PDB-7nxq: Structure of the pentameric C-terminal domain of the capsid prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nxq

タイトル

Structure of the pentameric C-terminal domain of the capsid protein from Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV)

要素

Capsid vertex component 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

herpesvirus (ヘルペスウイルス科) /

capsid (カプシド) / KSHV / assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome packaging / viral release from host cell / viral penetration into host nucleus /

カプシド / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.422 Å

データ登録者

Naniima, P. / Legrand, P. / Krey, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Assembly of infectious Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus progeny requires formation of a pORF19 pentamer.
著者: Naniima, P. / Naimo, E. / Koch, S. / Curth, U. / Alkharsah, K.R. / Stroh, L.J. / Binz, A. / Beneke, J.M. / Vollmer, B. / Boning, H. / Borst, E.M. / Desai, P. / Bohne, J. / Messerle, M. / ...

履歴

登録	2021年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nxq.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nxq.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nxpC 7nxrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nxq-2 20139 6n0m-d 3faa-d 20141 8891 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Capsid vertex component 2

B: Capsid vertex component 2

C: Capsid vertex component 2

D: Capsid vertex component 2

E: Capsid vertex component 2

F: Capsid vertex component 2

G: Capsid vertex component 2

H: Capsid vertex component 2

I: Capsid vertex component 2

J: Capsid vertex component 2

ヘテロ分子

492 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid vertex component 2

D: Capsid vertex component 2

E: Capsid vertex component 2

H: Capsid vertex component 2

J: Capsid vertex component 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
246 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Capsid vertex component 2

C: Capsid vertex component 2

F: Capsid vertex component 2

G: Capsid vertex component 2

I: Capsid vertex component 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
246 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.51, 239.138, 264.402
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Capsid vertex component 2 分子量: 49064.035 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76RI7
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 1.69 M lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→48.36 Å / Num. obs: 229532 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.998 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.42→2.48 Å / Num. unique obs: 14955 / CC_1/2: 0.352 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.422→48.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 0.515 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.544 / SU R_free Blow DPI: 0.274 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.275

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	8712	-	RANDOM
R_work	0.2069	-	-	-
obs	0.2083	174243	75.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.919 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0547 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.8643 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.422→48.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31860	0	80	1980	33920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.006	32747	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.81	44538	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		10905	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		5501	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		32747	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		4264	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		24977	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.51
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.97

LS精密化シェル

解像度: 2.422→2.48 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3229	172	-
R_work	0.2774	-	-
obs	-	-	22.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1736	0.2579	-0.2139	1.3747	-0.773	5.2841	0.0347	0.1579	-0.1961	0.1579	-0.0449	-0.0705	-0.1961	-0.0705	0.0102	-0.0409	0.0625	0.0254	-0.1204	-0.0209	-0.1219	-117.969	21.035	-12.9848
2	1.314	-0.0775	0.5563	1.6128	-0.3678	3.3292	-0.0056	0.4743	-0.1407	0.4743	0.073	0.0089	-0.1407	0.0089	-0.0673	0.2059	0.2595	0.0261	0.0666	0.0171	-0.1544	-164.576	19.2724	-2.0861
3	1.3494	-0.271	0.2855	3.3727	-1.4561	3.1491	-0.0345	-0.215	-0.2317	-0.215	-0.1365	0.3651	-0.2317	0.3651	0.171	0.0262	-0.0729	0.0167	-0.0165	0.0577	-0.0538	-167.047	45.4538	-75.157
4	0.9982	0.2487	-0.1832	4.653	-0.0018	3.0977	-0.1398	-0.009	0.4159	-0.009	0.0558	-0.0499	0.4159	-0.0499	0.084	-0.0865	-0.0012	0.038	-0.0312	-0.1242	-0.0045	-121.977	-17.5804	-40.6802
5	1.3736	0.222	0.1621	4.5004	-0.119	2.8483	-0.0774	0.3544	-0.583	0.3544	0.031	0.0022	-0.583	0.0022	0.0464	0.1447	0.0886	-0.0719	-0.0252	0.0027	-0.0287	-114.156	59.9173	-41.127
6	1.5323	-0.1361	0.8203	2.5308	0.4087	5.9567	0.164	-0.3639	0.5679	-0.3639	-0.059	0.3932	0.5679	0.3932	-0.105	-0.0425	0.0967	-0.0016	0.0391	-0.0809	-0.0864	-165.079	-2.6114	-76.549
7	0.9948	0.0865	0.248	4.1411	1.7111	3.5755	-0.2384	-0.2378	-0.6495	-0.2378	0.2179	0.4211	-0.6495	0.4211	0.0206	0.1228	-0.0358	-0.1288	0.0175	-0.0447	-0.0383	-166.745	59.1385	-28.7143
8	0.9981	-0.2146	-0.1921	2.7574	1.0687	5.6747	0.0063	0.0349	0.3776	0.0349	-0.0972	0.0616	0.3776	0.0616	0.091	-0.1014	-0.1266	-0.0392	0.1719	-0.131	-0.0268	-117.523	-3.1143	-86.9965
9	1.0766	0.1158	-0.0052	5.7895	0.436	1.8932	-0.1165	0.4119	0.2106	0.4119	0.2849	-0.1139	0.2106	-0.1139	-0.1684	-0.1112	0.0674	0.0134	0.0105	-0.0006	0.0083	-163.131	-19.3851	-31.463
10	1.1261	-0.0873	-0.2835	3.9977	-1.4123	2.5349	-0.0193	-0.4502	0.0079	-0.4502	0.0501	-0.3041	0.0079	-0.3041	-0.0308	0.1133	0.0093	-0.0933	0.1217	0.0034	-0.0634	-111.558	45.1636	-87.1052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|126 - A\|550 A\|601 - A\|602 }	A	126 - 550
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|126 - A\|550 A\|601 - A\|602 }	A	601 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|126 - B\|550 B\|601 - B\|602 }	B	126 - 550
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|126 - B\|550 B\|601 - B\|602 }	B	601 - 602
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|126 - C\|550 C\|601 - C\|602 }	C	126 - 550
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|126 - C\|550 C\|601 - C\|602 }	C	601 - 602
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|126 - D\|550 D\|601 - D\|602 }	D	126 - 550
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|126 - D\|550 D\|601 - D\|602 }	D	601 - 602
9	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|126 - E\|550 E\|601 - E\|602 }	E	126 - 550
10	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|126 - E\|550 E\|601 - E\|602 }	E	601 - 602
11	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|126 - F\|550 F\|601 - F\|602 }	F	126 - 550
12	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|126 - F\|550 F\|601 - F\|602 }	F	601 - 602
13	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|126 - G\|550 G\|601 - G\|602 }	G	126 - 550
14	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|126 - G\|550 G\|601 - G\|602 }	G	601 - 602
15	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|126 - H\|550 H\|601 - H\|602 }	H	126 - 550
16	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|126 - H\|550 H\|601 - H\|602 }	H	601 - 602
17	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|126 - I\|550 I\|601 - I\|602 }	I	126 - 550
18	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|126 - I\|550 I\|601 - I\|602 }	I	601 - 602
19	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|126 - J\|550 J\|601 - J\|602 }	J	126 - 550
20	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|126 - J\|550 J\|601 - J\|602 }	J	601 - 602

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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