nithin, C. / Koscielniak, A. / Meindl, A. / Strauss, D. / Krutyholowa, R. / Rossbach, O. / Bujnicki, J.M. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S. #1: ![]() Title: Molecular insights into RNA recognition and gene regulation by the TRIM-NHL protein Mei-P26 Authors: Salerno-Kochan, A. / Horn, A. / Gosh, P. / Nithin, C. / Koscielniak, A. / Strauss, D. / Rossbach, O. / Bujnicki, J.M. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 328.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 273.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1q7fS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33293.996 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: mei-P26, AF145661, BcDNA:GH10646, Dmel\CG12218, MEI-P26, Mei-P26, mei-p26, meiP26, CG12218, Dmel_CG12218 Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: KSCN, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.599→50 Å / Num. obs: 66500 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.82 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.15 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 4807 / CC1/2: 0.459 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1Q7F Resolution: 1.6→43.17 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.73 Å2 / Biso mean: 40.2099 Å2 / Biso min: 13.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→43.17 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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