PDB-7nxi: PAF-D19S in 50 v/v % DMSO-water solution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nxi

タイトル

PAF-D19S in 50 v/v % DMSO-water solution

要素

Pc24g00380 protein

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / DISULPHIDE PROTEIN / PAF D19S MUTANT / SOLUTION STRUCTURE / STRUCTURE FROM CYANA 2.1

機能・相同性

Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / Pc24g00380 protein

機能・相同性情報

生物種

Penicillium rubens

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Czajlik, A. / Batta, G.

資金援助

ハンガリー, 3件

組織	認可番号	国
European Regional Development Fund	GINOP-2.3.2-15-2016-00008	ハンガリー
European Regional Development Fund	GINOP-2.3.3-15-2016-00004	ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)	K119509	ハンガリー

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: DMSO-Induced Unfolding of the Antifungal Disulfide Protein PAF and Its Inactive Variant: A Combined NMR and DSC Study.
著者: Czajlik, A. / Batta, A. / Kerner, K. / Fizil, A. / Hajdu, D. / Raics, M. / Kover, K.E. / Batta, G.

履歴

登録	2021年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nxi.cif.gz	383.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nxi.ent.gz	323.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nxi_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nxi_full_validation.pdf.gz	659.6 KB	表示
XML形式データ	7nxi_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	7nxi_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pgdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34612PAF-D19S in 50 v/v % DMSO-water solution

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pc24g00380 protein

6.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR relaxation study

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Pc24g00380 protein 分子量: 6235.089 Da / 分子数: 1 / 変異: D19S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Penicillium rubens (strain ATCC 28089 / DSM 1075 / NRRL 1951 / Wisconsin 54-1255) (菌類) 遺伝子: Pc24g00380, PCH_Pc24g00380 / プラスミド: pSK275pafD19S / 発現宿主: Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類) / 株 (発現宿主): PAF_D19S / 参照: UniProt: B6HWK0

#1: タンパク質

Pc24g00380 protein

分子量: 6235.089 Da / 分子数: 1 / 変異: D19S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Penicillium rubens (strain ATCC 28089 / DSM 1075 / NRRL 1951 / Wisconsin 54-1255) (菌類)
遺伝子: Pc24g00380, PCH_Pc24g00380 / プラスミド: pSK275pafD19S / 発現宿主:

Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類) / 株 (発現宿主): PAF_D19S / 参照: UniProt: B6HWK0

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	isotropic	1	3D HNHA
1	5	1	isotropic	1	3D HNHB
1	6	1	isotropic	1	3D 1H-15N TOCSY
1	7	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 20 mM [U-100% 2H] acetic acid, 50 % v/v H2O, 50 % v/v [U-100% 2H] DMSO, 1.7 mM [U-100% 15N] PAF D19S, 50% H2O/50% DMSO
詳細: 5 mm sample tube, 500 ul volume / Label: 15_sample / 溶媒系: 50% H2O/50% DMSO

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
20 mM	acetic acid	[U-100% 2H]	1
50 % v/v	H2O	natural abundance	1
50 % v/v	DMSO	[U-100% 2H]	1
1.7 mM	PAF D19S	[U-100% 15N]	1

試料状態

イオン強度: 0.007 M / Ionic strength err: 0.0007 / Label: conditions_1 / pH: 4.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.1	Bruker Biospin	解析
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	peak picking
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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