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Yorodumi- PDB-7nxq: Structure of the pentameric C-terminal domain of the capsid prote... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nxq | ||||||
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Title | Structure of the pentameric C-terminal domain of the capsid protein from Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) | ||||||
Components | Capsid vertex component 2 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / herpesvirus / capsid / KSHV / assembly | ||||||
Function / homology | Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / viral genome packaging / viral capsid / ACETATE ION / ORF 19 Function and homology information | ||||||
Biological species | Human herpesvirus 8 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.422 Å | ||||||
Authors | Naniima, P. / Legrand, P. / Krey, T. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2021 Title: Assembly of infectious Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus progeny requires formation of a pORF19 pentamer. Authors: Naniima, P. / Naimo, E. / Koch, S. / Curth, U. / Alkharsah, K.R. / Stroh, L.J. / Binz, A. / Beneke, J.M. / Vollmer, B. / Boning, H. / Borst, E.M. / Desai, P. / Bohne, J. / Messerle, M. / ...Authors: Naniima, P. / Naimo, E. / Koch, S. / Curth, U. / Alkharsah, K.R. / Stroh, L.J. / Binz, A. / Beneke, J.M. / Vollmer, B. / Boning, H. / Borst, E.M. / Desai, P. / Bohne, J. / Messerle, M. / Bauerfeind, R. / Legrand, P. / Sodeik, B. / Schulz, T.F. / Krey, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nxq.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nxq.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nxq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7nxq_validation.pdf.gz | 521.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7nxq_full_validation.pdf.gz | 551.2 KB | Display | |
Data in XML | 7nxq_validation.xml.gz | 151.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7nxq_validation.cif.gz | 213.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxq | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49064.035 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human herpesvirus 8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q76RI7 #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M HEPES pH 7.5 1.69 M lithium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 31, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.42→48.36 Å / Num. obs: 229532 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.42→2.48 Å / Num. unique obs: 14955 / CC1/2: 0.352 / % possible all: 88.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.422→48.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 0.515 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.544 / SU Rfree Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.275
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Displacement parameters | Biso mean: 60.87 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.422→48.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.422→2.48 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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