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- PDB-7nxz: Synthetic glycoform of Human Interleukin 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nxz
タイトルSynthetic glycoform of Human Interleukin 6
要素Interleukin-6
キーワードCYTOKINE / glycosylated interleukin-6
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / T follicular helper cell differentiation / germinal center B cell differentiation ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of primary miRNA processing / T follicular helper cell differentiation / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / response to peptidoglycan / regulation of microglial cell activation / hepatocyte proliferation / neutrophil apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway via STAT / interleukin-6 receptor binding / negative regulation of collagen biosynthetic process / endocrine pancreas development / positive regulation of B cell activation / inflammatory response to wounding / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of acute inflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / negative regulation of chemokine production / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of leukocyte chemotaxis / neutrophil mediated immunity / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of immunoglobulin production / Interleukin-6 signaling / maintenance of blood-brain barrier / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / monocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of interleukin-10 production / humoral immune response / negative regulation of lipid storage / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell proliferation / response to glucocorticoid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / positive regulation of glial cell proliferation / regulation of insulin secretion / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of translation / acute-phase response / cytokine activity / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / liver regeneration / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cellular response to virus / platelet activation / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of interleukin-6 production / neuron cellular homeostasis / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Weyand, M. / Unverzagt, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG UN63/5-1 + SPPP1368 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Natural Glycoforms of Human Interleukin 6 Show Atypical Plasma Clearance.
著者: Reif, A. / Lam, K. / Weidler, S. / Lott, M. / Boos, I. / Lokau, J. / Bretscher, C. / Monnich, M. / Perkams, L. / Schmalzlein, M. / Graf, C. / Fischer, J.P. / Lechner, C. / Hallstein, K. / ...著者: Reif, A. / Lam, K. / Weidler, S. / Lott, M. / Boos, I. / Lokau, J. / Bretscher, C. / Monnich, M. / Perkams, L. / Schmalzlein, M. / Graf, C. / Fischer, J.P. / Lechner, C. / Hallstein, K. / Becker, S. / Weyand, M. / Steegborn, C. / Schultheiss, G. / Rose-John, S. / Garbers, C. / Unverzagt, C.
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Interleukin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8201
ポリマ－20,8201
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.100, 129.020, 50.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-282-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 / IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth ...IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth factor / Interferon beta-2 / IFN-beta-2


分子量: 20819.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05231
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細The conflict is caused by the synthesis of the protein.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2-0.25 M sodium malonate, pH 7.0 and 18-22% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918007 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→50 Å / Num. obs: 16028 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.22 % / Biso Wilson estimate: 46.024 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 10.62
反射 シェル解像度: 1.998→2.12 Å / 冗長度: 3.38 % / Rmerge(I) obs: 1.412 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 2465 / CC1/2: 0.434 / Rrim(I) all: 1.67 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1alu

1alu


解像度: 1.998→39.569 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.959 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 802 5.004 %
Rwork0.2063 15226 -
all0.209 --
obs-16028 98.622 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 52.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.71 Å20 Å2-0 Å2
2---1.547 Å20 Å2
3----1.163 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→39.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1233 0 0 83 1316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.651711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3511.5732787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3785161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38624.09861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33715228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.345156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1730.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2020.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1133.528638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0713.524637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2475.264795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2645.267796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7493.693625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7453.69625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2145.452914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2145.449914
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.8941.9591408
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.70341.641395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.998-2.0490.469530.5410070.53711460.0570.07792.49560.532
2.049-2.1050.446580.45810910.45711670.5230.46698.45760.46
2.105-2.1660.381550.32810500.33111100.6540.70599.54960.326
2.166-2.2330.339550.29810470.311070.7630.81399.54830.284
2.233-2.3060.334520.2489930.25210510.8130.86899.42910.227
2.306-2.3860.273510.2519660.25210300.8750.8798.73790.228
2.386-2.4760.212490.2159310.2159860.9040.90799.39150.19
2.476-2.5770.234470.218880.2129420.9290.92399.25690.179
2.577-2.6910.259450.1988640.2019200.9170.93598.80440.168
2.691-2.8210.256440.1848280.1888770.9350.94399.42990.159
2.821-2.9730.256410.1937900.1968390.9170.94399.04650.17
2.973-3.1520.18400.1957540.1948010.9440.94599.12610.175
3.152-3.3680.279370.1927030.1967450.9130.94299.32890.175
3.368-3.6360.273350.1986680.2017080.9270.94699.29380.18
3.636-3.980.278320.1866080.1916440.920.95199.37890.175
3.98-4.4440.18300.1575570.1585920.9520.96899.15540.15
4.444-5.1210.157260.1414980.1425280.9720.97599.24240.138
5.121-6.2460.313230.2474390.254630.9160.94899.7840.239
6.246-8.7240.261180.2153360.2173610.930.94998.06090.218
8.724-39.5690.232110.1762080.1792330.9510.9793.99140.208
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.0712 Å / Origin y: -19.2571 Å / Origin z: 5.6967 Å
111213212223313233
T0.0422 Å2-0.0184 Å20.0567 Å2-0.0643 Å2-0.0261 Å2--0.0998 Å2
L3.8927 °21.9672 °21.7233 °2-4.9849 °21.1639 °2--4.2226 °2
S0.0925 Å °-0.2117 Å °0.0997 Å °0.0032 Å °-0.2849 Å °0.274 Å °0.1959 Å °-0.4986 Å °0.1924 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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