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- PDB-7nyq: Crystal structure of the Mei-P26 NHL domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nyq
タイトルCrystal structure of the Mei-P26 NHL domain
要素Meiotic P26, isoform C
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Mei-P26 / NHL / RNA recognition / TRIM-NHL proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macromolecule metabolic process / gamete generation / germ cell development / meiotic cell cycle / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / spermatogenesis / protein ubiquitination / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiotic P26, isoform C
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Salerno-Kochan, A. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S.
資金援助 ポーランド, 3件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2015/19/P/NZ1/02514 ポーランド
Polish National Science Centre2019/32/T/NZ1/00420 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
引用
ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into RNA recognition and gene regulation by the TRIM-NHL protein Mei-P26.
著者: Salerno-Kochan, A. / Horn, A. / Ghosh, P. / Nithin, C. / Koscielniak, A. / Meindl, A. / Strauss, D. / Krutyholowa, R. / Rossbach, O. / Bujnicki, J.M. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular insights into RNA recognition and gene regulation by the TRIM-NHL protein Mei-P26
著者: Salerno-Kochan, A. / Horn, A. / Gosh, P. / Nithin, C. / Koscielniak, A. / Strauss, D. / Rossbach, O. / Bujnicki, J.M. / Gaik, M. / Medenbach, J. / Glatt, S.
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meiotic P26, isoform C
B: Meiotic P26, isoform C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5882
ポリマ－66,5882
非ポリマー00
水5,765320
1
A: Meiotic P26, isoform C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2941
ポリマ－33,2941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Meiotic P26, isoform C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2941
ポリマ－33,2941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.710, 116.500, 64.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Meiotic P26, isoform C / Meiotic P26 / isoform E


分子量: 33293.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: mei-P26, AF145661, BcDNA:GH10646, Dmel\CG12218, MEI-P26, Mei-P26, mei-p26, meiP26, CG12218, Dmel_CG12218
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: M9PH32
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: KSCN, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→50 Å / Num. obs: 66500 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.82 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 4807 / CC1/2: 0.459

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q7F

1q7f


解像度: 1.6→43.17 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 3325 5 %
Rwork0.1955 63153 -
obs0.1964 66478 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.73 Å2 / Biso mean: 40.2099 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→43.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4263 0 0 320 4583
Biso mean---38.31 -
残基数----549
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.620.42371320.41432517264995
1.62-1.650.3571390.37842639277899
1.65-1.670.40261380.36392622276099
1.67-1.70.37231390.3332627276699
1.7-1.730.35521380.32182634277299
1.73-1.760.30741380.29862610274898
1.76-1.790.33651370.28882613275098
1.79-1.830.25661400.26052652279299
1.83-1.870.28271370.24962608274599
1.87-1.910.25181410.242666280799
1.91-1.960.25481380.22532628276699
1.96-2.010.24791380.21212633277199
2.01-2.070.24421380.21312620275899
2.07-2.140.22431370.20172603274098
2.14-2.220.20871380.18532617275598
2.22-2.310.19421400.18922652279299
2.31-2.410.22511390.1872649278899
2.41-2.540.23371390.19012628276799
2.54-2.70.19091410.19272677281899
2.7-2.910.2071390.19312640277999
2.91-3.20.19241390.18162647278699
3.2-3.660.19821390.16172634277399
3.66-4.610.15931380.14262637277598
4.61-43.170.17931430.17652700284399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1918-0.78181.94112.125-0.17022.2275-0.0670.01940.1863-0.0255-0.0018-0.0235-0.08320.03390.0740.1377-0.0035-0.01060.1119-0.00840.127919.376341.06343.5351
25.6565-1.1169-0.56297.87741.11367.5832-0.1071-0.0741-0.29060.20090.1785-0.24180.17710.0806-0.00240.1747-0.0084-0.03640.10490.02730.149822.075130.524912.195
31.6386-0.31840.93514.89812.03352.84050.0268-0.0894-0.21990.25490.2215-0.1810.22330.1189-0.24360.21630.012-0.04630.16510.05850.220421.722824.084711.0359
42.4621-2.27632.20852.6668-1.68742.58960.65680.0954-0.848-0.60670.07680.691.0258-0.2381-0.63590.4993-0.0412-0.23710.2584-0.01290.510516.387617.0804-1.6884
56.6347-0.07431.69136.8379-0.67177.17590.15470.5842-0.3117-0.62610.14350.6110.149-0.4056-0.34050.22620.0153-0.10660.2437-0.02370.245611.000728.4789-9.3372
64.9487-0.6032.3276.21590.75765.35570.36560.13980.0595-0.7525-0.04850.50630.265-0.1344-0.25310.41540.0149-0.13880.2666-0.05630.35999.289629.4283-13.3395
73.66642.78020.25424.27390.06663.3542-0.07390.3645-0.1502-0.3950.14310.03420.1479-0.0437-0.07080.17160.023-0.02490.15970.01070.154611.364837.8283-5.7909
80.32140.14990.46920.4617-0.05396.17860.06690.0063-0.09750.01380.1069-0.11750.49330.4147-0.16190.30710.0741-0.12630.2044-0.05730.339228.40549.42928.4744
90.73920.97050.44516.68252.58833.1929-0.07780.03870.1566-0.1448-0.07780.0713-0.4454-0.17090.12110.34380.0567-0.13920.2078-0.01370.298819.492763.897422.9595
102.42820.02140.50363.817-0.35964.9283-0.01570.06740.0193-0.159-0.06350.0532-0.4653-0.0220.05040.3334-0.0147-0.09520.1753-0.04030.246126.527367.177542.8964
114.66880.9111-4.47573.5517-2.44697.9250.0702-0.2534-0.10630.0866-0.15580.0107-0.10890.49020.1090.23930.0221-0.10720.1793-0.04530.251628.506751.244443.6137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 931 through 1001 )A931 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1002 through 1027 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1028 through 1069 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1070 through 1131 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1132 through 1151 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1152 through 1177 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1178 through 1203 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 931 through 1001 )B931 - 1001
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1002 through 1080 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1081 through 1177 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1178 through 1206 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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